Studies on metabolic pathway involved in oligotrophic growth of heterotrophic bacteria

• Project/Area Number: 26660054
• Research Category: Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
• Allocation Type: Multi-year Fund
• Research Field: Applied microbiology
• Research Institution: Tohoku University
• Principal Investigator: Nagata Yuji 東北大学, 生命科学研究科, 准教授 (30237531)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): TSUDA MASATAKA 東北大学, 大学院生命科学研究科, 教授 (90172022) ; OHTSUBO YOSHIYUKI 東北大学, 大学院生命科学研究科, 助教 (40342761)
• Project Period (FY): 2014-04-01 – 2016-03-31
• Project Status: Completed (Fiscal Year 2015)
• Budget Amount: ¥3,900,000 (Direct Cost: ¥3,000,000、Indirect Cost: ¥900,000); Fiscal Year 2015: ¥1,560,000 (Direct Cost: ¥1,200,000、Indirect Cost: ¥360,000); Fiscal Year 2014: ¥2,340,000 (Direct Cost: ¥1,800,000、Indirect Cost: ¥540,000)
• Keywords: 炭酸固定 / oligotroph / スフィンゴモナッド / グリオキシル酸回路 / 次世代型シーケンサー / 次世代シーケンサー

Outline of Final Research Achievements

An aerobic and heterotrophic bacterium Sphingobium japonicum UT26 shows oligotrophic growth phenotype, i.e., growth on minimal salt medium without the supply of any carbon source accompanying with the CO2-fixation, by the over expression of the adhX gene. Protein product of adhX showed alcohol dehydrogenase activity, and its activity had equilateral correlation with the oligotrophic phenotype. Furthermore, it was strongly suggested that the adhX-dependent oligotrophic phenotype is one of the bacterial fundamental mechanisms for adaptation to oligotrophic conditions.

Research Products

• [Journal Article] Complete genome sequence of Methylobacterium sp. strain AMS5, an isolate from a soybean stem (2016)
  • Author(s): Tomoyuki Minami, Yoshiyuki Ohtsubo, Mizue Anda, Yuji Nagata, Masataka Tsuda, Hisayuki Mitsui, Masayuki Sugawara, Kiwamu Minamisawa
  • Journal Title: Genome Announc. Volume: 4(2) Issue: 2
  • DOI: 10.1128/genomea.00144-16
  • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] Complete genome sequence of a gamma-hexachlorocyclohexane-degrading bacterium Sphingobium sp. strain MI1205 (2016)
  • Author(s): Tabata M, Ohhata S, Nikawadori Y, Sato T, Kishida K, Ohtsubo Y, Tsuda M, Nagata Y
  • Journal Title: Genome Announcements Volume: 4 Issue: 2
  • DOI: 10.1128/genomea.00246-16
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Complete Genome sequence of a gamma-hexachlorocyclohexane degrader, Sphingobium sp. Strain TKS, which was isolated from a gamma-hexachlorocyclohexane-degrading microbial community (2016)
