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Analysis of sensing mechanisms of mineral nutrient through ribosome-RNA complex

Research Project

Project/Area Number 26450075
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section一般
Research Field Plant nutrition/Soil science
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

Tanaka Mayuki  東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 特任助教 (80546292)

Research Collaborator Shirouzu Mikako  理化学研究所, タンパク質機能・構造研究チーム, チームリーダー (70280732)
Yokoyama Takeshi  理化学研究所, タンパク質機能・構造研究チーム, 研究員
Project Period (FY) 2014-04-01 – 2017-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2016)
Budget Amount *help
¥4,940,000 (Direct Cost: ¥3,800,000、Indirect Cost: ¥1,140,000)
Fiscal Year 2016: ¥910,000 (Direct Cost: ¥700,000、Indirect Cost: ¥210,000)
Fiscal Year 2015: ¥2,210,000 (Direct Cost: ¥1,700,000、Indirect Cost: ¥510,000)
Fiscal Year 2014: ¥1,820,000 (Direct Cost: ¥1,400,000、Indirect Cost: ¥420,000)
Keywordsシロイヌナズナ / ホウ素 / リボソーム / 輸送体 / uORF / 上流ORF / mRNA分解 / 転写後制御
Outline of Final Research Achievements

Purpose of this study is to understand the boron sensing mechanisms of ribosome-mRNA complex stalled at the minimum open reading frame, AUGUAA.
First, in order to identify genes involved in B-dependent ribosome stalling at AUGUAA accompanied by mRNA degradation, I screened mutant plants from a methanesulfonate-mutagenized population by GFP fluorescence as an indicator and performed next generation sequencer and dCaps marker analysis. Then, I identified causal genes of these mutants plants. Second,I successfully obtained 3D structures of ribosome-mRNA complex by Cryo-electron microscopy.

Report

(4 results)
  • 2016 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2015 Research-status Report
  • 2014 Research-status Report
  • Research Products

    (15 results)

All 2017 2016 2015 2014 Other

All Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 3 results,  Open Access: 3 results) Presentation (10 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results) Remarks (2 results)

  • [Journal Article] The Minimum Open Reading Frame, AUG-Stop, Induces Boron-Dependent Ribosome Stalling and mRNA Degradation.2016

    • Author(s)
      Tanaka, M., Sotta, N., Yamazumi, Y., Yamashita, Y., Miwa, K., Murota, K., Chiba, Y., Hirai, MY., Akiyama, T., Onouchi, H., Naito, S. and Fujiwara, T
    • Journal Title

      The Plant Cell

      Volume: 28 Issue: 11 Pages: 2830-2849

    • DOI

      10.1105/tpc.16.00481

    • Related Report
      2016 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] OsNIP3;1, a rice boric acid channel, regulates boron distribution and is essential for growth under boron-deficient conditions.2014

    • Author(s)
      Hanaoka, H., Uraguchi, S., Takano, J., Tanaka, M. and Fujiwara, T.
    • Journal Title

      The Plant Journal

      Volume: 78 Issue: 5 Pages: 890-902

    • DOI

      10.1111/tpj.12511

    • Related Report
      2014 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Comparison of BOR1-like gene expression in two genotypes with different boron efficiencies in commercial crop plants in Thailand2014

    • Author(s)
      Leaungthitikanchana, S., Tanaka, M., Lordkaew, S., Jamjod, S., Rerkasem, B. and Fujiwara, T.
    • Journal Title

      Soil Science and Plant Nutrition

      Volume: 60 Issue: 3 Pages: 333-340

    • DOI

      10.1080/00380768.2014.881707

    • Related Report
      2014 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] A possible involvement of AUGUAA in the 5’-UTR of NIP5;1 in transcriptional regulation2017

    • Author(s)
      Mayuki Tanaka, Naoyuki Sotta, Yukako Chiba, Hitoshi Onouchi, Satoshi Naito, Toru Fujiwara
    • Organizer
      第58回植物生理学会年会
    • Place of Presentation
      鹿児島大学 (鹿児島県 鹿児島市)
    • Year and Date
      2017-03-15
    • Related Report
      2016 Annual Research Report
  • [Presentation] 最小上流ORF「AUGUAA」を介したリボソームの停止による栄養感知機構2016

    • Author(s)
      田中 真幸、反田 直之、三輪 京子、千葉 由佳子、尾之内 均、内藤 哲、藤原 徹
    • Organizer
      植物RNA研究ネットワークシンポジウム
    • Place of Presentation
      北海道大学 (北海道 札幌市)
    • Year and Date
      2016-11-16
    • Related Report
      2016 Annual Research Report
  • [Presentation] シロイヌナズナのホウ素輸送体、NIP5;1のホウ素に応答したmRNA蓄積のmRNA分解と転写の制御機構の解析2016

