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Extensive and personal genomic and transcriptome analyses for establishment of human disease primate model

Research Project

Project/Area Number 26640065
Research Category

Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research

Allocation TypeMulti-year Fund
Research Field Laboratory animal science
Research InstitutionCenter for Novel Science Initatives, National Institutes of Natural Sciences

Principal Investigator

Go Yasuhiro  大学共同利用機関法人自然科学研究機構(新分野創成センター), 新分野創成センター, 特任准教授 (50377123)

Project Period (FY) 2014-04-01 – 2016-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2015)
Budget Amount *help
¥3,900,000 (Direct Cost: ¥3,000,000、Indirect Cost: ¥900,000)
Fiscal Year 2015: ¥1,950,000 (Direct Cost: ¥1,500,000、Indirect Cost: ¥450,000)
Fiscal Year 2014: ¥1,950,000 (Direct Cost: ¥1,500,000、Indirect Cost: ¥450,000)
Keywords霊長類 / マーモセット / ゲノム / トランスクリプトーム / 精神疾患 / 動物モデル / 疾患モデル / 霊長類モデル / 認知ゲノム / エクソーム / 精神・神経疾患
Outline of Final Research Achievements

Human neuropsychiatric disease modeling using primates is challenging due to their longer life time and advanced technique requirements for creating transgenic primates compared with mice and rats. However, most of the neuropsychiatric diseases, especially psychiatric diseases, seem to be responsible for breakdown of high-level brain cognitive function. It is then using primate disease model takes advantage due to anatomical and functional similarities between human and monkey brain. As a first step for establishment of primate model, extensive genome sequence analysis (exome) have been conducted in marmoset to identify individuals or families carrying rare loss-of-functional (LoF) mutations in neuropsychiatric related genes by means of Next generation sequencing. Using 369 marmoset samples, 19 genes that have rare LoF mutations were identified. Among them, we identified the genes involved in migration of neurons during development, cell-cell signaling, DNA methylation, and so on.

Report

(3 results)
  • 2015 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2014 Research-status Report
  • Research Products

    (27 results)

All 2016 2015 2014 Other

All Journal Article (4 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 4 results,  Open Access: 2 results,  Acknowledgement Compliant: 1 results) Presentation (18 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 8 results) Remarks (5 results)

  • [Journal Article] The life history of retrocopies illuminates the evolution of new mammalian genes.2016

    • Author(s)
      F. N. Carelli, T. Hayakawa, Y. Go, H. Imai, M. Warnefors and H. Kaessmann.
    • Journal Title

      Genome Research

      Volume: 26 Issue: 3 Pages: 301-314

    • DOI

      10.1101/gr.198473.115

    • Related Report
      2015 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Rapid Expansion of Phenylthiocarbamide Non-Tasters among Japanese Macaques.2015

    • Author(s)
      Suzuki-Hashido, N., Hayakawa, T., Matsui, A., Go, Y., Ishimaru, Y., Misaka, T., Abe, K., Hirai, H., Satta, Y., and Imai, H.
    • Journal Title

      PLoS ONE

      Volume: 22 Issue: 7 Pages: e0132016-e0132016

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0132016

    • NAID

      120005745670

    • Related Report
      2015 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Sporadic premature aging in a Japanese monkey: a primate model for progeria.2014

    • Author(s)
      T. Oishi, H. Imai, Y. Go, M. Imamura, H. Hirai, M. Takada
    • Journal Title

      PLoS ONE

      Volume: 9 Issue: 11 Pages: e111867-e111867

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0111867

    • Related Report
      2014 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Frequent expansions of the bitter taste receptor gene repertoire during evolution of mammals in the Euarchontoglires clade.2014

    • Author(s)
      Takashi Hayakawa, Nami Suzuki-Hashido, Atsushi Matsui, Yasuhiro Go
    • Journal Title

      Molecular Biology and Evolution

      Volume: 31 Issue: 8 Pages: 2018-2031

    • DOI

      10.1093/molbev/msu144

    • Related Report
      2014 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Presentation] 霊長類における精神・神経疾患関連遺伝子解析と認知ゲノミクスの展望2016

    • Author(s)
      郷康広
    • Organizer
      京都大学霊長類研究所共同利用研究会「霊長類脳科学の新しい展開とゲノム科学との融合」
    • Place of Presentation
      京都大学霊長類研究所(愛知県・犬山市)
    • Year and Date
      2016-03-11
    • Related Report
      2015 Annual Research Report 2014 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] マーモセットにおける精神・神経疾患関連遺伝子多様性解析2016