  • Author(s): Tabata M, Ohhata S, Kawasumi T, Nikawadori Y, Kishida K, Sato T, Ohtsubo Y, Tsuda M, Nagata Y
  • Journal Title: Genome Announcements Volume: 4 Issue: 2
  • DOI: 10.1128/genomea.00247-16
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Complete genome sequence of a phenanthrene degrader, Mycobacterium sp. strain EPa45 (NBRC 110737), isolated from a phenanthrene-degrading consortium. (2015)
  • Author(s): Kato H, Ogawa N, Ohtsubo Y, Oshima K, Toyoda A, Mori H, Nagata Y, Kurokawa K, Hattori M, Fujiyama A, Tsuda M
  • Journal Title: Genome Announcements Volume: 3 Issue: 4
  • DOI: 10.1128/genomea.00782-15
  • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] Complete genome sequence of a polyvinyl alcohol-degrading strain Sphingopyxis sp. 113P3 (NBRC 111507) (2015)
  • Author(s): Ohtsubo Y, Nagata, Y. Numata M, Tsuchikane K, Hosoyama A, Yamazoe A, Tsuda M, Fujita N, Kawai F
  • Journal Title: Genome Announcements Volume: 3 Issue: 5
  • DOI: 10.1128/genomea.01169-15
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Time-series metagenomic analysis reveals robustness of soil microbiome against chemical disturbance. (2015)
  • Author(s): Kato H, Mori H, Maruyama F, Toyoda A, Oshima K, Endo R, Fuchu G, Miyakoshi M, Dozono A, Ohtsubo Y, Nagata Y, Hattori M, Fujiyama A, Kurokawa K, Tsuda M
  • Journal Title: DNA Research Volume: 22 Issue: 6 Pages: 413-424
  • DOI: 10.1093/dnares/dsv023
  • NAID: 120005850199
  • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] Complete genome sequence of a phenanthrene degrader Burkholderia sp. HB-1 (NBRC:110738) (2015)
  • Author(s): Ohtsubo Y, Moriya A, Kato H, Ogawa N, Nagata Y, Tsuda M
  • Journal Title: Genome Announcements Volume: 3 Issue: 6
  • DOI: 10.1128/genomea.01283-15
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Complete genome sequence of a polypropylene glycol and polyethylene glycol-degrading strain Sphingopyxis macrogoltabida EY-1 (2015)
  • Author(s): Ohtsubo Y, Nagata, Y, Numata M, Tsuchikane K, Hosoyama A, Yamazoe A, Tsuda M, Fujita N, Kawai F
  • Journal Title: Genome Announcements Volume: 3 Issue: 6
  • DOI: 10.1128/genomea.01399-15
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Complete genome sequence of a polypropylene glycol-degrading strain Microbacterium sp. No.7 (2015)
  • Author(s): Ohtsubo Y, Nagata, Y, Numata M, Tsuchikane K, Hosoyama A, Yamazoe A, Tsuda M, Fujita N, Kawai F
  • Journal Title: Genome Announcements Volume: 3 Issue: 6
  • DOI: 10.1128/genomea.01400-15
