Genomic analysis of Shiga toxin-producing Escherichia coli belonging novel O serogroups

• Project/Area Number: 25460540
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• Allocation Type: Multi-year Fund
• Section: 一般
• Research Field: Bacteriology (including mycology)
• Research Institution: University of Miyazaki
• Principal Investigator: Iguchi Atsushi 宮崎大学, 農学部, 准教授 (00437948)
• Co-Investigator(Renkei-kenkyūsha): IYODA SUNAO 国立感染症研究所, 細菌第一部, 主任研究官 (70300928) ; OHNISHI MAKOTO 国立感染症研究所, 細菌第一部, 部長 (10233214) ; SETO KAZUKO 大阪府立公衆衛生研究所, 細菌課, 主任研究員 (70211323)
• Project Period (FY): 2013-04-01 – 2016-03-31
• Project Status: Completed (Fiscal Year 2015)
• Budget Amount: ¥5,200,000 (Direct Cost: ¥4,000,000、Indirect Cost: ¥1,200,000); Fiscal Year 2015: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000); Fiscal Year 2014: ¥1,560,000 (Direct Cost: ¥1,200,000、Indirect Cost: ¥360,000); Fiscal Year 2013: ¥2,210,000 (Direct Cost: ¥1,700,000、Indirect Cost: ¥510,000)
• Keywords: 志賀毒素産生性大腸菌 / O血清群 / PCR / 血清型 / ゲノム解析 / 腸管出血性大腸菌 / ゲノム / 進化系統

Outline of Final Research Achievements

We conducted genomic analysis of Shiga toxin-producing Escherichia coli belonging novel O serogroups (O182-O187). Based on the O-antigen biosynthesis gene clusters extracted from draft genomes, each O-serogroup-specific PCR method was designed. Screening by using the PCR methods showed that two O182, six O183, one O185 and one O186 were identified from 2014-2015 STEC isolates in Japan.

Research Products

• [Journal Article] Six novel O genotypes from Shiga toxin-producing Escherichia coli (2016)
  • Author(s): Iguchi A, Iyoda S, Seto K, Nishii H, Ohnishi M, Mekata H, Ogura Y, Tetsuya H
  • Journal Title: Frontiers in Microbiology Volume: in press
  • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
• [Presentation] ヒト由来STECから見出した8種類の新規O群遺伝子型と牛由来STECにおける分布 (2016)
  • Author(s): 井口純、伊豫田淳
  • Organizer: 日本細菌学会
  • Place of Presentation: 大阪国際交流センター
  • Year and Date: 2016-03-23
• [Presentation] 腸管出血性大腸菌で見つかった 新規O血清群遺伝子型（O-genotype）について (2015)
  • Author(s): 井口純、伊豫田淳
  • Organizer: 日本食品微生物学会
  • Place of Presentation: 川崎市教育文化会館
  • Year and Date: 2015-11-12
• [Presentation] 同種内の細分類に利用されるゲノム多型 (2015)
  • Author(s): 井口 純
  • Organizer: 日本細菌学会総会
  • Place of Presentation: 長良川国際会議場
  • Year and Date: 2015-03-26 – 2015-03-28
• [Presentation] O血清群別に見たSTECの選択培地上での生育傾向 (2014)
  • Author(s): 秋吉 充子、加藤 結子、中村 寛海、井口 純
  • Organizer: 日本食品微生物学会学術総会
  • Place of Presentation: 大阪府立大学
  • Year and Date: 2014-09-18 – 2014-09-19
• [Presentation] ウシ由来STECのO-genotypeを含めた遺伝学的特徴解析 (2014)
  • Author(s): 加藤 結子、大畠 律子、河合 央博、西本 清仁、佐々木 麻里、成松 浩志、秋吉 充子、中嶋 洋、緒方 喜久代、伊豫田 淳、石原 朋子、大西 真、井口 純
  • Organizer: ウシ由来STECのO-genotypeを含めた遺伝学的特徴解析
  • Place of Presentation: 大阪府立大学
  • Year and Date: 2014-09-18 – 2014-09-19