    • Author(s)
      郷康広
    • Organizer
      第5回日本マーモセット研究会
    • Place of Presentation
      東京慈恵会医科大学(東京都・港区)
    • Year and Date
      2016-01-27
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] ゲノムを通して我が身を知る-ヒトとサルの間にあるもの2015

    • Author(s)
      郷康広
    • Organizer
      第64回インシリコ・メガバンク研究会
    • Place of Presentation
      東北大学東北メディカル・メガバンク機構(宮城県・仙台市)
    • Year and Date
      2015-11-24
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] Spatiotemporal gene expression trajectory in the human and non-human ape brains2015

    • Author(s)
      Yasuhiro Go, Qian Li, Shoji Tatsumoto, Philipp Khaitovich
    • Organizer
      Cold Spring Harbor Symposium ~Behavior & Neurogenetics of Nonhuman Primates
    • Place of Presentation
      Cold Spring Harbor, NY, USA
    • Year and Date
      2015-11-17
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] ヒト脳と類人猿脳における時空間的比較トランスクリプトーム解析2015

    • Author(s)
      辰本将司、郷康広、Qian Li、Liu He、大石高生、鵜殿俊史、重信秀治、柿田明美、那波宏之、Philipp Khaitovich
    • Organizer
      日本遺伝学会第87回大会
    • Place of Presentation
      東北大学川内北キャンパス(宮城県・仙台市)
    • Year and Date
      2015-09-24
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] チンパンジー親子トリオ全ゲノム解析による世代間直接変異率の推定および構造変化の同定2015

    • Author(s)
      郷康広、辰本将司、福多賢太郎、野口英樹、早川卓志、友永雅己、平井啓久、松沢哲郎、阿形清和、藤山秋佐夫
    • Organizer
      日本遺伝学会第87回大会
    • Place of Presentation
      東北大学川内北キャンパス(宮城県・仙台市)
    • Year and Date
      2015-09-24
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] ヒト脳と類人猿脳における時空間的比較トランスクリプトーム解析2015

    • Author(s)
      郷康広,Qian Li、Liu He、大石高生、鵜殿俊史、重信秀治、柿田明美、那波宏之、Philipp Khaitovich
    • Organizer
      第17回日本進化学会大会
    • Place of Presentation
      中央大学(東京都・文京区)
    • Year and Date
      2015-08-20
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
  • [Presentation] ヒト脳と類人猿脳における時空間的比較トランスクリプトーム解析2015

    • Author(s)
      郷康広,Qian Li、Liu He、大石高生、鵜殿俊史、重信秀治、柿田明美、那波宏之、Philipp Khaitovich
    • Organizer
      第31回日本霊長類学会学術大会
    • Place of Presentation
      京都大学百周年時計台記念館(京都府・京都市)
    • Year and Date
      2015-07-18
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
  • [Presentation] ヒト脳と類人猿脳における時空間的比較トランスクリプトーム解析2015

    • Author(s)
      郷康広,Qian Li、Liu He、大石高生、鵜殿俊史、重信秀治、柿田明美、那波宏之、Philipp Khaitovich
    • Organizer
      NGS現場の会第4回研究会
    • Place of Presentation
      つくば国際会議場(茨城県・つくば市)
    • Year and Date
      2015-07-01
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
  • [Presentation] ゲノムを通して我が身を知る-ヒトとサルの間にあるもの2015

    • Author(s)
      郷康広
    • Organizer
      東北大学脳神経科学コアセミナー
    • Place of Presentation
      東北大学医学研究科(宮城県・仙台市)
    • Year and Date
      2015-05-22
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] ヒトを理解するための霊長類モデルの可能性 ゲノム・トランスリプトームからのアプローチ2015

    • Author(s)
      郷康広
    • Organizer
      日本顕微鏡学会 分子・細胞動態イメージング研究部会 CREST生命動態領域共催ワークショップ
    • Place of Presentation
      東京大学医学研究科(東京都・文京区)
    • Year and Date
      2015-03-11
    • Related Report
      2014 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] Spatiotemporal gene expression trajectory in the human and non-human ape brains2015

