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Nucleosome formation and chromatin dynamics in microsatellite DNA sequences

Research Project

Project/Area Number 26430186
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section一般
Research Field Genome biology
Research InstitutionMeisei University

Principal Investigator

Shimizu Mitsuhiro  明星大学, 理工学部, 教授 (80231364)

Research Collaborator KAGAWA Wataru  明星大学, 理工学部, 准教授
KURUMIZAKA Hitoshi  早稲田大学, 理工学術院, 教授
MUKAI Yukio  長浜バイオ大学, バイオサイエンス学部, 准教授
KATO Hiroaki  島根大学, 医学部, 助教
FUSE Tomohiro  明星大学, 大学院・理工学研究科, 大学院生
KATSUMATA Koji  明星大学, 大学院・理工学研究科, 大学院生
MOROHOSHI Koya  明星大学, 大学院・理工学研究科, 大学院生
KURIHARA Yohei  明星大学, 大学院・理工学研究科, 大学院生
TESHIGAHARA Yuta  明星大学, 大学院・理工学研究科, 大学院生
HAYASHI Toshiki  明星大学, 大学院・理工学研究科, 大学院生
IMAI Koshi  明星大学, 大学院・理工学研究科, 大学院生
Project Period (FY) 2014-04-01 – 2017-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2016)
Budget Amount *help
¥5,070,000 (Direct Cost: ¥3,900,000、Indirect Cost: ¥1,170,000)
Fiscal Year 2016: ¥1,690,000 (Direct Cost: ¥1,300,000、Indirect Cost: ¥390,000)
Fiscal Year 2015: ¥1,690,000 (Direct Cost: ¥1,300,000、Indirect Cost: ¥390,000)
Fiscal Year 2014: ¥1,690,000 (Direct Cost: ¥1,300,000、Indirect Cost: ¥390,000)
Keywordsゲノム機能発現 / ヌクレオソーム / クロマチン / マイクロサテライト / 反復配列DNA / DNA構造 / 出芽酵母
Outline of Final Research Achievements

Microsatellites are simple repeated DNA sequences that occupy about 3% of the human genome. The purpose of this study is to elucidate the structural and dynamic features of the chromatin in microsatellite DNA sequences. We focused on the triplet-repeat and disease-related repeat sequences, and systematically examined their effects on nucleosome formation and gene expression. Furthermore, we predicted nucleosome formation on these repeat sequences by a bioinformatics analysis. We identified the structural properties of repeated sequences that promote or inhibit nucleosome formation. These results provide new insights into the biological implications of microsatellites within chromosomes.

Report

(4 results)
  • 2016 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2015 Research-status Report
  • 2014 Research-status Report
  • Research Products

    (33 results)

All 2017 2016 2015 2014 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (3 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 3 results,  Acknowledgement Compliant: 2 results) Presentation (27 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Invited: 6 results) Remarks (2 results)

  • [Int'l Joint Research] Carnegie Mellon University(米国)

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      2015 Research-status Report
  • [Journal Article] Sequence-directed nucleosome-depletion is sufficient to activate transcription from a yeast core promoter in vivo2016

    • Author(s)
      Yuichi Ichikawa, Nobuyuki Morohashi, Nobuyuki Tomita, Aaron P. Mitchell, Hitoshi Kurumizaka, Mitsuhiro Shimizu
    • Journal Title

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      Volume: 印刷中 Issue: 2 Pages: 57-62

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2016.05.063

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      2015 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Cryogenic coherent x-ray diffraction imaging for biological non-crystalline particles using the KOTOBUKI-1 diffraction apparatus at SACLA2015

    • Author(s)
      Tomotaka Oroguchi, Yuki Sekiguchi, Amane Kobayashi,Yu Masaki, Asahi Fukuda, Saki Hashimoto, Masayoshi Nakasako, Yuichi Ichikawa, Hitoshi Kurumizaka, Mitsuhiro Shimizu et al.,
    • Journal Title

      Journal of Physics B: Atomic, Molecular and Optical Physics

      Volume: 48 Issue: 18 Pages: 184003-184003

    • DOI

      10.1088/0953-4075/48/18/184003

    • Related Report
      2015 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Nucleosome organization and chromatin dynamics in telomeres2015

