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Analysis of interaction emergence and disappearance mechanism by experimantal evolution

Research Project

Project/Area Number 26440200
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section一般
Research Field Evolutionary biology
Research InstitutionToho University

Principal Investigator

KISHIMOTO Toshihiko  東邦大学, 理学部, 教授 (90339200)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 四方 哲也  大阪大学, 情報科学研究科, 教授 (00222399)
渡邊 総一郎  東邦大学, 理学部, 准教授 (10287550)
津留 三良  大阪大学, 情報科学研究科, 助教 (80594506)
Project Period (FY) 2014-04-01 – 2017-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2016)
Budget Amount *help
¥4,940,000 (Direct Cost: ¥3,800,000、Indirect Cost: ¥1,140,000)
Fiscal Year 2016: ¥1,560,000 (Direct Cost: ¥1,200,000、Indirect Cost: ¥360,000)
Fiscal Year 2015: ¥1,690,000 (Direct Cost: ¥1,300,000、Indirect Cost: ¥390,000)
Fiscal Year 2014: ¥1,690,000 (Direct Cost: ¥1,300,000、Indirect Cost: ¥390,000)
Keywords実験室進化 / 高温適応進化 / 相互作用 / 大腸菌 / 進化
Outline of Final Research Achievements

On the early process of E. coli 45℃ adaptive evolution, we have observed emergence and disappearance of interaction dependent growth. In this study, we first isolated E. coli clones with mutations correspond to thermo-adaptive evolution, and analyzed metabolic features (interaction dependence of growth, oxygen consumption, glucose consumption, and lactate production) of every mutant at 45℃. The results indicated adaptation pathway during 45℃ as following; 1st: alteration of mode of respiration, 2nd: accumulation of metabolites in growth media, 3rd: emergence of mutant with ability of utilization of metabolites as interactor, 4th: stabilization of intracellular environment with chaperonin mutation, 5th: recovery of mode of aspiration, and finally disappearance of interaction.

Report

(4 results)
  • 2016 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2015 Research-status Report
  • 2014 Research-status Report
  • Research Products

    (15 results)

All 2016 2015 2014

All Journal Article (2 results) (of which Peer Reviewed: 2 results,  Open Access: 2 results) Presentation (13 results) (of which Invited: 1 results)

  • [Journal Article] Bacterial transcriptome reorganization in thermal adaptive evolution2015

    • Author(s)
      B-W. Ying, Y. Matsumoto, K. Kitahara, S. Suzuki, N. Ono, C. Furusawa, T. Kishimoto, T. Yomo
    • Journal Title

      BMC Genomics

      Volume: 16 Issue: 1 Pages: 1-11

    • DOI

      10.1186/s12864-015-1999-x

    • NAID

      120007136181

    • Related Report
      2015 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Molecular Clock of Neutral Mutations in a Fitness-Increasing Evolutionary Process2015

    • Author(s)
      Kishimoto T, Ying BW, Tsuru S, Iijima L, Suzuki S, Hashimoto T, Oyake A, Kobayashi H, Someya Y, Narisawa D, Yomo T
    • Journal Title

      PLOS Genetics

      Volume: 11(7) Issue: 7 Pages: 1-18

    • DOI

      10.1371/journal.pgen.1005392

    • NAID

      120007136182

    • Related Report
      2015 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] 変異導入による高効率遺伝子機能破壊技術の検討2016

    • Author(s)
      寺井亮平、成澤大、大村真優子、岸本利彦
    • Organizer
      第39回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜(神奈川県・横浜市)
    • Year and Date
      2016-12-02
    • Related Report
      2016 Annual Research Report
  • [Presentation] 大腸菌高温適応進化における進化能力の解析2016

    • Author(s)
      大村真優子、成澤大、花神彩香、四方哲也、岸本利彦
    • Organizer
      第39回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜(神奈川県・横浜市)
    • Year and Date
      2016-11-30
    • Related Report
      2016 Annual Research Report
  • [Presentation] 大腸菌高温適応進化における進化能力の解析2016

