Identification of chromatin-associated RNA using long-read sequencing

• Project/Area Number: 25K09598
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• Allocation Type: Multi-year Fund
• Section: 一般
• Review Section: Basic Section 43050:Genome biology-related
• Research Institution: Institute of Physical and Chemical Research
• Principal Investigator: 加藤 雅紀 国立研究開発法人理化学研究所, 生命医科学研究センター, 上級研究員 (10625437)
• Project Period (FY): 2025-04-01 – 2028-03-31
• Project Status: Granted (Fiscal Year 2025)
• Budget Amount: ¥4,680,000 (Direct Cost: ¥3,600,000、Indirect Cost: ¥1,080,000); Fiscal Year 2027: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000); Fiscal Year 2026: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000); Fiscal Year 2025: ¥1,820,000 (Direct Cost: ¥1,400,000、Indirect Cost: ¥420,000)
• Keywords: ノンコーディングRNA / クロマチン / イントロン / ロングリードシーケンス

Outline of Research at the Start

ヒトでは28,000種ほどのノンコーディングRNA(ncRNA)、長鎖ncRNA(lncRNA)が転写されていると考えられているが、そのほとんどがどのような機能を持っているのか明らかになっていない。これまでのRNAとクロマチンの相互作用をゲノムワイドに網羅的に検出する系を用いた解析からlncRNAのみならず、タンパク質をコードする遺伝子由来のイントロンも発現遺伝子から5Mb以上離れた場所のクロマチンにも結合していることが明らかとなった。本研究ではロングリードシーケンサーを用いクロマチン画分由来のRNAの完全長配列を同定することで染色体高次構造に重要な役割をもつRNAを探索することを目的とする。