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Disaggregation mechanism of a ring shaped AAA+ chaperon

Research Project

Project/Area Number 26440085
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section一般
Research Field Biophysics
Research InstitutionKonan University

Principal Investigator

Watanabe Yo-hei  甲南大学, 理工学部, 准教授 (40411839)

Project Period (FY) 2014-04-01 – 2017-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2016)
Budget Amount *help
¥5,070,000 (Direct Cost: ¥3,900,000、Indirect Cost: ¥1,170,000)
Fiscal Year 2016: ¥780,000 (Direct Cost: ¥600,000、Indirect Cost: ¥180,000)
Fiscal Year 2015: ¥780,000 (Direct Cost: ¥600,000、Indirect Cost: ¥180,000)
Fiscal Year 2014: ¥3,510,000 (Direct Cost: ¥2,700,000、Indirect Cost: ¥810,000)
Keywords分子シャペロン / 脱凝集 / ClpB / AAA+ / 協同性 / 凝集体 / AAA+タンパク質 / 分子シャペロンン
Outline of Final Research Achievements

ClpB is a ring shaped hexameric chaperone that can rescue heat-aggregated proteins. We prepared various ordered heterohexamers of ClpB, in which two subunits having different mutations were cross-linked to each other and arranged alternately. Using these heterohexamers, we cleared that each subunit of ClpB randomly binds ATP, and cooperatively hydrolyzes them.
Although DnaK chaperone cooperates with the ClpB, detailed analysis of this cooperation is difficult due to their low affinity. We constructed the DnaK-ClpB fusion protein and its mutants. By the analysis of these fusion proteins, we found that the DnaK can activate the ClpB ATPase activity only when the DnaK is in the closed form that can stably bind substrate proteins.

Report

(4 results)
  • 2016 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2015 Research-status Report
  • 2014 Research-status Report
  • Research Products

    (15 results)

All 2016 2015 2014

All Journal Article (2 results) (of which Peer Reviewed: 2 results,  Acknowledgement Compliant: 2 results) Presentation (13 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 3 results)

  • [Journal Article] Analysis of the cooperative ATPase cycle of the AAA+ chaperone ClpB from Thermus thermophilus by using ordered heterohexamers with an alternating subunit arrangement2015

    • Author(s)
      Takashi Yamasaki, Yukiko Oohata, Toshiki Nakamura, and Yo-hei Watanabe
    • Journal Title

      The Journal of Biological Chemistry

      Volume: 290 Issue: 15 Pages: 9789-9800

    • DOI

      10.1074/jbc.m114.617696

    • Related Report
      2014 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] ClpB chaperone passively threads soluble denatured proteins through its central pore2014

    • Author(s)
      Yosuke Nakazaki and Yo-hei Watanabe
    • Journal Title

      Genes to Cells

      Volume: 19 Issue: 12 Pages: 891-900

    • DOI

      10.1111/gtc.12188

    • Related Report
      2014 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Presentation] 基質を掴んだDnaKによるClpBの活性化と効率的な脱凝集2016

    • Author(s)
      林 清夏, 鍵井 桂, 中崎 洋介, 渡辺 洋平
    • Organizer
      第39回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜
    • Year and Date
      2016-11-30
    • Related Report
      2016 Annual Research Report
  • [Presentation] 凝集体をほどくAAA+シャペロンClpBの作動原理2016

    • Author(s)
      渡辺 洋平, 内橋 貴之, 安藤 敏夫, 飯野 亮太, 林 清夏, 中崎 洋介, 鍵井 桂
    • Organizer
      第39回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜
    • Year and Date
      2016-11-30
    • Related Report
      2016 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] タンパク質凝集体の表面から突出したポリペプチド鎖は分子シャペロンによる脱凝集効率に影響を与える2016

    • Author(s)
      Yo-hei Watanabe, Takashi Yamasaki, Tatsuya Nojima, Akiyoshi Oda
    • Organizer
      第54回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      つくば国際会議場
    • Year and Date
      2016-11-25
    • Related Report
      2016 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 分子シャペロンClpB 6量体におけるミドルドメインの協同的な構造変化の検証2016

