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Development of a high-throughput method for detection of the behavior of plant epigenome.

Research Project

Project/Area Number 26660008
Research Category

Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research

Allocation TypeMulti-year Fund
Research Field Science in genetics and breeding
Research InstitutionKyoto Prefectural University

Principal Investigator

Satoh Soichirou  京都府立大学, 生命環境科学研究科(系), 研究員 (00399809)

Project Period (FY) 2014-04-01 – 2016-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2015)
Budget Amount *help
¥3,900,000 (Direct Cost: ¥3,000,000、Indirect Cost: ¥900,000)
Fiscal Year 2015: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000)
Fiscal Year 2014: ¥2,600,000 (Direct Cost: ¥2,000,000、Indirect Cost: ¥600,000)
Keywords転写 / エピジェネティクス / プロモーター / 次世代シーケンサー / クロマチン / 進化 / ジーントラップ / ゲノム / ヒストン / シロイヌナズナ / 遺伝子転移 / 植物
Outline of Final Research Achievements

In the plant genome, de novo origination of genes or transcribed regions is occasionally caused by the integration of foreign DNA fragments. To clarify this mechanism, we tried to develop new comprehensive method for the detection of epigenetic states of the reporter genes that were randomly integrated into the plant genome. As a result, we succeeded in the development of a prototypic experimental system, and found that majority of foreign genes acquired transcriptional competence not by the intrinsic promoters in the upstream region of foreign genes but by the novel transcriptional activation mechanism.

Report

(3 results)
  • 2015 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2014 Research-status Report
  • Research Products

    (8 results)

All 2016 2015

All Presentation (8 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 1 results)

  • [Presentation] 転移遺伝子の転写活性化は、その周辺領域の転写状態及びエピゲノムの撹乱を伴う2016

    • Author(s)
      畑貴之, 高田直東, 立川誠, 松尾充啓, 佐藤壮一郎, 小保方潤一
    • Organizer
      第57回日本植物生理学会年会
    • Place of Presentation
      岩手大学 (盛岡市)
    • Year and Date
      2016-03-18
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
  • [Presentation] シロイヌナズナ植物体におけるプロモーター獲得プロセスのEx-TRIP 法を用いたエピジェネティック解析2016

    • Author(s)
      高田直東, 畑貴之, 立川誠, 松尾充啓, 佐藤壮一郎, 小保方潤一
    • Organizer
      第57回日本植物生理学会年会
    • Place of Presentation
      岩手大学 (盛岡市)
    • Year and Date
      2016-03-18
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
  • [Presentation] 植物ゲノムに組み込まれた遺伝子はどのように転写されるのか?2016

    • Author(s)
      佐藤壮一郎
    • Organizer
      第41回 植物バイテクシンポジウム 「これからの植物科学」
    • Place of Presentation
      京都産業大学 (京都市)
    • Year and Date
      2016-01-22
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] TRIP法を用いた植物ゲノム上のクリプティックプロモーターの広範囲マッピング2015

    • Author(s)
      佐藤壮一郎, 畑貴之, 髙田直東, 立川誠, 松尾充啓, 小保方潤一
    • Organizer
      第38回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      神戸ポートアイランド (神戸市)
    • Year and Date
      2015-12-01
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
  • [Presentation] シロイヌナズナ核ゲノム中におけるクリプティックプロモーターの配列的特徴について2015

    • Author(s)
      畑貴之, 高田直東, 立川誠, 松尾充啓, 佐藤壮一郎, 小保方潤一
    • Organizer
      第38回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      神戸ポートアイランド (神戸市)
    • Year and Date
      2015-12-01
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
  • [Presentation] Molecular basis of EGT and HGT: How do newly emerged/introduced protein-coding sequences in the eukaryotic genome become transcriptionally active?2015

    • Author(s)
      Soichirou Satoh, Takayuki Hata, Naoto Takada, Makoto Tachikawa, Mitsuhiro Matsuo, and Junichi Obokata
    • Organizer
      The 2nd International Symposium. Matryoshka-type Evolution of Eukaryotic Cells.
    • Place of Presentation
      Tsukuba, Japan
    • Year and Date
      2015-09-30
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] TRIP法を用いた植物核ゲノムにおけるプロモーター新生領域の包括的解析2015

    • Author(s)
      佐藤壮一郎, 畑貴之, 髙田直東, 立川誠, 松尾充啓, 小保方潤一
    • Organizer
      第79回日本植物学会年会
    • Place of Presentation
      朱鷺メッセ (新潟市)
    • Year and Date
      2015-09-06
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
  • [Presentation] TRIP法を用いた植物核ゲノム中の潜在的プロモーター領域の包括的解析系の構築2015

    • Author(s)
      畑貴之, 髙田直東, 立川誠, 松尾充啓, 佐藤壮一郎, 小保方潤一
    • Organizer
      第56回日本植物生理学会年会
    • Place of Presentation
      東京農業大学 (東京都)
    • Year and Date
      2015-03-16
    • Related Report
      2014 Research-status Report

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Published: 2014-04-04   Modified: 2017-05-10  

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