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Development of RNA-diagnosis system for the analysisi of RNA and RNA-protein complexes

Research Project

Project/Area Number 25620132
Research Category

Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research

Allocation TypeMulti-year Fund
Research Field Bio-related chemistry
Research InstitutionKyoto Institute of Technology

Principal Investigator

MURAKAMI Akira  京都工芸繊維大学, 工芸科学研究科, 教授 (60210001)

Project Period (FY) 2013-04-01 – 2015-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2014)
Budget Amount *help
¥3,770,000 (Direct Cost: ¥2,900,000、Indirect Cost: ¥870,000)
Fiscal Year 2014: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
Fiscal Year 2013: ¥2,340,000 (Direct Cost: ¥1,800,000、Indirect Cost: ¥540,000)
KeywordsRNA診断 / 非コードRNA / miRNA / RISC / ピレンプローブ / 均一系蛍光検出 / 均一溶液系蛍光検出 / RNAプローブ / 蛍光分析 / 選択的スプライシング / FRET
Outline of Final Research Achievements

Human genome project has revealed that the mechanism of gene expression is much more complicated than that we have believed to date. This project focused on the novel RNA-diagnosis system for understanding the detailed mechanism of gene expression where RNAs play crucial roles. As results, we innovated the following systems: (1)Fluorescent-RNA-detection system to detect specific RNA in homogeneous physiological condition. The system was successfully applied to detect unusual splicing products of the muscular dystrophy. (2)Fluorescent-RNA-detection system to detect RNA-protein complexes such as telomerses and RNA-induced silencing complex (RISC). The system successfully detected telomerase in fixed cells and RISC in living cells. The system can be applied to the development of the novel curing methods of various diseases such as cancers.

Report

(3 results)
  • 2014 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2013 Research-status Report
  • Research Products

    (37 results)

All 2015 2014 2013

All Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 4 results,  Open Access: 3 results,  Acknowledgement Compliant: 2 results) Presentation (30 results) (of which Invited: 1 results) Book (2 results) Patent(Industrial Property Rights) (1 results) (of which Overseas: 1 results)

  • [Journal Article] Functional regulation of RNA-induced silencing complex by photoreactive oligonucleotides2014

    • Author(s)
      Matsuyama, Y., Yamayoshi, A.*, Kobori, A., Murakami A.
    • Journal Title

      Bioorg Med Chem

      Volume: 22 Issue: 3 Pages: 1003-1007

    • DOI

      10.1016/j.bmc.2013.12.044

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    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Novel photodynamic effect of psoralen-conjugated oligonucleotides for discrimination of methylation of cytosine in DNA2014

    • Author(s)
      Yamayoshi, A.*, Matsuyama, Y., Kushida, M., Kobori, A., Murakami A.
    • Journal Title

      Photochemistry and Photobiology

      Volume: 90 Issue: 3 Pages: 716-722

    • DOI

      10.1111/php.12232

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      2013 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Rate-adjusted cross-linking reaction by photoresponsive -bromoaldehyde(PBA)-conjugated ODN2013

    • Author(s)
      Kobori A., Nagae Y., Sugihara X., Yamayoshi A., Murakami A
    • Journal Title

      Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters

      Volume: 3 Issue: 21 Pages: 5875-5828

    • DOI

      10.1016/j.bmcl.2013.08.100

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    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Dual-fluorescent RNA probes with extremely large Stokes shifts.2013

    • Author(s)
      Kobori A., Ueda T., Sanada Y., Yamayoshi A., Murakami A
    • Journal Title

      Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry,

      Volume: 77 Pages: 1117-1119

    • NAID

      10031177609

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  • [Presentation] RISC機能の制御を目指した遺伝子発現制御素子の開発(II) RISCからのmicroRNA解離効果にアンチセンス核酸の化学構造が及ぼす影響2015

    • Author(s)
      有吉純平、栄森奈緒、中村裕未、小堀哲生、村上 章、山吉麻子
    • Organizer
      日本化学会第95春季年会
    • Place of Presentation
      日本大学 理工学部船橋キャンパス
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      有吉純平、山吉麻子、栄森奈緒、小堀哲生、村上章
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      第37回日本分子生物学会年会
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      パシフィコ横浜
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      第37回日本分子生物学会年会
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      パシフィコ横浜
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      中村裕未、松山洋平、小西 諒、小堀哲生、村上章、山吉麻子
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      第37回日本分子生物学会年会
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      パシフィコ横浜
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      有吉純平、山吉麻子、栄森奈緒、小堀哲生、村上章
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      ISNAC2014
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      村上章、中嶋康介、西村茜、小堀哲生、山吉麻子、松尾雅文
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      ISNAC2014
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      北九州国際会議場
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      山吉麻子、有吉純平、松山洋平、小堀哲生、村上 章
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      第8回バイオ関連化学シンポジウム
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      岡山大学 津島キャンパス
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      第8回バイオ関連化学シンポジウム
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      岡山大学 津島キャンパス
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      2014-09-11 – 2014-09-13
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      有吉純平、山吉麻子、栄森奈緒、小堀哲生、村上 章
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      アンチセンス・遺伝子デリバリーシンポジウム2014
    • Place of Presentation
      東京医科歯科大学 M&Dタワー
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      2014-09-07 – 2014-11-08
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  • [Presentation] Mature-microRNAを標的とした機能性分子の設計指針2014

