フェノタイピング可能なゲノムデータベースの開発と検証

• Project/Area Number: 26460855
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• Allocation Type: Multi-year Fund
• Section: 一般
• Research Field: Medical and hospital managemen
• Research Institution: Tohoku University
• Principal Investigator: 立川 察理 東北大学, 医学(系)研究科(研究院), 助手 (90621483)
• Project Period (FY): 2014-04-01 – 2015-03-31
• Project Status: Discontinued (Fiscal Year 2014)
• Budget Amount: ¥4,550,000 (Direct Cost: ¥3,500,000、Indirect Cost: ¥1,050,000); Fiscal Year 2016: ¥2,080,000 (Direct Cost: ¥1,600,000、Indirect Cost: ¥480,000); Fiscal Year 2015: ¥1,560,000 (Direct Cost: ¥1,200,000、Indirect Cost: ¥360,000); Fiscal Year 2014: ¥910,000 (Direct Cost: ¥700,000、Indirect Cost: ¥210,000)
• Keywords: バイオインフォマティクス / 分散処理

Outline of Annual Research Achievements

交付内定後より購入した文献にもとづいて、研究プロジェクトの基本的な技術的基盤についての調査を実施した。主な調査対象は、1) アラインメントなどの基本的なバイオインフォマティックスの基礎技術 2) MapReduce などの分散処理についての基本的知識 3) Hadoop や Spark による具体的な分散処理フレームワークである。
この調査を参考にして、まず Smith-WatermanならびにNeedleman-Wunschのアラインメントアルゴリズムをプログラミング言語 scala で試験実装した。つぎに分散処理システム spark を本研究費をもちいて契約した Amazon EC2上のサーバーに試験的に導入することに成功した。
しかしながら諸般の事情により、7月末日をもって東北大学を辞職するにいたった。
以後、医師としての診療業務に携わり、研究機関には所属しないため、科研費にもとづく研究の継続が不可能となった。