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超高速演算分子ブースターシステムの構築

Publicly Offered Research

Project AreaDevelopment of Molecular Robots equipped with sensors and intelligence
Project/Area Number 15H00804
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Science and Engineering
Research InstitutionTokyo Institute of Technology

Principal Investigator

嶋田 直彦  東京工業大学, 生命理工学院, 助教 (10423972)

Project Period (FY) 2015-04-01 – 2017-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2016)
Budget Amount *help
¥7,410,000 (Direct Cost: ¥5,700,000、Indirect Cost: ¥1,710,000)
Fiscal Year 2016: ¥3,640,000 (Direct Cost: ¥2,800,000、Indirect Cost: ¥840,000)
Fiscal Year 2015: ¥3,770,000 (Direct Cost: ¥2,900,000、Indirect Cost: ¥870,000)
Keywords分子ブースター / DNA論理ゲート / カチオン性高分子 / DNAロジックゲート / DNA鎖交換反応
Outline of Annual Research Achievements

分子ロボットの知能には、DNAから構成される分子ロボットはDNA鎖同士の交換反応(DNA鎖交換反応)が素反応とするDNA論理ゲートが用いられる。DNA鎖交換反応は二重鎖に対して、その相補鎖である一本鎖DNAを加えると鎖が交換する反応である。    しかし、DNA鎖置換反応は遅いために、分子ロボットが高速に動作するためには高速化のためのブースター分子が必要と考えられてきた。我々は今までにポリリシンにデキストランをグラフトさせたカチオン性グラフト高分子がDNA鎖交換反応を超高速化させることを報告してきた。平成27年度は、Winfreeらが報告したDNA鎖交換反応を利用したDNA論理ゲートの一種であるDNA閾値ゲートをカチオン性高分子である分子ブースターを持いることで、数時間必要であった計算を僅か数分で計算が完了することができた。本年度は、この閾値ゲートからなるAND or ORゲートの高速化を試みた結果、数十時間必要であった計算を僅か数分で完了することができた。また、一部反応の漏れが観察されたが、DNA配列の最適化を行ったところ、漏れが抑えられ、さらに計算時間も数分で完了することがわかった。さらに、閾値ゲートとは異なるDNA論理演算に分子ブースターを適応させたところ、配列の最適化をすることなく、10倍以上の高速化に成功した。また、リポソーム内にDNAを効率的に閉じ込める手法を見出し、リポソームの崩壊に伴って、計算を開始するシステムの構築に成功した。

Research Progress Status

28年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

28年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(2 results)
  • 2016 Annual Research Report
  • 2015 Annual Research Report
  • Research Products

    (5 results)

All 2016 2015

All Journal Article (2 results) (of which Peer Reviewed: 2 results,  Open Access: 1 results,  Acknowledgement Compliant: 2 results) Presentation (3 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results)

  • [Journal Article] Cooperative enhancement of deoxyribozyme activity by chemical modification and added cationic copolymer2016

    • Author(s)
      Ken Saito, Naohiko Shimada, Atushi Maruyama
    • Journal Title

      Science and Technology of Advanced Materials

      Volume: 17 Issue: 1 Pages: 437-442

    • DOI

      10.1080/14686996.2016.1208627

    • Related Report
      2016 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] A reversible B-A transition of DNA duplexes induced by synthetic cationic copolymers†2016

    • Author(s)
      Nonoka Yamaguchi, Yu-ki Zouzumi, Naohiko Shimada, Shu-ichi Nakano, Naoki Sugimoto, Atsushi Maruyama and Daisuke Miyoshi
    • Journal Title

      Chem. Commun.,

      Volume: 52 Issue: 47 Pages: 7446-7449

    • DOI

      10.1039/c6cc02237e

    • Related Report
      2016 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Presentation] カチオン性くし型共重合体による種々のDNAzyme活性の向上2016

    • Author(s)
      齋藤健、嶋田直彦、丸山厚
    • Organizer
      第65回高分子討論会
    • Place of Presentation
      横浜
    • Related Report
      2016 Annual Research Report
  • [Presentation] カチオン性くし型共重合体によるDNA論理ゲートの高速化2016

    • Author(s)
      齋藤健、嶋田直彦、丸山厚
    • Organizer
      第65回高分子学会年次大会
    • Place of Presentation
      神戸
    • Related Report
      2016 Annual Research Report
  • [Presentation] DNA strand exchange reaction activated by cationic comb-type copolymers modified with ureido group2015

    • Author(s)
      Naohiko Shimada, Song Wei, Atsushi Maruyama
    • Organizer
      CBI学会
    • Place of Presentation
      タワーホール船堀
    • Year and Date
      2015-10-27
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research

URL: 

Published: 2015-04-16   Modified: 2018-03-28  

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