薬効発揮に重要な長時間ダイナミクスを抽出・解析する分子シミュレーション手法の開発

• Project/Area Number: 25K03214
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• Allocation Type: Multi-year Fund
• Section: 一般
• Review Section: Basic Section 62010:Life, health and medical informatics-related
• Research Institution: University of Tsukuba
• Principal Investigator: 原田 隆平 筑波大学, 計算科学研究センター, 准教授 (60612174)
• Project Period (FY): 2025-04-01 – 2029-03-31
• Project Status: Granted (Fiscal Year 2025)
• Budget Amount: ¥18,720,000 (Direct Cost: ¥14,400,000、Indirect Cost: ¥4,320,000); Fiscal Year 2028: ¥3,120,000 (Direct Cost: ¥2,400,000、Indirect Cost: ¥720,000); Fiscal Year 2027: ¥5,200,000 (Direct Cost: ¥4,000,000、Indirect Cost: ¥1,200,000); Fiscal Year 2026: ¥5,200,000 (Direct Cost: ¥4,000,000、Indirect Cost: ¥1,200,000); Fiscal Year 2025: ¥5,200,000 (Direct Cost: ¥4,000,000、Indirect Cost: ¥1,200,000)
• Keywords: インシリコ創薬 / 分子シミュレーション

Outline of Research at the Start

薬剤の作用機序を解明するため, 薬効発揮に重要な長時間ダイナミクスとして「生体膜の透過 → 標的分子との結合 → 活性サイトでの反応 → 標的分子からの解離」を抽出・解析できる計算手法を開発する. 具体的には, 代表者が独自に開発した計算手法 (PaCS-MD/OFLOOD)を拡張することで実現する. 長時間ダイナミクス抽出後の解析として, 作用機構を記述する自由エネルギーに加え, 膜透過係数・結合定数・解離定数・反応エネルギーを見積り, 実験値と定量的に比較できるレベルに到達することを目指す. 最終的に, 開発手法を計算プログラムとして公開し, インシリコ創薬を加速する.