    • Author(s)
      大村真優子、成澤大、花神彩香、四方哲也、岸本利彦
    • Organizer
      第18回日本進化学会大会
    • Place of Presentation
      東京工業大学(東京都・目黒区)
    • Year and Date
      2016-08-25
    • Related Report
      2016 Annual Research Report
  • [Presentation] 多重変異導入による遺伝子機能破壊技術の検討2016

    • Author(s)
      寺井亮平、成澤大、四方哲也、岸本利彦
    • Organizer
      第18回日本進化学会大会
    • Place of Presentation
      東京工業大学(東京都・目黒区)
    • Year and Date
      2016-08-25
    • Related Report
      2016 Annual Research Report
  • [Presentation] 大腸菌高温適応進化におけるシャペロニンGroEL遺伝子変異による有害変異緩衝効果の解析2015

    • Author(s)
      岸本利彦,大村真優子,宇都真菜,成澤大,松浦梨恵,四方哲也
    • Organizer
      第38回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      神戸国際会議場(兵庫県神戸市)
    • Year and Date
      2015-12-01
    • Related Report
      2015 Research-status Report
  • [Presentation] 大腸菌高温適応進化系における高変異率進化機構の解析2015

    • Author(s)
      成澤大、岸本利彦、四方哲也
    • Organizer
      第38回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      神戸国際会議場(兵庫県神戸市)
    • Year and Date
      2015-12-01
    • Related Report
      2015 Research-status Report
  • [Presentation] 大腸菌高温適応進化におけるシャペロニンGroEL遺伝子変異の機能解析2015

    • Author(s)
      岸本利彦,松浦梨恵,成澤大,宇都真菜,大村真優子,四方哲也
    • Organizer
      第17回日本進化学会大会
    • Place of Presentation
      中央大学後楽園キャンパス(東京文京区)
    • Year and Date
      2015-08-22
    • Related Report
      2015 Research-status Report
  • [Presentation] 大腸菌高温適応進化系における高変異率進化機構の解析2015

    • Author(s)
      成澤大、岸本利彦、四方哲也
    • Organizer
      第17回日本進化学会大会
    • Place of Presentation
      中央大学後楽園キャンパス(東京文京区)
    • Year and Date
      2015-08-22
    • Related Report
      2015 Research-status Report
  • [Presentation] 実験室高温適応進化した大腸菌からみた高温適応戦略2015

    • Author(s)
      岸本利彦、四方哲也
    • Organizer
      日本農芸化学会2015年度大会
    • Place of Presentation
      岡山大学(岡山県岡山市)
    • Year and Date
      2015-03-29
    • Related Report
      2014 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] 高温適応進化における groL 変異の機能解析2014

    • Author(s)
      松浦梨恵、花神彩香、岸本利彦、四方哲也
    • Organizer
      第37回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜(神奈川県横浜市)
    • Year and Date
      2014-11-25
    • Related Report
      2014 Research-status Report
  • [Presentation] 高温適応進化における高変異率進化メカニズムの解析2014

    • Author(s)
      成澤大、花神彩香、岸本利彦、四方哲也
    • Organizer
      第37回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜(神奈川県横浜市)
    • Year and Date
      2014-11-25
    • Related Report
      2014 Research-status Report
  • [Presentation] 高温適応進化における groL 変異の機能解析2014

    • Author(s)
      松浦梨恵、亀田智美、鶴切真友美、花神彩香、岸本利彦、四方哲也
    • Organizer
      第16回日本進化学会大会
    • Place of Presentation
      高槻現代劇場(大阪府高槻市)
    • Year and Date
      2014-08-21
    • Related Report
      2014 Research-status Report
  • [Presentation] 高温適応進化における高変異率進化メカニズムの解析2014

    • Author(s)
      成澤大、花神彩香、岸本利彦、四方哲也
    • Organizer
      第16回日本進化学会大会
    • Place of Presentation
      高槻現代劇場(大阪府高槻市)
    • Year and Date
      2014-08-21
    • Related Report
      2014 Research-status Report

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Published: 2014-04-04   Modified: 2018-03-22  

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