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Complete genome sequence of Sphingompyxis macrogoltabidus type strain NBRC 15033, originally isolated as a polyethylene glycol-degrader (2015)
  • Author(s): Ohtsubo Y, Nagata, Y, Numata M, Tsuchikane K, Hosoyama A, Yamazoe A, Tsuda M, Fujita N, Kawai F
  • Journal Title: Genome Announcements Volume: 3 Issue: 6
  • DOI: 10.1128/genomea.01401-15
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Bacterial clade with the ribosomal RNA operon on a small plasmid rather than the chromosome (2015)
  • Author(s): Mizue Anda, Yoshiyuki Ohtsubo, Takashi Okubo, Masayuki Sugawara, Yuji Nagata, Masataka Tsuda, Kiwamu Minamisawa, and Hisayuki Mitsui
  • Journal Title: Proc Natl Acad Sci U S A. Volume: 112(46) Issue: 46 Pages: 14343-14347
  • DOI: 10.1073/pnas.1514326112
  • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] Properties and biotechnological applications of natural and engineered haloalkane dehagoneases (2015)
  • Author(s): Nagata Y, Ohtsubo, Y, Tsuda M
  • Journal Title: Applied Microbiology and Biotechnology Volume: 99 Issue: 23 Pages: 9865-9881
  • DOI: 10.1007/s00253-015-6954-x
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Isolation of oxygenase genes for indigo-forming activity from an artificially polluted soil metagenome by functional screening using Pseudomonas putida strains as hosts (2015)
  • Author(s): Hifofumi Nagayama, Tomonori Sugawara, Ryo Endo, Akira Ono, Hiromi Kato, Yoshiyuki Ohtsubo, Yuji Nagata, and Masataka Tsuda
  • Journal Title: Applied Microbiology and Biotechnology Volume: in press Issue: 10 Pages: 4453-4470
  • DOI: 10.1007/s00253-014-6322-2
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Identification of Burkholderia multivorans ATCC 17616 genetic determinants for fitness in soil by using signature-tagged mutagenesis. Microbiology (2014)
  • Author(s): Nagata, Y., J. Senbongi, Y. Ishibashi, R. Sudo, M. Miyakoshi, Y. Ohtsubo, and M. Tsuda
  • Journal Title: Microbiology Volume: in press Issue: 5 Pages: 883-891
  • DOI: 10.1099/mic.0.077057-0
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Structural and Functional Analysis of Novel Haloalkane Dehalogenase with Two Halide-Binding Sites (2014)
  • Author(s): Chaloupkova R, Prudnikova T, Rezacova P, Prokop Z, Koudelakova T, Daniel L, Brezovsky J, Ikeda-Ohtsubo W, Sato Y, Kuty M, Nagata Y, Smatanova IK, Damborsky J
  • Journal Title: Acta Crystallographica Section D Volume: D70 Issue: 7 Pages: 1884-1897
  • DOI: 10.1107/s1399004714009018
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Stepwise enhancement of catalytic performance of haloalkane dehalogenase LinB towards β-hexachlorocyclohexane (2014)