    • Author(s)
      Yuichi Ichikawa, Yoshifumi Nishimura, Hitoshi Kurumizaka, and Mitsuhiro Shimizu
    • Journal Title

      Biomolecular Concepts

      Volume: 6 Issue: 1 Pages: 67-75

    • DOI

      10.1515/bmc-2014-0035

    • Related Report
      2014 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Presentation] ヒストンのDNA部位特異的切断によるin vivoでのヌクレオソームの解析2017

    • Author(s)
      清水光弘
    • Organizer
      第4回ヒストンバリアント研究会
    • Place of Presentation
      東北大学、仙台
    • Year and Date
      2017-02-11
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      2016 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] In vivoでヌクレオソーム形成を促進または阻害するトリヌクレオチドリピート配列2016

    • Author(s)
      勝俣光司、小川峻史、布施智博、市川雄一、胡桃坂仁志、加藤太陽、浦野健、清水光弘
    • Organizer
      第39回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜、横浜
    • Year and Date
      2016-11-30
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      2016 Annual Research Report
  • [Presentation] 遺伝的疾患に関与するC4GC4GCGとCCTGリピートにおけるヌクレオソーム形成のin vivoでの評価2016

    • Author(s)
      栗原陽平、勝俣光司、布施智博、加藤太陽、浦野健、清水光弘
    • Organizer
      第39回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜、横浜
    • Year and Date
      2016-11-30
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      2016 Annual Research Report
  • [Presentation] 出芽酵母ミニ染色体TRP1ARS1においてポジションに依存したヌクレオソームの多様性:化学的切断法とMNaseによる解析2016

    • Author(s)
      布施智博、勝俣光司、諸星皓哉、向由起夫、市川雄一、胡桃坂仁志、加藤太陽、浦野健、清水光弘
    • Organizer
      第39回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜、横浜
    • Year and Date
      2016-11-30
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  • [Presentation] 出芽酵母TRP1ARS1ミニ染色体におけるヌクレアーゼ感受性領域の形成に及ぼすDNA配列の影響2016

    • Author(s)
      林俊樹、布施智博、加藤太陽、浦野健、清水光弘
    • Organizer
      第39回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜、横浜
    • Year and Date
      2016-11-30
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  • [Presentation] 出芽酵母PHO5の転写活性化と抑制に伴う+1ヌクレオソームの解析2016

    • Author(s)
      諸星皓哉、今井洸志、布施智博、香川亘、清水光弘
    • Organizer
      第39回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜、横浜
    • Year and Date
      2016-11-30
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  • [Presentation] In vivoにおけるヒストンH3テールとDNAとの相互作用:新規化学的切断法の開発2016

    • Author(s)
      勅使川原裕太、諸星皓哉、布施智博、清水光弘
    • Organizer
      第39回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜、横浜
    • Year and Date
      2016-11-30
    • Related Report
      2016 Annual Research Report
  • [Presentation] 部位特異的ヒストンケミカルマッピングによるヌクレオソームの解析2016

    • Author(s)
      清水光弘
    • Organizer
      平成28年度国立遺伝学研究所研究会 クロマチン・細胞核の動的構造変換とエピジェネティック制御
    • Place of Presentation
      国立遺伝学研究所、三島
    • Year and Date
      2016-10-27
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      2016 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] In vivoにおいてポジショニングに依存したヌクレオソーム構造の多様性2016

    • Author(s)
      布施智博, 勝俣光司, 諸星皓哉, 栗原陽平, 勅使川原裕太, 林俊樹, 清水光弘
    • Organizer
      第89回日本生化学会大会
    • Place of Presentation
      東北大学、仙台
    • Year and Date
      2016-09-25
    • Related Report
      2016 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] トリヌクレオチドリピート配列によるin vivoでのヌクレオソーム形成の促進と阻害2016