    • Author(s)
      田中 真幸、反田直之、千葉由佳子、尾之内 均、内藤 哲、藤原 徹
    • Organizer
      日本土壌肥料学会2016年度佐賀大会
    • Place of Presentation
      佐賀大学 (佐賀県 佐賀市)
    • Year and Date
      2016-09-20
    • Related Report
      2016 Annual Research Report
  • [Presentation] mRNA degradation and transcriptional regulation contribute to B-dependent regulation of NIP5;1 mRNA accumulation in Arabidopsis thaliana2016

    • Author(s)
      Mayuki Tanaka, Naoyuki Sotta, Yukako Chiba, Hitoshi Onouchi, Satoshi Naito, Toru Fujiwara
    • Organizer
      RNA 2016
    • Place of Presentation
      国立京都国際会館 (京都府 京都市)
    • Year and Date
      2016-06-28
    • Related Report
      2016 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] ホウ素輸送体NIP5;1における最小uORFを介したホウ素依存的なリボソーム停滞と共役したmRNA分解機構に必須な配列の解析2016

    • Author(s)
      田中 真幸、反田 直之、三輪 京子、千葉 由佳子、尾之内 均、内藤 哲、藤原 徹
    • Organizer
      第57回日本植物生理学会
    • Place of Presentation
      岩手大学
    • Year and Date
      2016-03-18
    • Related Report
      2015 Research-status Report
  • [Presentation] シロイヌナズナのホウ素輸送体、NIP5;1のホウ素に応答したmRNA蓄積の制御機構の解析2015

    • Author(s)
      田中 真幸、反田直之、千葉由佳子、尾之内 均、内藤 哲、藤原 徹
    • Organizer
      日本土壌肥料学会2015年度京都大会
    • Place of Presentation
      京都大学
    • Year and Date
      2015-09-08
    • Related Report
      2015 Research-status Report
  • [Presentation] シロイヌナズナホウ素輸送体、NIP5;1のホウ素に応答したmRNA分解と転写速度の協調的な制御機構の解析2015

    • Author(s)
      田中真幸、反田直之、千葉由佳子、尾之内均、内藤 哲、藤原 徹
    • Organizer
      第17回日本RNA学会
    • Place of Presentation
      ホテルライフォート札幌 (北海道札幌市)
    • Year and Date
      2015-07-14
    • Related Report
      2015 Research-status Report
  • [Presentation] シロイヌナズナにおける最少uORFを介したホウ素依存的なリボソーム停滞によるmRNA分解・翻訳効率の制御機構2015

    • Author(s)
      田中真幸、反田直之、三輪京子、山下由衣、千葉由佳子、尾之内均、内藤哲、藤原徹
    • Organizer
      第56回日本植物生理学会年会
    • Place of Presentation
      東京農業大学
    • Year and Date
      2015-03-16 – 2015-03-18
    • Related Report
      2014 Research-status Report
  • [Presentation] ホウ素によるリボソーム停止機構の解析2014

    • Author(s)
      田中真幸
    • Organizer
      植物環境突破力・第5回若手の会
    • Place of Presentation
      レイクフォレストリゾート(京都)
    • Year and Date
      2014-11-05 – 2014-11-07
    • Related Report
      2014 Research-status Report
  • [Presentation] 最小uORFでのホウ素遺伝的なリボソーム停滞を介した遺伝的発現制御2014

    • Author(s)
      田中真幸、反田直之、三輪京子、千葉由佳子、尾之内均、内藤哲、藤原徹
    • Organizer
      第16回日本RNA学会年会
    • Place of Presentation
      ウインクあいち(名古屋市)
    • Year and Date
      2014-07-23 – 2014-07-25
    • Related Report
      2014 Research-status Report
  • [Remarks] 東京大学大学院農学生命科学研究科 プレスリリース

    • URL

      http://www.a.u-tokyo.ac.jp/topics/2016/20161020.html

    • Related Report
      2016 Annual Research Report
  • [Remarks] 東京大学 農学生命科学研究科 応用生命化学専攻 植物栄養・肥料学研究室 プレスリリース

    • URL

      http://park.itc.u-tokyo.ac.jp/syokuei/houdou.html

    • Related Report
      2016 Annual Research Report

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Published: 2014-04-04   Modified: 2018-03-22  

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