  • Author(s): Ryota Moriuchi, Hiroki Tanaka, Yuki Nikawadori, Mayuko Ishitsuka, Michihiro Ito, Yoshiyuki Ohtsubo, Masataka Tsuda, Jiri Damborsky, Zbynek Prokop, and Yuji Nagata
  • Journal Title: AMB Express Volume: 4 Issue: 1 Pages: 72-72
  • DOI: 10.1186/s13568-014-0072-5
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Presentation] 土壌微生物のノトバイオロジー (2016)
  • Author(s): 加藤 広海、森 宙史、永山 浩史、大坪 嘉行、永田 裕二、黒川 顕、津田 雅孝
  • Organizer: 日本農芸化学会2016年度大会シンポジウム「微生物エコシステムを制御せよ！最先端テクノロジーがもたらす複合微生物系研究のパラダイムシフト」
  • Place of Presentation: 札幌コンベンションセンター（北海道、札幌市）
  • Year and Date: 2016-03-27
• [Presentation] フェナントレン分解コンソーシアムに存在する非分解菌の分解菌に対する効果 (2016)
  • Author(s): 小川なつみ、加藤広海、大坪嘉行、永田裕二、津田雅孝
  • Organizer: 日本農芸化学会2016年度大会
  • Place of Presentation: 札幌コンベンションセンター（北海道、札幌市）
  • Year and Date: 2016-03-27
• [Presentation] フェナントレン分解コンソーシアムMixEPa4における構成細菌間の相互作用 (2016)
  • Author(s): 守屋梓、小川なつみ、加藤広海、大坪嘉行、永田裕二、津田雅孝
  • Organizer: 日本農芸化学会2016年度大会
  • Place of Presentation: 札幌コンベンションセンター（北海道、札幌市）
  • Year and Date: 2016-03-27
• [Presentation] 土壌細菌Burkholderia multivoransにおけるFur制御下の機能未知遺伝子hemPの解析 (2016)
  • Author(s): 佐藤拓哉, 湯原 悟志, 大坪 嘉行, 永田 裕二, 津田 雅孝
  • Organizer: 日本農芸化学会2016年度大会
  • Place of Presentation: 札幌コンベンションセンター（北海道、札幌市）
  • Year and Date: 2016-03-27
• [Presentation] Burkholderia multivoransにおける鉄硫黄クラスター合成系遺伝子群の転写制御機構の解析 (2016)
  • Author(s): 野々山 翔太, 佐藤 拓哉, 岸田 康平, 大坪 嘉行, 永田 裕二, 津田 雅孝
  • Organizer: 日本農芸化学会2016年度大会
  • Place of Presentation: 札幌コンベンションセンター（北海道、札幌市）
  • Year and Date: 2016-03-27
• [Presentation] 環境常在細菌におけるアルコールデヒドロゲナーゼ遺伝子adhX関与の普遍的低栄養環境適応戦略 (2016)
  • Author(s): 稲葉 慎之介, 大坪 嘉行, 永田 裕二, 津田 雅孝
  • Organizer: 日本農芸化学会2016年度大会
  • Place of Presentation: 札幌コンベンションセンター（北海道、札幌市）
  • Year and Date: 2016-03-27
• [Presentation] PCB/biphenyl分解細菌株が有する新規haloalkane dehalogenase遺伝子の解析 (2016)
  • Author(s): 佐藤 あや華, 大坪 嘉行, 永田 裕二, 津田 雅孝
  • Organizer: 日本農芸化学会2016年度大会
  • Place of Presentation: 札幌コンベンションセンター（北海道、札幌市）
  • Year and Date: 2016-03-27
• [Presentation] ハロアルカンデハロゲナーゼの細胞内酵素機能進化系の構築 (2016)
  • Author(s): 小山 旺, 森内 良太, 大坪 嘉行, 永田 裕二, 津田 雅孝
  • Organizer: 日本農芸化学会2016年度大会
  • Place of Presentation: 札幌コンベンションセンター（北海道、札幌市）
  • Year and Date: 2016-03-27
• [Presentation] DNA配列表示ツールSeqView (2016)
  • Author(s): 大坪 嘉行, 永田 裕二, 津田 雅孝
  • Organizer: 日本農芸化学会2016年度大会
  • Place of Presentation: 札幌コンベンションセンター（北海道、札幌市）
  • Year and Date: 2016-03-27
• [Presentation] ナフタレン分解プラスミドNAH7の接合伝達関連遺伝子traDEFの解析 (2016)
  • Author(s): 岸田 康平, 井上 慧, 大坪 嘉行, 永田 裕二, 津田 雅孝
  • Organizer: 日本農芸化学会2016年度大会
  • Place of Presentation: 札幌コンベンションセンター（北海道、札幌市）
