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Analysis of antibiotic resistant ribosomal RNAs

Research Project

Project/Area Number 26670219
Research Category

Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research

Allocation TypeMulti-year Fund
Research Field Bacteriology (including mycology)
Research InstitutionNational Institute of Advanced Industrial Science and Technology

Principal Investigator

Miyazaki Kentaro  国立研究開発法人産業技術総合研究所, 生物プロセス研究部門, 研究グループ長 (60344123)

Project Period (FY) 2014-04-01 – 2016-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2015)
Budget Amount *help
¥3,640,000 (Direct Cost: ¥2,800,000、Indirect Cost: ¥840,000)
Fiscal Year 2015: ¥1,820,000 (Direct Cost: ¥1,400,000、Indirect Cost: ¥420,000)
Fiscal Year 2014: ¥1,820,000 (Direct Cost: ¥1,400,000、Indirect Cost: ¥420,000)
Keywordsリボソーム / 抗生物質 / 耐性 / 遺伝子変異 / 大腸菌 / スペクチノマイシン
Outline of Final Research Achievements

We have constructed a metagenomic library of 16S rRNA, which complemented the growth of the null mutant of Escherichia coli. When we used a forward primer, which could generate unwanted mismatch between 19 and 916 bases, we found some of the mutant strains happened to obtain a spectinomycin resistance. When a primer, which would not generate mismatch at the site, no such resistance was observed. From the metagenomic library of the 16S rRNA genes, we identified a various antibiotic resistant strains: spectinomycin (4 clones); G418 (10 clones); tetracycline (2 clones); and apramycin (1 clone). These clones contained some new nucleotides that provide the resistance on the host strain.

Report

(3 results)
  • 2015 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2014 Research-status Report
  • Research Products

    (26 results)

All 2016 2015 2014 Other

All Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 3 results,  Acknowledgement Compliant: 3 results) Presentation (18 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Invited: 10 results) Remarks (4 results)

  • [Journal Article] 16S リボソーマルRNAの水平伝播実験から見えてくるリボソームの可塑性2015

    • Author(s)
      佃美雪, 宮崎健太郎
    • Journal Title

      生化学

      Volume: 87 Pages: 475-477

    • Related Report
      2015 Annual Research Report
  • [Journal Article] Molecular engineering of a PheS counterselection marker for improved operating efficiency in Escherichia coli.2015

    • Author(s)
      Miyazaki K
    • Journal Title

      Biotechniques

      Volume: 58 Issue: 2 Pages: 86-88

    • DOI

      10.2144/000114257

    • Related Report
      2014 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Ribosomal RNAの人工水平伝播による大腸菌宿主デザイン2014

    • Author(s)
      宮崎健太郎
    • Journal Title

      生物工学会誌

      Volume: 92 Pages: 607-611

    • Related Report
      2014 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] 環境バイオテクノロジー学会誌2014

    • Author(s)
      宮崎健太郎
    • Journal Title

      リボソーム改変による大腸菌宿主デザイン

      Volume: 14 Pages: 3-8

    • Related Report
      2014 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Presentation] リニア機動分子リボソームの進化工学2016

    • Author(s)
      宮崎健太郎
    • Organizer
      日本化学会 第96春季年会
    • Place of Presentation
      同志社大学(京都府京田辺市)
    • Year and Date
      2016-03-27
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] RINSPEX technique for Escherichia coli strain engineering2016

    • Author(s)
      Tsukuda M, Miyazaki K
    • Organizer
      Biosystems Design 2.0
    • Place of Presentation
      Biopolis (Singapore)
    • Year and Date
      2016-03-20
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] リボソーム進化工学2015

    • Author(s)
      宮崎健太郎
    • Organizer
      進化分子工学研究会
    • Place of Presentation
      千葉工業大学(千葉県習志野市)
    • Year and Date
      2015-11-20
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 大腸菌リボソームの変異耐性2015

    • Author(s)
      宮崎健太郎
    • Organizer
      第17回 日本進化学会年会
    • Place of Presentation
      中央大学(東京都文京区)
    • Year and Date
      2015-08-21
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] リボソーム改変によるバクテリア細胞工学2015

    • Author(s)
      宮崎健太郎
    • Organizer
      第17回 日本進化学会年会
    • Place of Presentation
      中央大学(東京都文京区)
    • Year and Date
      2015-08-20
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 大腸菌リボソームの変異耐性2015

    • Author(s)
      宮崎健太郎
    • Organizer
      第17回日本RNA学会年会
    • Place of Presentation
      札幌コンベンションセンター(北海道札幌市)
    • Year and Date
      2015-07-15
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] メタゲノムを活用した酵素スクリーニング2015

    • Author(s)
      宮崎健太郎
    • Organizer
      第15回 日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      あわぎんホール(徳島県徳島市)
    • Year and Date
      2015-06-26
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] Functional metagenomics for enzyme discovery2015