    • Author(s)
      勝俣光司, 布施智博, 市川雄一, 胡桃坂仁志, 清水光弘
    • Organizer
      第89回日本生化学会大会
    • Place of Presentation
      東北大学、仙台
    • Year and Date
      2016-09-25
    • Related Report
      2016 Annual Research Report
  • [Presentation] 出芽酵母ミニ染色体においてポジショニングしたヌクレオソームの構造的特徴:化学切断法とMNaseによる解析2016

    • Author(s)
      布施智博, 勝俣光司, 諸星皓哉, 向由起夫, 市川雄一, 胡桃坂仁志, 清水光弘
    • Organizer
      第89回日本生化学会大会
    • Place of Presentation
      東北大学、仙台
    • Year and Date
      2016-09-25
    • Related Report
      2016 Annual Research Report
  • [Presentation] 出芽酵母PHO5の転写活性化と抑制に伴うヌクレオソームポジションの解析2016

    • Author(s)
      諸星皓哉, 布施智博, 清水光弘
    • Organizer
      第89回日本生化学会大会
    • Place of Presentation
      東北大学、仙台
    • Year and Date
      2016-09-25
    • Related Report
      2016 Annual Research Report
  • [Presentation] トリヌクレオチドリピート配列におけるヌクレオソーム形成のin vivoでの評価2015

    • Author(s)
      勝俣光司、栗原陽平、布施智博、市川雄一、胡桃坂仁志 、清水光弘
    • Organizer
      第38回日本分子生物学会年会、第88回日本生化学会大会合同大会(BMB2015)
    • Place of Presentation
      神戸ポートピアホテル他(兵庫県神戸市)
    • Year and Date
      2015-12-01
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      2015 Research-status Report
  • [Presentation] 出芽酵母ミニ染色体における601配列と5S rDNAのヌクレオソームポシジョニングの解析2015

    • Author(s)
      布施智博、林俊樹、市川雄一、向由起夫、胡桃坂仁志、清水光弘
    • Organizer
      第38回日本分子生物学会年会、第88回日本生化学会大会合同大会(BMB2015)
    • Place of Presentation
      神戸ポートピアホテル他(兵庫県神戸市)
    • Year and Date
      2015-12-01
    • Related Report
      2015 Research-status Report
  • [Presentation] 出芽酵母ミニ染色体において転写活性化と抑制状態のPHO5のヌクレオソームポシジションの解析2015

    • Author(s)
      諸星皓哉、勅使川原裕太、布施智博、清水光弘
    • Organizer
      第38回日本分子生物学会年会、第88回日本生化学会大会合同大会(BMB2015)
    • Place of Presentation
      神戸ポートピアホテル他(兵庫県神戸市)
    • Year and Date
      2015-12-01
    • Related Report
      2015 Research-status Report
  • [Presentation] In vivoにおいてDNA配列で規定されるヌクレオソームポジショニング2015

    • Author(s)
      清水光弘
    • Organizer
      平成27年度国立遺伝学研究所研究会「クロマチン・細胞核構造の形成とダイナミクスによるゲノム機能制御」
    • Place of Presentation
      国立遺伝学研究所(静岡県三島市)
    • Year and Date
      2015-10-29
    • Related Report
      2015 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] オルガネラのXFEL低温コヒーレントX線回折イメージング2015

    • Author(s)
      関口優希、小林周、苙口友隆, 中迫雅由、 高山裕貴、山本雅貴、乾弥生、松永幸大、市川雄一、胡桃坂仁志、清水光弘
    • Organizer
      第53回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      金沢大学(石川県金沢市)
    • Year and Date
      2015-09-13
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      2015 Research-status Report
  • [Presentation] Nucleosome positioning in yeast2015

    • Author(s)
      清水光弘、布施智博、勝俣光司、諸星皓哉
    • Organizer
      第6回高次クロマチン研究会(BCC6)
    • Place of Presentation
      八王子セミナーハウス(東京都八王子市)
    • Year and Date
      2015-09-10
    • Related Report
      2015 Research-status Report
  • [Presentation] Sequence-directed positioning and disruption of nucleosomes and their biological implications2015

    • Author(s)
      Mitsuhiro Shimizu
    • Organizer
      Chromatin and Epigenetics-Dr. Robert T. Simpson memorial meeting
    • Place of Presentation
      早稲田大学先端生命医科学センター(東京都新宿区)
    • Year and Date
      2015-08-29
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      2015 Research-status Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] DNA sequence-directed alteration of local chromatin structure can activate transcription from a core promoter in vivo2015