  • Year and Date: 2016-03-27
• [Presentation] 土壌細菌叢変動とレジームシフト (2016)
  • Author(s): 大坪嘉行、加藤広海、永田裕二、津田雅孝
  • Organizer: 第89回日本細菌学会ワークショップ「共創:微生物エコシステム構成原理」
  • Place of Presentation: 大阪交流センター（大阪府、大阪市）
  • Year and Date: 2016-03-23
• [Presentation] SeqView: DNA 配列/アミノ酸配列の表示ツール (2016)
  • Author(s): 大坪嘉行、永田裕二、津田雅孝
  • Organizer: 第10回日本ゲノム微生物学会年会
  • Place of Presentation: 東京工業大学大岡山キャンパス（東京都、目黒区）
  • Year and Date: 2016-03-04
• [Presentation] 汚染土壌細菌叢の新規環境への定着及び再汚染のメタゲノム解析 (2016)
  • Author(s): 加藤広海、森宙史、渡来直生、永山浩史、大坪嘉行、永田裕二、豊田敦、黒川顕、津田雅孝
  • Organizer: 第10回日本ゲノム微生物学会年会
  • Place of Presentation: 東京工業大学大岡山キャンパス（東京都、目黒区）
  • Year and Date: 2016-03-04
• [Presentation] フェナントレン分解細菌Burkholderia sp.HB-1株のゲノムと芳香属分解遺伝子の解析 (2016)
  • Author(s): 守屋梓、小川なつみ、加藤広海、大坪嘉行、永田裕二、津田雅孝
  • Organizer: 第10回日本ゲノム微生物学会年会
  • Place of Presentation: 東京工業大学大岡山キャンパス（東京都、目黒区）
  • Year and Date: 2016-03-04
• [Presentation] 遺伝学的解析を用いた芳香族化合物分解コンソーシアムにおける分解菌と非分解菌の共在機構の解明 (2016)
  • Author(s): 小川なつみ 加藤広海 大坪嘉行 永田裕二 津田雅孝
  • Organizer: 第10回日本ゲノム微生物学会年会
  • Place of Presentation: 東京工業大学大岡山キャンパス（東京都、目黒区）
  • Year and Date: 2016-03-04
• [Presentation] 微生物群集動態の原理解明に向けた再現モデルの構築 (2016)
  • Author(s): 渡来直生、森宙史、加藤広海、大坪嘉行、小椋義俊、永田裕二、豊田敦、藤山秋佐夫、林哲也、津田雅孝、黒川顕
  • Organizer: 第10回日本ゲノム微生物学会年会
  • Place of Presentation: 東京工業大学大岡山キャンパス（東京都、目黒区）
  • Year and Date: 2016-03-04
• [Presentation] 鉄濃度依存的に発現変動する機能未知遺伝子hemPの解析 (2016)
  • Author(s): 佐藤拓哉 湯原悟志 野々山翔太 大坪嘉行 永田裕二 津田雅孝
  • Organizer: 第10回日本ゲノム微生物学会年会
  • Place of Presentation: 東京工業大学大岡山キャンパス（東京都、目黒区）
  • Year and Date: 2016-03-04
• [Presentation] Burkholderia multivorans における鉄硫黄クラスター合成遺伝子群の転写制御に対するFur及びIscRの作用機作 (2016)
  • Author(s): 野々山翔太 佐藤拓哉 岸田康平 大坪嘉行 永田裕二 津田雅孝
  • Organizer: 第10回日本ゲノム微生物学会年会
  • Place of Presentation: 東京工業大学大岡山キャンパス（東京都、目黒区）
  • Year and Date: 2016-03-04
• [Presentation] ナフタレン分解プラスミドNAH7の接合伝達関連機能未知遺伝子群traDEFの解析 (2016)
  • Author(s): 岸田康平 井上慧 大坪嘉行 永田裕二 津田 雅孝
  • Organizer: 第10回日本ゲノム微生物学会年会
  • Place of Presentation: 東京工業大学大岡山キャンパス（東京都、目黒区）
  • Year and Date: 2016-03-04
• [Presentation] 環境常在細菌が有する推定アルコールデヒドロゲナーゼ遺伝子関与の新規極貧栄養環境適応機構 (2016)
  • Author(s): 稲葉慎之介 平野丈 宇井博紀 大坪嘉行 永田裕二 津田雅孝
  • Organizer: 第10回日本ゲノム微生物学会年会
  • Place of Presentation: 東京工業大学大岡山キャンパス（東京都、目黒区）
  • Year and Date: 2016-03-04
• [Presentation] 次世代シーケンサーを用いたqTnSeq法の構築 (2016)
  • Author(s): 阿部史歩 大坪嘉行 永田裕二 津田雅孝
  • Organizer: 第10回日本ゲノム微生物学会年会
  • Place of Presentation: 東京工業大学大岡山キャンパス（東京都、目黒区）
  • Year and Date: 2016-03-04
• [Presentation] Haloalkane dehalogenases in bacteria (2015)
  • Author(s): Yuji Nagata, Ryota Moriuchi, Yoshiyuki Ohtsubo, and Masataka Tsuda