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      山吉麻子、有吉純平、松山洋平、栄森奈緒、小堀哲生、村上章
    • Organizer
      アンチセンス・遺伝子デリバリーシンポジウム2014
    • Place of Presentation
      東京医科歯科大学 M&Dタワー
    • Year and Date
      2014-09-07 – 2014-09-08
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    • Author(s)
      村上 章
    • Organizer
      アンチセンスDNA/RNA研究会特別シンポジウム
    • Place of Presentation
      東京ガーデンパレス
    • Year and Date
      2014-09-06
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  • [Presentation] 人工核酸によるnon-coding RNAの機能を阻害する分子の設計指針2014

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      山吉麻子、有吉純平、松山洋平、小堀哲生、村上 章
    • Organizer
      第24回 バイオ・高分子シンポジウム
    • Place of Presentation
      東京工業大学大岡山キャンパス
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      2014-07-24 – 2014-07-25
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      有吉純平、山吉麻子、栄森奈緒、小堀哲生、村上章
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      第24回 バイオ・高分子シンポジウム
    • Place of Presentation
      東京工業大学大岡山キャンパス
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      2014-07-24 – 2014-07-25
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      有吉純平、山吉麻子、栄森奈緒、小堀哲生、村上章
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      第63回高分子学会年次大会
    • Place of Presentation
      名古屋国際会議場
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      2014-05-27 – 2014-05-29
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      村上章、中嶋康介、川合雅幸、古山 紘太、山吉 麻子、小堀 哲生
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      第61回 日本生化学会近畿支部例会
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      京都産業大学 神山ホール
    • Year and Date
      2014-05-17
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      名古屋大学東山キャンパス
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      有吉純平・山吉麻子・栄森奈緒・小堀哲生・村上 章
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      日本化学会第94春季年会
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      名古屋大学東山キャンパス
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      山吉麻子・中村裕未・松山洋平・小堀哲生・村上 章
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      日本化学会第94春季年会
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      名古屋大学東山キャンパス
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      村上 章・中嶋康介・川合雅幸・古山紘太・山吉麻子・小堀哲生
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      日本化学会第94春季年会
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      名古屋大学東山キャンパス
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      山吉麻子・有吉純平・小堀哲生・村上 章
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      第23回バイオ・高分子シンポジウム
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      東京工業大学大学・大岡山キャンパス
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      松山洋平・山吉麻子・小堀哲生・村上 章
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      第23回バイオ・高分子シンポジウム
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      東京工業大学大学・大岡山キャンパス
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      神奈川大学
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      神奈川大学
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      第23回 アンチセンスシンポジウム
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      徳島大学大塚講堂
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      有吉純平・山吉麻子・小堀哲生・村上 章
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      第23回 アンチセンスシンポジウム
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      徳島大学大塚講堂
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      村上 章・中嶋康介・川合雅幸・古山紘太・山吉麻子・小堀哲生
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      第23回 アンチセンスシンポジウム
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      徳島大学大塚講堂
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      松山洋平・山吉麻子・小堀哲生・村上 章
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      第23回 アンチセンスシンポジウム
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      徳島大学大塚講堂
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  • [Book] Photoregulation of DNA/RNA functions2015

    • Author(s)
      Yamayoshi A, Kobori A, Murakami A
    • Publisher
      Pan Stanford Publishing Pte. Ltd.
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  • [Book] Curr Protoc Nucleic Acid Chem2014

    • Author(s)
      Kobori A, Yamayoshi A, Murakami A
    • Publisher
      Wiley Interscience
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  • [Patent(Industrial Property Rights)] RNA分析チップおよびRNA分析方法2015

    • Inventor(s)
      村上章、小堀哲生、山吉麻子、野田雄一郎、近藤正幸
    • Industrial Property Rights Holder
      村上章、小堀哲生、山吉麻子、野田雄一郎、近藤正幸
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      2015-010639
    • Filing Date
      2015-01-22
    • Related Report
      2014 Annual Research Report
    • Overseas

URL: 

Published: 2014-07-25   Modified: 2019-07-29  

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