    • Author(s)
      Yuichi Ichikawa, Nobuyuki Morohashi, Hitoshi Kurumizaka and Mitsuhiro Shimizu
    • Organizer
      International Symposium on Chromatin Structure, Dynamics, and Function
    • Place of Presentation
      淡路夢舞台国際会議場(兵庫県淡路市)
    • Year and Date
      2015-08-23
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      2015 Research-status Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] XFEL低温コヒーレントX線回折イメージングによる細胞内小器官の構造研究2015

    • Author(s)
      関口優希、小林周、苙口友隆、中迫雅由、乾弥生、松永幸大、市川雄一、胡桃坂仁志、清水光弘、高山裕貴、山本雅貴
    • Organizer
      第15回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      あわぎんホール(徳島市)
    • Year and Date
      2015-06-24
    • Related Report
      2015 Research-status Report
  • [Presentation] In vivoにおいてポジショニングしたヌクレオソームのケミカルマッピング2015

    • Author(s)
      布施智博,市川雄一,勝俣光司,向由起夫,渋沢庸一,胡桃坂仁志,清水光弘
    • Organizer
      日本薬学会第135年会
    • Place of Presentation
      神戸学院大学他(兵庫県神戸市)
    • Year and Date
      2015-03-25 – 2015-03-28
    • Related Report
      2014 Research-status Report
  • [Presentation] マイクロサテライト配列におけるヌクレオソーム形成のin vivoでの評価2014

    • Author(s)
      勝俣光司、井手上翔、蝦名瑠衣、渡邊耀吉、布施智博、市川雄一、胡桃坂仁志、清水光弘
    • Organizer
      第37回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜(神奈川県横浜市)
    • Year and Date
      2014-11-25 – 2014-11-27
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      2014 Research-status Report
  • [Presentation] In vivoでポジショニングしたヌクレオソームの化学切断法による解析2014

    • Author(s)
      布施智博、市川雄一、勝俣光司、向由起夫、胡桃坂仁志、清水光弘
    • Organizer
      第37回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜(神奈川県横浜市)
    • Year and Date
      2014-11-25 – 2014-11-27
    • Related Report
      2014 Research-status Report
  • [Presentation] テロメアでのヌクレオソーム形成におけるTRF1およびTRF2の役割2014

    • Author(s)
      市川雄一、宇田有希、文屋廣隆、西村善文、胡桃坂仁志、清水光弘
    • Organizer
      第37回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜(神奈川県横浜市)
    • Year and Date
      2014-11-25 – 2014-11-27
    • Related Report
      2014 Research-status Report
  • [Presentation] RNAi因子を導入した出芽酵母におけるクロマチン構造の解析2014

    • Author(s)
      諸星皓哉、藤井郁弥、市川雄一、胡桃坂仁志、清水光弘
    • Organizer
      第37回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜(神奈川県横浜市)
    • Year and Date
      2014-11-25 – 2014-11-27
    • Related Report
      2014 Research-status Report
  • [Presentation] 出芽酵母ミニ染色体におけるヌクレオソームポジショニングの解析2014

    • Author(s)
      清水光弘
    • Organizer
      平成26年度国立遺伝学研究所研究会「クロマチンにおけるゲノムDNAの機能発現メカニズム」
    • Place of Presentation
      国立遺伝学研究所(静岡県三島市)
    • Year and Date
      2014-10-30 – 2014-10-31
    • Related Report
      2014 Research-status Report
    • Invited
  • [Remarks] 清水 光弘

    • URL

      http://www.hino.meisei-u.ac.jp/chem/LBT/Shimizu01.html

    • Related Report
      2015 Research-status Report
  • [Remarks] 明星大学理工学部総合理工学科生命科学・化学系 清水光弘

    • URL

      http://www.hino.meisei-u.ac.jp/chem/LBT/Shimizu01.html

    • Related Report
      2014 Research-status Report

URL: 

Published: 2014-04-04   Modified: 2022-01-27  

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