  • Organizer: The International Chemical Congress of Pacific Basin Societies (Pacifichem 2015)
  • Place of Presentation: Honolulu, Hawaii, USA
  • Year and Date: 2015-12-15
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] 環境を汚染する難分解性農薬分解遺伝子群の水平伝播 (2015)
  • Author(s): 永田裕二、大坪嘉行、津田雅孝
  • Organizer: 第30回日本微生物生態学会年次大会シンポジウム「環境での遺伝子リスクの醸成：薬剤耐性と病原性の遺伝子伝播」
  • Place of Presentation: 土浦亀城プラザ（茨城県、土浦市）
  • Year and Date: 2015-10-17
  • Invited
• [Presentation] メタゲノム情報を基盤とした汚染土壌の細菌コンソーシアムの研究 (2015)
  • Author(s): 加藤広海、小川なつみ、大坪嘉行、永田裕二、津田雅孝
  • Organizer: 第30回日本微生物生態学会年次大会
  • Place of Presentation: 土浦亀城プラザ（茨城県、土浦市）
  • Year and Date: 2015-10-17
• [Presentation] リボソームRNA遺伝子の染色体外への移行 (2015)
  • Author(s): 按田瑞恵, 大坪嘉行, 大久保卓, 菅原雅之, 永田裕二, 津田雅孝, 南澤究, 三井久幸
  • Organizer: 日本遺伝学会第87回大会ワークショップ12「ゲノムとOMICSの比較から現れた遺伝と進化をめぐる驚き」
  • Place of Presentation: 東北大学川内北キャンパス（宮城県、仙台市）
  • Year and Date: 2015-09-24
• [Presentation] 有機塩素系農薬分解細菌株の有機炭素源非添加無機固体培地での生育に関与する推定アルコールデヒドロゲナーゼ遺伝子adhXの機能解析 (2015)
  • Author(s): 稲葉慎之介、大坪嘉行、永田裕二、津田雅孝
  • Organizer: 環境バイオテクノロジー学会2015年度大会
  • Place of Presentation: 東京大学弥生キャンパス（東京都、文京区）
  • Year and Date: 2015-06-29
• [Presentation] GenomeMatcherのアノテーション支援機能 (2015)
  • Author(s): 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝
  • Organizer: 日本農芸化学会2015年大会
  • Place of Presentation: 岡山
  • Year and Date: 2015-03-26 – 2015-03-29
• [Presentation] 有機塩素系殺虫剤gamma-hexachlorocyclohexane分解細菌の分子育種 (2015)
  • Author(s): 荷川取佑記, 宮崎亮, 古屋佑磨, 大畑智史, 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝
  • Organizer: 日本農芸化学会2015年大会
  • Place of Presentation: 岡山
  • Year and Date: 2015-03-26 – 2015-03-29
• [Presentation] スフィンゴモナッド細菌株の有機炭素源非添加無機固体培地での生育に関与する推定アルコールデヒドロゲナーゼ遺伝子adhXの解析 (2015)
  • Author(s): 稲葉慎之介、平野丈、宇井博紀、大坪嘉行、永田裕二、津田雅孝
  • Organizer: 日本農芸化学会2015年大会
  • Place of Presentation: 岡山
  • Year and Date: 2015-03-26 – 2015-03-29
• [Presentation] ナフタレン分解プラスミドNAH7の接合伝達宿主域に関する研究 (2015)
  • Author(s): 岸田康平, 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝
  • Organizer: 日本農芸化学会2015年大会
  • Place of Presentation: 岡山
  • Year and Date: 2015-03-26 – 2015-03-29
• [Presentation] 複数の芳香族化合物による人工的汚染化土壌メタゲノムから取得したインディゴ生成活性を担うコスミドクローンの解析 (2015)
  • Author(s): 永山浩史、加藤広海、菅原智詞、遠藤諒、大坪嘉行、永田裕二、津田雅孝
  • Organizer: 第9回日本ゲノム微生物学会年会
  • Place of Presentation: 神戸
  • Year and Date: 2015-03-06 – 2015-03-08
• [Presentation] 芳香族化合物分解コンソーシアムに存在する分解菌と非分解菌の関係 (2015)
  • Author(s): 小川なつみ、加藤広海、大坪嘉行、永田裕二、津田雅孝
  • Organizer: 第9回日本ゲノム微生物学会年会
  • Place of Presentation: 神戸
  • Year and Date: 2015-03-06 – 2015-03-08
