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ChIP-Injection: Identification of functional enhancers using zebrafish embryos

Research Project

Project/Area Number 26430182
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section一般
Research Field Genome biology
Research InstitutionSaitama University

Principal Investigator

Akinori Kawamura  埼玉大学, 理工学研究科, 准教授 (10466691)

Project Period (FY) 2014-04-01 – 2018-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2017)
Budget Amount *help
¥5,070,000 (Direct Cost: ¥3,900,000、Indirect Cost: ¥1,170,000)
Fiscal Year 2016: ¥1,820,000 (Direct Cost: ¥1,400,000、Indirect Cost: ¥420,000)
Fiscal Year 2015: ¥1,560,000 (Direct Cost: ¥1,200,000、Indirect Cost: ¥360,000)
Fiscal Year 2014: ¥1,690,000 (Direct Cost: ¥1,300,000、Indirect Cost: ¥390,000)
Keywordsエンハンサー / スクリーニング / クロマチン免疫沈降法 / ゼブラフィッシュ / ヒストン修飾
Outline of Final Research Achievements

Using zebrafish embryos, we established a ChIP-Injection method that enables identification of functional enhancers based on their enhancer activities in embryos. Each reporter gene possessing the enhancer-associated genomic region enriched by ChIP was injected into zebrafish embryos to analyze the activity of putative enhancers. By using the ChIP-Injection, we identified 32 distinct putative enhancers that drove specific expression. Additionally, we generated transgenic lines that exhibit distributions of the EGFP signal as was observed in the screening. Furthermore, the expression pattern driven by the identified somite-specific enhancer resembled that of the gene acta2. The results indicate that ChIP-Injection provides an efficient approach for identification of active enhancers in a potentially wide variety of developmental tissues and stages.

Report

(5 results)
  • 2017 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2016 Research-status Report
  • 2015 Research-status Report
  • 2014 Research-status Report
  • Research Products

    (42 results)

All 2018 2017 2016 2015 2014 Other

All Journal Article (2 results) (of which Peer Reviewed: 2 results,  Acknowledgement Compliant: 2 results) Presentation (36 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results) Remarks (4 results)

  • [Journal Article] Enhancer activity-based identification of functional enhancers using zebrafish embryos2016

    • Author(s)
      Tomohito Taminato, Daisuke Yokota , Soh Araki, Hiroki Ovara, Kyo Yamasu, and Akinori Kawamura
    • Journal Title

      Genomics

      Volume: 108 Pages: 102-107

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    • Author(s)
      (14)Kawamura, A., Ovara, H., Ooka, Y., Kinoshita, H., Hoshikawa, M., Nakajo, K., Yokota, D., Fujino, Y., Higashijima, S., Takada, S., Yamasu, K.
    • Journal Title

      Developmental Biology

      Volume: 409 Pages: 543-554

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      神戸ポートアイランド (兵庫県 神戸市)
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      2015-12-01
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      早稲田大学(東京都・新宿区)
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      2015-03-14
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      早稲田大学(東京都・新宿区)
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      2015-03-14
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      Ovara H., Ooka Y., Hoshikawa M., Takada S., Yamasu K., Kawamura A
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      慶應大学(東京都・港区)
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Published: 2014-04-04   Modified: 2019-03-29  

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