    • Author(s)
      宮崎健太郎
    • Organizer
      9th AIST-TISTR-NSTDA workshop
    • Place of Presentation
      産業技術総合研究所臨海センター(東京都港区)
    • Year and Date
      2015-04-28
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 大腸菌における16S rRNAの置換変異によるリボソームの寛容性の検証2015

    • Author(s)
      佃 美雪、宮崎健太郎
    • Organizer
      第3回リボソームミーティング
    • Place of Presentation
      ANAホリデイ・イン リゾート宮崎(宮崎県宮崎市)
    • Year and Date
      2015-03-17
    • Related Report
      2014 Research-status Report
  • [Presentation] リボソーム改変によるバクテリア細胞工学2015

    • Author(s)
      宮崎健太郎
    • Organizer
      第10回理研「バイオものづくり」シンポジウム
    • Place of Presentation
      理化学研究所(埼玉県和光市)
    • Year and Date
      2015-03-06
    • Related Report
      2014 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] バクテリア16S rRNA遺伝子の進化2015

    • Author(s)
      佐藤 允治、宮崎健太郎
    • Organizer
      第9回日本ゲノム微生物学会年会
    • Place of Presentation
      神戸大学(兵庫県神戸市)
    • Year and Date
      2015-03-06
    • Related Report
      2014 Research-status Report
  • [Presentation] リボソーム改変による大腸菌の高温適応進化2015

    • Author(s)
      佃 美雪、宮崎健太郎
    • Organizer
      第9回日本ゲノム微生物学会年会
    • Place of Presentation
      神戸大学(兵庫県神戸市)
    • Year and Date
      2015-03-06
    • Related Report
      2014 Research-status Report
  • [Presentation] Metagenomic screening for 16S rRNA-based antibiotic resistance genes2015

    • Author(s)
      Miyazaki K
    • Organizer
      1st international Caparica Conference in Antibiotic Resistance
    • Place of Presentation
      Hotel Ever Caparica (Caparica, Portugal)
    • Year and Date
      2015-01-27
    • Related Report
      2014 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] Diversifying cellular phenotype through ribosome engineering2014

    • Author(s)
      宮崎健太郎
    • Organizer
      細胞を創る研究会7.0
    • Place of Presentation
      東京大学(東京都文京区)
    • Year and Date
      2014-11-13
    • Related Report
      2014 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] メタゲノム手法と培養法:酵素遺伝子スクリーニングのための手法間の比較解析2014

    • Author(s)
      末永 光、水田志織、宮崎 健太郎、矢追 克郎
    • Organizer
      環境微生物系学会合同大会
    • Place of Presentation
      アクトシティ浜松コングレスセンター(静岡県浜松市)
    • Year and Date
      2014-10-23
    • Related Report
      2014 Research-status Report
  • [Presentation] PheS変異体を利用した新規大腸菌カウンターセレクションマーカーの開発2014

    • Author(s)
      宮崎健太郎
    • Organizer
      第 66 回日本生物工学会大会
    • Place of Presentation
      札幌コンベンションセンター(北海道札幌市)
    • Year and Date
      2014-09-11
    • Related Report
      2014 Research-status Report
  • [Presentation] Toxin-Antitoxin systemを利用した大腸菌カウンターセレクション技術の開発2014

    • Author(s)
      佃 美雪、中島 信孝、宮崎健太郎
    • Organizer
      第 66 回日本生物工学会大会
    • Place of Presentation
      札幌コンベンションセンター(北海道札幌市)
    • Year and Date
      2014-09-11
    • Related Report
      2014 Research-status Report
  • [Presentation] 水平伝播によるバクテリア16S rRNA遺伝子の進化の検証2014

    • Author(s)
      佐藤 允治、宮崎健太郎
    • Organizer
      日本進化学会 第16回大会
    • Place of Presentation
      高槻現代劇場(大阪府高槻市)
    • Year and Date
      2014-08-22
    • Related Report
      2014 Research-status Report
  • [Remarks]

    • URL

      https://unit.aist.go.jp/bpri/bpri-synthe/index.html

    • Related Report
      2015 Annual Research Report
  • [Remarks]

    • URL

      https://staff.aist.go.jp/miyazaki-kentaro/group/

    • Related Report
      2015 Annual Research Report
  • [Remarks] 合成生物工学研究グループ

    • URL

      https://unit.aist.go.jp/bpri/bpri-synthe/index.html

    • Related Report
      2014 Research-status Report
  • [Remarks] 産総研生物プロセス研究部門合成生物工学研究グループ

    • URL

      https://staff.aist.go.jp/miyazaki-kentaro/group/

    • Related Report
      2014 Research-status Report

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Published: 2014-04-04   Modified: 2017-05-10  

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