• [Presentation] クラスター化した代謝酵素遺伝子群の導入による有機塩素系殺虫剤gamma-HCH分解細菌の分子育種 (2015)
  • Author(s): 荷川取佑記、宮崎亮、古屋佑磨、大畑智史、大坪嘉行、永田裕二、津田雅孝
  • Organizer: 第9回日本ゲノム微生物学会年会
  • Place of Presentation: 神戸
  • Year and Date: 2015-03-06 – 2015-03-08
• [Presentation] 土壌細菌Burkholderia multivorans ATCC17616株におけるFurの機能及び発現制御機構の解析 (2015)
  • Author(s): 佐藤拓哉 木村明音 湯原悟志 大坪嘉行 永田裕二 津田雅孝
  • Organizer: 第9回日本ゲノム微生物学会年会
  • Place of Presentation: 神戸
  • Year and Date: 2015-03-06 – 2015-03-08
• [Presentation] 次世代シーケンサー由来のリード処理ツール: ShortReadManager (2015)
  • Author(s): 大坪嘉行、永田裕二、津田雅孝
  • Organizer: 第9回日本ゲノム微生物学会年会
  • Place of Presentation: 神戸
  • Year and Date: 2015-03-06 – 2015-03-08
• [Presentation] 移植された土壌微生物の定着過程とその安定性について (2015)
  • Author(s): 加藤広海、森宙史、丸山史人、永山浩史、大坪嘉行、永田裕二、黒川顕、津田雅孝
  • Organizer: 第9回日本ゲノム微生物学会年会
  • Place of Presentation: 神戸
  • Year and Date: 2015-03-06 – 2015-03-08
• [Presentation] rRNA遺伝子オペロンが9-10 kbレプリコンのみに存在するゲノム構造をもつ細菌の系統分布 (2015)
  • Author(s): 按田瑞恵、大坪嘉行、三井久幸、大久保卓、菅原雅之、永田裕二、津田雅孝、南澤 究
  • Organizer: 第9回日本ゲノム微生物学会年会
  • Place of Presentation: 神戸
  • Year and Date: 2015-03-06 – 2015-03-08
• [Presentation] 植物マイクロビオームメタゲノム配列のマッピングによるMethylobacterium 属細菌集団の植物種依存性の解析 (2015)
  • Author(s): 南 智之、按田瑞恵、大久保 卓、三井久幸、大坪嘉行、永田裕二、金子貴一、田畑哲之、津田雅孝、南澤 究
  • Organizer: 第9回日本ゲノム微生物学会年会
  • Place of Presentation: 神戸
  • Year and Date: 2015-03-06 – 2015-03-08
• [Presentation] Host range of conjugation system encoded by naphthalene-catabolic plasmid NAH7 from Pseudomonas putida (2014)
  • Author(s): Kouhei Kishida, Yoshiyuki Ohtsubo, Yuji Nagata, and Masataka Tsuda
  • Organizer: International Symposium of the International Society for Plasmid Biology Scientific Meeting 2014
  • Place of Presentation: Queensland, Australia
  • Year and Date: 2014-10-27 – 2014-11-01
• [Presentation] rRNA遺伝子オペロンが9.4 kbレプリコンにのみ存在する細菌ゲノムの発見 (2014)
  • Author(s): 按田瑞恵、大坪嘉行、大久保卓、菅原雅之、三井久幸、永田裕二、津田雅孝、南澤 究
  • Organizer: 環境微生物系学会合同大会2014
  • Place of Presentation: 浜松
  • Year and Date: 2014-10-21 – 2014-10-24
• [Presentation] フェナントレン分解細菌と共存する非分解優占種細菌の機能解明 (2014)
  • Author(s): 小川なつみ、加藤広海、大坪嘉行、永田裕二、津田雅孝
  • Organizer: 環境微生物系学会合同大会2014
  • Place of Presentation: 浜松
  • Year and Date: 2014-10-21 – 2014-10-24
• [Presentation] 完全ゲノム配列比較に基づいた人為起源有機塩素系殺虫剤γ-HCH分解細菌の出現と進化の考察 (2014)
  • Author(s): 永田裕二、田端理朗、大畑智史、荷川取佑記、大坪嘉行、津田雅孝
  • Organizer: 環境微生物系学会合同大会2014
  • Place of Presentation: 浜松
  • Year and Date: 2014-10-21 – 2014-10-24
• [Presentation] 土壌における微生物コミュニティの形成過程について (2014)
  • Author(s): 加藤広海、森宙史、丸山史人、永山浩史、大坪嘉行、永田裕二、黒川顕、津田雅孝
  • Organizer: 環境微生物系学会合同大会2014
  • Place of Presentation: 浜松
