Prediction and network construction of kinase-substrate interactions using phosphoproteomic data

• Project/Area Number: 25K03220
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• Allocation Type: Multi-year Fund
• Section: 一般
• Review Section: Basic Section 62010:Life, health and medical informatics-related
• Research Institution: The University of Osaka
• Principal Investigator: 水口 賢司 大阪大学, 蛋白質研究所, 教授 (50450896)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 足立 淳 国立研究開発法人医薬基盤・健康・栄養研究所, 医薬基盤研究所 創薬デザイン研究センター, 副センター長 (20437255) ; 李 秀栄 国立研究開発法人医薬基盤・健康・栄養研究所, 医薬基盤研究所 AI健康・医薬研究センター, プロジェクトリーダー (50390670)
• Project Period (FY): 2025-04-01 – 2028-03-31
• Project Status: Granted (Fiscal Year 2025)
• Budget Amount: ¥25,740,000 (Direct Cost: ¥19,800,000、Indirect Cost: ¥5,940,000); Fiscal Year 2027: ¥9,100,000 (Direct Cost: ¥7,000,000、Indirect Cost: ¥2,100,000); Fiscal Year 2026: ¥6,370,000 (Direct Cost: ¥4,900,000、Indirect Cost: ¥1,470,000); Fiscal Year 2025: ¥10,270,000 (Direct Cost: ¥7,900,000、Indirect Cost: ¥2,370,000)
• Keywords: タンパク質間相互作用予測 / キナーゼ / リン酸化プロテオミクス / 細胞内情報伝達ネットワーク / データベース

Outline of Research at the Start

タンパク質キナーゼは、基質タンパク質のリン酸化を介した細胞内情報伝達の鍵となる分子で、主要な創薬標的の一つでもある。一方、細胞内でリン酸化されたタンパク質を網羅的に同定する実験技術が進展しているが、大多数はどのキナーゼの作用によるものかがわからない。本研究では、キナーゼの立体構造と揺らぎを考慮することでキナーゼと基質ペア予測の精度を向上させるとともに、この予測手法と新規実験データを統合して、細胞内環境における情報伝達メカニズム解明を目指す。