    • Author(s)
      石崎貴裕, 山崎孝史, 大畑薫子, 渡辺洋平
    • Organizer
      第89回日本生化学会大会
    • Place of Presentation
      仙台国際センター/東北大学川内北キャンパス
    • Year and Date
      2016-09-25
    • Related Report
      2016 Annual Research Report
  • [Presentation] ClpB6量体に見られるミドルドメインを介したサブユニット間相互作用2016

    • Author(s)
      杉田沙織, 渡邊久美子, 橋本佳奈, 渡辺洋平
    • Organizer
      第89回日本生化学会大会
    • Place of Presentation
      仙台国際センター/東北大学川内北キャンパス
    • Year and Date
      2016-09-25
    • Related Report
      2016 Annual Research Report
  • [Presentation] Cooperative ATPase cycle and dynamics of ClpB/Hsp104 disaggregase oligomer2016

    • Author(s)
      Yo-hei Watanabe, Takayuki Uchihashi, Toshio Ando, Ryota Iino, Takashi Yamasaki, Yosuke Nakazaki
    • Organizer
      「新生鎖の生物学」国際会議
    • Place of Presentation
      山梨県 富士河口湖町
    • Year and Date
      2016-09-01
    • Related Report
      2016 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] ClpB-DnaK脱凝集シャペロンに見られる、自己集合・自己組織化による機能獲得2015

    • Author(s)
      渡辺洋平, 内橋貴之, 安藤敏夫, 飯野亮太, 山崎孝史, 中崎洋介, 林清夏
    • Organizer
      第38回日本分子生物学会年会・第88回日本生化学会大会 合同大会
    • Place of Presentation
      神戸ポートアイランド(兵庫県・神戸市)
    • Year and Date
      2015-12-01
    • Related Report
      2015 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] 高速AFMで明らかにする分子シャペロンClpBの柔らかさと機能2015

    • Author(s)
      内橋貴之, 渡辺洋平, 飯野亮太, 安藤敏夫
    • Organizer
      第53回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      金沢大学 角間キャンパス 自然科学本館(石川県・金沢市)
    • Year and Date
      2015-09-13
    • Related Report
      2015 Research-status Report
  • [Presentation] 凝集体表面の状態と分子シャペロンClpB-DnaKシステムによる脱凝集効率との関連2015

    • Author(s)
      山崎孝史, 小田彰克, 野島達也, 吉田賢右, 渡辺 洋平
    • Organizer
      第15回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      あわぎんホール(徳島県・徳島市)
    • Year and Date
      2015-06-24
    • Related Report
      2015 Research-status Report
  • [Presentation] DnaK-ClpB融合タンパク質の脱凝集活性2015

    • Author(s)
      林清夏, 鍵井桂, 中崎洋介, 渡辺 洋平
    • Organizer
      第15回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      あわぎんホール(徳島県・徳島市)
    • Year and Date
      2015-06-24
    • Related Report
      2015 Research-status Report
  • [Presentation] 凝集体表面の状態と分子シャペロンによる脱凝集効率との関係2014

    • Author(s)
      山崎孝史、小田彰克、野島達也、吉田賢右、渡辺洋平
    • Organizer
      第87回日本生化学会大会
    • Place of Presentation
      国立京都国際会館(京都府京都市)
    • Year and Date
      2014-10-15 – 2014-10-18
    • Related Report
      2014 Research-status Report
  • [Presentation] ClpBによるATP加水分解非依存的な変性タンパク質の糸通し2014

    • Author(s)
      中崎洋介、渡辺洋平
    • Organizer
      第87回日本生化学会大会
    • Place of Presentation
      国立京都国際会館(京都府京都市)
    • Year and Date
      2014-10-15 – 2014-10-18
    • Related Report
      2014 Research-status Report
  • [Presentation] 分子シャペロンClpBのATPの結合とその加水分解におけるサブユニット間の協同性2014

    • Author(s)
      山崎孝史、大畑薫子、中村俊樹、渡辺洋平
    • Organizer
      第14回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      ワークピア横浜・横浜産貿ホールマリネリア(神奈川県横浜市)
    • Year and Date
      2014-06-25 – 2014-06-27
    • Related Report
      2014 Research-status Report

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Published: 2014-04-04   Modified: 2018-03-22  

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