  • Year and Date: 2014-10-21 – 2014-10-24
• [Presentation] 土壌細菌での鉄応答制御因子Furを介した転写調節機構の解明 (2014)
  • Author(s): 佐藤拓哉、湯原悟志、大坪嘉行、永田裕二、津田雅孝
  • Organizer: 環境微生物系学会合同大会2014
  • Place of Presentation: 浜松
  • Year and Date: 2014-10-21 – 2014-10-24
• [Presentation] クラスター化した代謝酵素遺伝子群の導入による有機塩素系殺虫剤gamma-hexachlorocyclohexane資化能を有する新規細菌株の分子育種 (2014)
  • Author(s): 荷川取佑記、宮崎亮、古屋佑磨、大畑智史、大坪嘉行、永田裕二、津田雅孝
  • Organizer: 環境微生物系学会合同大会2014
  • Place of Presentation: 浜松
  • Year and Date: 2014-10-21 – 2014-10-24
• [Presentation] 芳香族化合物複合汚染土壌から培養非依存的手法で取得したインディゴ生成活性に関与するコスミドクローンの解析 (2014)
  • Author(s): 永山浩史、菅原智詞、遠藤諒、加藤広海、大坪嘉行、永田裕二、津田雅孝
  • Organizer: 環境微生物系学会合同大会2014
  • Place of Presentation: 浜松
  • Year and Date: 2014-10-21 – 2014-10-24
• [Presentation] 新規植物共生細菌Aurantimonas sp. AU20のゲノム解析 (2014)
  • Author(s): 按田瑞恵、大坪嘉行、大久保卓、三井久幸、永田裕二、津田雅孝、南澤 究
  • Organizer: 植物微生物研究会第23回研究交流会
  • Place of Presentation: 岡崎
  • Year and Date: 2014-09-07 – 2014-09-09
• [Presentation] 根粒超着生ダイズから分離された Methylobacterium sp.AMS5 のゲノム解析とミヤコグサにおける着生パターン (2014)
  • Author(s): 南智之,按田瑞恵,大久保卓,三井久幸,大坪嘉行,永田裕二,津田雅孝, 南澤究
  • Organizer: 植物微生物研究会第23回研究交流会
  • Place of Presentation: 岡崎
  • Year and Date: 2014-09-07 – 2014-09-09
• [Presentation] Comparison of complete genome sequences of four gamma-hexachlorocyclohexane-degrading sphingomonad strains (2014)
  • Author(s): Yuji Nagata, Michiro Tabata, Satoshi Ohhata, Yuki Nikawadori, Yoshiyuki Ohtsubo, Masataka Tsuda
  • Organizer: 15th Internantional Symposium on Microbial Ecology
  • Place of Presentation: Seoul, South Korea
  • Year and Date: 2014-08-24 – 2014-08-29
• [Presentation] Effect of anutoregulation of nodulation on pland colonization of Methylobacterium sp. AMS5 isolated from hypernodulated soybean (2014)
  • Author(s): Tomoyuki Minami, Mizue Anda, Takashi Ohkubo, Hisayuki Mitsui, Yoshiyuki Ohtsubo, Yuji Nagata, Masataka Tsuda, and Kiwamu Minamisawa
  • Organizer: 15th Internantional Symposium on Microbial Ecology
  • Place of Presentation: Seoul, South Korea
  • Year and Date: 2014-08-24 – 2014-08-29
• [Presentation] Genetic ecology of Methylobacterium species in legume plants (2014)
  • Author(s): Tomoyuki Minami, Mizue Anda, Takashi Ohkubo, Hisayuki Mitsui, Yoshiyuki Ohtsubo, Yuji Nagata, Masataka Tsuda, and Kiwamu Minamisawa
  • Organizer: 15th Internantional Symposium on Microbial Ecology
  • Place of Presentation: Seoul, South Korea
  • Year and Date: 2014-08-23 – 2014-08-24
• [Book] Manual of Environmental Microbiology, 4th Edition (2015)
  • Author(s): Nagata Y, Tabata M, Ohtsubo, Y, Tsuda M
  • Publisher: ASM Press, Washington, DC