Elucidation of the three-dimensional genetic diversity change of the pilchard resources which decreased sharply

• Project/Area Number: 25450292
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• Allocation Type: Multi-year Fund
• Section: 一般
• Research Field: Aquatic bioproduction science
• Research Institution: Japan Fisheries Research and Education Agency
• Principal Investigator: Yanagimoto Takashi 国立研究開発法人水産総合研究センター, 中央水産研究所, 主任研究員 (30443386)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): NIWA Hirosato 国立研究開発法人・水産研究総合研究センター, 中央水産研究所, 主幹研究員 (60372083) ; NASHIDA Kazuya 国立研究開発法人・水産研究総合研究センター, 中央水産研究所, 主任研究員 (10371882)
• Project Period (FY): 2013-04-01 – 2016-03-31
• Project Status: Completed (Fiscal Year 2015)
• Budget Amount: ¥4,940,000 (Direct Cost: ¥3,800,000、Indirect Cost: ¥1,140,000); Fiscal Year 2015: ¥1,820,000 (Direct Cost: ¥1,400,000、Indirect Cost: ¥420,000); Fiscal Year 2014: ¥1,560,000 (Direct Cost: ¥1,200,000、Indirect Cost: ¥360,000); Fiscal Year 2013: ¥1,560,000 (Direct Cost: ¥1,200,000、Indirect Cost: ¥360,000)
• Keywords: マイワシ / 遺伝的多様性 / 有効集団サイズ / コアレセント解析 / 集団構造 / コアレセントシミュレーション / メタ集団 / mtDNA / 年集団 / 多型 / コアレセントシュミレーション

Outline of Final Research Achievements

Applying coalescent models to mitochondrial DNA sequences from the Japanese sardine, we found evidence for reproductive skew, which can produce an excess of rare alleles and extremely low ratios of effective population size to census size.

Research Products

• [Journal Article] Reproductive skew in Japanese sardine inferred from DNA sequences (2016)
  • Author(s): Niwa H, Nashida K, Yanagimoto, T.
  • Journal Title: ICES Volume: 印刷中
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] マイワシmtDNA D-Loop領域の塩基配列の地理的変異について (2016)
  • Author(s): 柳本 卓・丹羽洋智・梨田和也
  • Journal Title: DNA多型 Volume: 24
  • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] 資源の増減に伴うマイワシmtDNAの遺伝的多様性の変化について (2015)
  • Author(s): 柳本 卓・丹羽洋智・梨田和也
  • Journal Title: DNA多型 Volume: 23 Pages: 89-91
  • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] パレート系統樹を有する海産魚介類集団のダイナミクス (2015)
  • Author(s): 丹羽洋智
  • Journal Title: 数理解析研究所講究録 Volume: 1937 Pages: 101-108
  • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] 資源の増減に伴うマイワシmtDNAの遺伝的多様性の変化について (2015)
  • Author(s): 柳本 卓・丹羽洋智・梨田一也
  • Journal Title: DNA多型 Volume: 23
  • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] Uncertainty in a measurement of density dependence on population fluctuations (2014)
  • Author(s): Hiro-Sato Niwa
  • Journal Title: Applied Mathematics Volume: 5 Pages: 1108-1119
  • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
• [Presentation] マイワシmtDNA D-Loop領域の塩基配列の地理的変異について (2015)
  • Author(s): 柳本 卓・丹羽洋智・梨田一也
  • Organizer: 日本DNA多型学会
  • Place of Presentation: 岡山
  • Year and Date: 2015-11-19
• [Presentation] 卓越年級群の加入に伴う遺伝的多様性の低下 (2015)
  • Author(s): 丹羽洋智
  • Organizer: 水産海洋学会
  • Place of Presentation: 釧路市
  • Year and Date: 2015-10-11
• [Presentation] 資源の増減に伴うマイワシmtDNAの遺伝的多様性の変化について (2014)
  • Author(s): 柳本 卓・丹羽洋智・梨田一也
  • Organizer: 日本DNA多型学会第23回学術集会
  • Place of Presentation: 名古屋 ウインクあいち
  • Year and Date: 2014-11-30
• [Presentation] Poisson vs Pareto 型繁殖: DNA 多型情報に基づく加入過程の推測 (2014)
  • Author(s): 丹羽洋智・柳本 卓・梨田一也
  • Organizer: 2014年度水産海洋学会研究発表大会
  • Place of Presentation: 横浜 中央水産研究所
  • Year and Date: 2014-11-16
• [Presentation] 土佐湾におけるニギス幼魚の初期成長に関する予備的考察 (2014)
  • Author(s): 梨田 一也
  • Organizer: 2014年度水産海洋学会研究発表大会
  • Place of Presentation: 水産総合研究センター中央水産研究所
  • Year and Date: 2014-11-15 – 2014-11-16
• [Presentation] パレート系統樹を有する海産魚介類集団のダイナミクス (2014)
  • Author(s): 丹羽洋智
  • Organizer: 第11回 生物数学の理論とその応用
  • Place of Presentation: 京都大学数理解析研究所研
  • Year and Date: 2014-09-16 – 2014-09-19
• [Presentation] mtDNA D-Loop領域の塩基配列分析によるマイワシの集団構造について (2014)
  • Author(s): 柳本 卓
  • Organizer: 日本水産学会
  • Place of Presentation: 北海道大学
• [Presentation] 個体群動態におけるbottleneckとsweepstakesがDNA配列に残す痕跡 (2014)
  • Author(s): 丹羽洋智
  • Organizer: 日本生態学会
  • Place of Presentation: 広島国際会議場
• [Presentation] コアレセント・シミュレーションによるマイワシ加入過程の検討 (2013)
  • Author(s): 丹羽洋智
  • Organizer: 水産海洋学会
  • Place of Presentation: 京都大学