新しいEP相互作用モデルを用いた細胞老化に伴う炎症性タンパク質の過剰発現の機構解明

• Project/Area Number: 25K09600
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• Allocation Type: Multi-year Fund
• Section: 一般
• Review Section: Basic Section 43060:System genome science-related
• Research Institution: Hokkaido University
• Principal Investigator: 谷澤 英樹 北海道大学, 遺伝子病制御研究所, 准教授 (70402550)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 鍾 奕洛 北海道大学, 遺伝子病制御研究所, 非常勤研究員 (70988948)
• Project Period (FY): 2025-04-01 – 2029-03-31
• Project Status: Granted (Fiscal Year 2025)
• Budget Amount: ¥4,680,000 (Direct Cost: ¥3,600,000、Indirect Cost: ¥1,080,000); Fiscal Year 2028: ¥910,000 (Direct Cost: ¥700,000、Indirect Cost: ¥210,000); Fiscal Year 2027: ¥1,170,000 (Direct Cost: ¥900,000、Indirect Cost: ¥270,000); Fiscal Year 2026: ¥910,000 (Direct Cost: ¥700,000、Indirect Cost: ¥210,000); Fiscal Year 2025: ¥1,690,000 (Direct Cost: ¥1,300,000、Indirect Cost: ¥390,000)
• Keywords: ゲノムの３次元構造 / EP相互作用 / 細胞老化 / クロマチン / コンデンシン

Outline of Research at the Start

本研究は、老化細胞におけるSASP因子の発現上昇が、従来のLoop extrusionモデルではなく、複数のEnhancerとPromoter間の同時相互作用によって制御されるという仮説を検証する。Diffusion captureモデルに基づき、高解像度Hi-C、HiChIP、Pore-C、ChIP-seqなどの技術を用いてEP相互作用の構造と機能を解析する。さらに、コンデンシンとコヒーシンの機能解析を通じてその制御機構を明らかにし、多層的データを機械学習により統合することで、老化に伴う発現変化の予測システムを構築し、その原理解明を目指す。