    • Author(s)
      Yasuhiro Go, Liu He, Takao Oishi, Shuji Shigenobu, Akiyoshi Kakita, Hiroyuki Nawa, Philipp Khaitovich
    • Organizer
      生理学研究所ー新潟脳科学研究所合同シンポジウム
    • Place of Presentation
      新潟大学脳研究所(新潟県・新潟市)
    • Year and Date
      2015-03-04 – 2015-03-05
    • Related Report
      2014 Research-status Report
  • [Presentation] マーモセットにおける精神・神経疾患関連遺伝子解析2015

    • Author(s)
      郷康広,臼井千夏,石川裕恵,辰本将司
    • Organizer
      第4回 日本マーモセット研究会大会
    • Place of Presentation
      犬山国際観光センター(愛知県・犬山市)
    • Year and Date
      2015-01-22 – 2015-01-23
    • Related Report
      2014 Research-status Report
  • [Presentation] チンパンジー親子トリオ全ゲノム解析による世代間直接変異率の推定2014

    • Author(s)
      郷康広,辰本将司,福多賢太郎,野口英樹,友永雅己,平井啓久,松沢哲郎,阿形清和,藤山秋佐夫
    • Organizer
      日本遺伝学会第86回大会
    • Place of Presentation
      長浜バイオ大学(滋賀県・長浜市)
    • Year and Date
      2014-09-17 – 2014-09-19
    • Related Report
      2014 Research-status Report
  • [Presentation] Direct estimation of genome-wide mutation rate in a chimpanzee family trio by ultra deep whole genome sequencing2014

    • Author(s)
      Yasuhiro Go
    • Organizer
      Symposium of MHC evolution and Human evolution
    • Place of Presentation
      総合研究大学院大学(神奈川県・葉山町)
    • Year and Date
      2014-07-26 – 2014-07-27
    • Related Report
      2014 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] チンパンジー親子トリオ全ゲノム解析による世代間直接変異率の推定2014

    • Author(s)
      郷康広,辰本将司,福多賢太郎,野口英樹,友永雅己,平井啓久,松沢哲郎,阿形清和,藤山秋佐夫
    • Organizer
      第30回日本霊長類学会大会
    • Place of Presentation
      大阪科学技術センタービル(大阪府・大阪市)
    • Year and Date
      2014-07-04 – 2014-07-06
    • Related Report
      2014 Research-status Report
  • [Presentation] 非侵襲糞サンプリングに基づくギニア・ボッソウの野生チンパンジーの全遺伝子配列解析2014

    • Author(s)
      早川卓志,岸田拓士,郷康広,川口恵里,会津智幸,石崎比奈子,豊田敦,藤山秋佐夫,松沢哲郎,阿形清和
    • Organizer
      第30回日本霊長類学会大会
    • Place of Presentation
      大阪科学技術センタービル(大阪府・大阪市)
    • Year and Date
      2014-07-04 – 2014-07-06
    • Related Report
      2014 Research-status Report
  • [Presentation] 大規模全ゲノムシーケンシングによるニホンザルの種特異的ゲノム情報の探索2014

    • Author(s)
      福多賢太郎,野口英樹,豊田敦,長田直樹,郷康広,石田貴文,伊佐正,藤山秋佐夫
    • Organizer
      第30回日本霊長類学会大会
    • Place of Presentation
      大阪科学技術センタービル(大阪府・大阪市)
    • Year and Date
      2014-07-04 – 2014-07-06
    • Related Report
      2014 Research-status Report
  • [Remarks] 自然科学研究機構新分野創成センターブレインサイエンス研究分野(郷研究室)のHP

    • URL

      http://cnsi.nins.jp/pcg/

    • Related Report
      2015 Annual Research Report
  • [Remarks] 自然科学研究機構新分野創成センター活動報告書ダウンロードサイト

    • URL

      http://www.nins.jp/cnsi/download/index.php

    • Related Report
      2015 Annual Research Report 2014 Research-status Report
  • [Remarks] 自然科学研究機構生理学研究所認知行動発達機構研究部門(併任)のHP

    • URL

      http://www.nips.ac.jp/research/group/post-48/

    • Related Report
      2015 Annual Research Report
  • [Remarks] 自然科学研究機構生理学研究所認知行動発達(併任)のHP

    • URL

      http://www.nips.ac.jp/research/researcher/special_assoc/post_106.html

    • Related Report
      2014 Research-status Report
  • [Remarks] 郷康広個人のHP

    • URL

      https://sites.google.com/site/yasuhirogo/

    • Related Report
      2014 Research-status Report

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Published: 2014-04-04   Modified: 2017-05-10  

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