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微生物細胞集団における不均一性メカニズムのゲノムワイド解析手法の確立

Research Project

Project/Area Number 25892034
Research Category

Grant-in-Aid for Research Activity Start-up

Allocation TypeSingle-year Grants
Research Field Applied microbiology
Research InstitutionNational Institute of Advanced Industrial Science and Technology

Principal Investigator

宮崎 亮  独立行政法人産業技術総合研究所, その他部局等, 研究員 (80712489)

Project Period (FY) 2013-08-30 – 2015-03-31
Project Status Declined (Fiscal Year 2014)
Budget Amount *help
¥2,730,000 (Direct Cost: ¥2,100,000、Indirect Cost: ¥630,000)
Fiscal Year 2014: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000)
Fiscal Year 2013: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
Keywords遺伝子発現 / 一細胞解析 / 国際情報交換 / スイス
Research Abstract

細菌は、均一なゲノムを持ったクローン細胞集団であっても、個々の細胞レベルの生理状態は完全に均一ではなく、mRNAやタンパク質の“ばらつき”に依存して、特異的な機能や個性的な挙動を示す。本研究は、従来の微生物学において見過ごされてきたこのような「クローン細胞集団における一細胞レベルの不均一性」をゲノムワイドに解析する独自の手法を構築するとともに、その生物学的意義を明らかにしようとするものである。
今年度は、細菌一細胞の動態を高精度に検出するための顕微鏡システムと解析ステーションを立ち上げ、実験的な条件検討を進めた。本システムは細菌の一細胞レベルでの遺伝子発現・挙動解析をリアルタイムで計測することが可能である。また、これら高精度な一細胞ライブイメージングに適した解析用レポーター株を構築し、一細胞レベルの遺伝子発現や細胞活性を正確にトラッキングできるようシステムの最適化を行った。このような不均一な表現系を生み出す分子メカニズムの解明に向けて、外部研究機関との共同研究を立ち上げ、少数細胞をゲノムワイドに解析する手法の構築を進めている。また、本研究で用いる細菌株のゲノムを解読し、今後のゲノム解析に向けた基盤を整えた。
本研究で構築するゲノムワイド解析手法の完成に先駆け、複数の外部研究機関との共同研究によって、生物進化における「一細胞レベルの不均一性」が有する重要性を追求する新しいプロジェクトも立ち上げた。

Current Status of Research Progress
Reason

翌年度、交付申請を辞退するため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

翌年度、交付申請を辞退するため、記入しない。

Report

(1 results)
  • 2013 Annual Research Report
  • Research Products

    (5 results)

All 2014 2013

All Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 4 results) Presentation (1 results) (of which Invited: 1 results)

  • [Journal Article] クローン細胞集団における遺伝子発現の不均一性とその生物学的意義2013

    • Author(s)
      宮崎亮
    • Journal Title

      化学と生物

      Volume: 51 Pages: 548-553

    • NAID

      10031190492

    • Related Report
      2013 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A new large-DNA-fragment delivery system based on integrase activity from an integrative and conjugative element2013

    • Author(s)
      Ryo Miyazaki and Jan Roelof van der Meer
    • Journal Title

      Applied and Environmental Microbiology

      Volume: 79 Issue: 14 Pages: 4440-4447

    • DOI

      10.1128/aem.00711-13

    • Related Report
      2013 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Community-wide plasmid gene mobilization and selection2013

    • Author(s)
      Vladimir Sentchilo, Antonia P Mayer, Lionel Guy, Ryo Miyazaki, Susannah Green Tringe, Kerrie Barry, Stephanie Malfatti, Alexander Goessmann, Marc Robinson-Rechavi and Jan R van der Meer
    • Journal Title

      ISME Journal

      Volume: 7 Issue: 6 Pages: 1173-1186

    • DOI

      10.1038/ismej.2013.13

    • Related Report
      2013 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Inhibitory effect of Pseudomonas putida nitrogen-related phosphotransferase system on conjugative transfer of IncP-9 plasmid from Escherichia coli2013

    • Author(s)
      Inoue K, Miyazaki R, Ohtsubo Y, Nagata Y, Tsuda M
    • Journal Title

      FEMS microbiology letters

      Volume: 345 Issue: 2 Pages: 102-109

    • DOI

      10.1111/1574-6968.12188

    • Related Report
      2013 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Like a complete unknown:一細胞解析で見える新しい生命現象2014

    • Author(s)
      宮崎亮
    • Organizer
      日本農芸化学会2014大会
    • Place of Presentation
      明治大学 (東京)
    • Related Report
      2013 Annual Research Report
    • Invited

URL: 

Published: 2013-09-12   Modified: 2019-07-29  

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