| Project/Area Number |
61116003
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Special Project Research
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Research Institution | Nagoya University |
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Principal Investigator |
田中 勲 名大, 工学部, 助手 (70093052)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
赤坂 一之 京都大学, 理学部, 助教授 (50025368)
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| Project Period (FY) |
1986
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 1986)
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| Budget Amount *help |
¥1,000,000 (Direct Cost: ¥1,000,000)
Fiscal Year 1986: ¥1,000,000 (Direct Cost: ¥1,000,000)
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| Keywords | DNA結合蛋白質 / X線結晶構造解析 / 核磁気共鳴 |
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| Research Abstract |
シンクロトロン放射光を利用して収集した Bacillus stearothermophilus DBP【II】のX線データを使い、この蛋白質の構造の精密化を行なった。スタート時に用いた原子座標は3【A!°】分解能の単一同型置換法により求められた電子密度図から、FRODOプログラムにより作り上げられたものである。精密化は、HENDRICHSON & KONNERTの方法に従った。最終段階でのR値は20%にまで改善された。精密化の途中で、グラフィクスによる分子の組み立てを数度繰り返したが最初のモデルから大きくはずれることはなかった。(GLYの関与する幾つかの主鎖コンフォメーション角の逆転が見られた。)3【A!°】分解能で電子密度図に現われていなかったアームの先端付近については、精密化された電子密度図においてもやはり同様であり、アームの先端はDISORDERしていることが確認された。精密化された原子座標により、コンピュータグラフィクスを利用してDNA複合体モデルを作った。その際、アームの部分は、βリボン構造をとっていると仮定した。その結果、結合蛋白質のARG側鎖のすべてがDNAの燐酸基とコンタクトするようなモデルを組み立てることができた。
NMR法による研究では、DNA結合蛋白質とヌクレオチドとの相互作用を調べることを目的とするが、そのためには、まず蛋白質からのスペクトルのアサインメントを行なう必要がある。重水置換したDNA結合蛋白質を使ってCOSYおよびNOESYを測定し、そのスペクトル上の幾つかのアミノ酸のスピン系が帰属された。高磁場シフトした PHE側鎖、メチル基の存在から疎水核の存在が確認され、また、重水素交換速度の非常に遅い主鎖アミドが多数存在することからもX線で決定された2量体が堅い構造をとっていることがわかった。
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