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DNA計算による制御系設計法の構築と制御系設計支援ツールの開発

Publicly Offered Research

Project AreaDevelopment of Molecular Robots equipped with sensors and intelligence
Project/Area Number 15H00823
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Science and Engineering
Research InstitutionKyushu Institute of Technology

Principal Investigator

中茎 隆  九州工業大学, 大学院情報工学研究院, 准教授 (30435664)

Project Period (FY) 2015-04-01 – 2017-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2016)
Budget Amount *help
¥3,380,000 (Direct Cost: ¥2,600,000、Indirect Cost: ¥780,000)
Fiscal Year 2016: ¥1,690,000 (Direct Cost: ¥1,300,000、Indirect Cost: ¥390,000)
Fiscal Year 2015: ¥1,690,000 (Direct Cost: ¥1,300,000、Indirect Cost: ¥390,000)
KeywordsDNA回路 / 遡及性 / モジュール性 / フィードバックレギュレータ / 制御工学 / 分子ロボティクス / フィードバック制御系 / 安定性解析 / DNA論理回路 / DNAアナログ回路
Outline of Annual Research Achievements

アメーバ型分子ロボットの制御問題として、DNA濃度のレギュレーションを検討した。センサからの指令値とアクチュエータからのフィードバック信号は、共に1本鎖DNAの濃度と仮定し、これらの量が一致するようにアクチュエータに与える操作量を調整する制御問題である。本研究では,DNA反応系が持つ非負性、モジュール性、有限性を考慮した制御系設計法と特異摂動理論をベースとする解析手法の提案を行った。より高性能な制御器を設計するためには、既存のDNA論理回路、演算回路(以後、DNA回路と呼ぶ)の組み合わせ回路が自在に設計できる必要がある。このように、基本的な部品を組み合わせて複雑な回路を設計する手法はボトムアップデザインと呼ばれる。しかしながら、DNA回路のモジュール性は一般に低く、回路単体では正常に動作していても、組み合わせ回路を構築するために回路同士を接続すると個々のDNA回路の機能が損なわれるため、組み合わせ回路のボトムアップデザインには何らかの工夫が必要となる。本研究では、上述のDNA濃度レギュレータの設計の際に用いた遡及性理論と特異摂動理論を用いて、DNA回路のモジュール性を担保する設計手法を提案した。
また、制御系設計支援ツールの開発のため、除算型フィードバックを有する生化学反応系の安定性に関するモデルベース解析手法を提案した。一般に、生化学反応系は高次元の非線形系でモデル化され、特にフィードバックループが含まれる場合は、リミットサイクルを引き起こす可能性がある。本研究では、フィードバックループの安定余裕を定量評価できるナイキスト安定判別法に着目し、複数存在するフィードバックループの中から特定の1つのループに対して適用する手法を提案した。

Research Progress Status

28年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

28年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(2 results)
  • 2016 Annual Research Report
  • 2015 Annual Research Report
  • Research Products

    (22 results)

All 2017 2016 2015

All Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 3 results,  Acknowledgement Compliant: 3 results) Presentation (17 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Invited: 1 results) Book (2 results)

  • [Journal Article] DNA Switcher for a Molecular Robot2016

    • Author(s)
      Katsuhiro Nishijima, Takashi Nakakuki, Yusuke Sato, Shin-ichiro Nomura
    • Journal Title

      Proc. of ICT-ROBOT2016

      Volume: -

    • Related Report
      2016 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] A Stability Analysis Method for Biochemical Reaction System with Inhibitory Feedback Loop2016

    • Author(s)
      中茎隆
    • Journal Title

      IEEJ Transactions on Electronics, Information and Systems

      Volume: 136 Issue: 5 Pages: 617-624

    • DOI

      10.1541/ieejeiss.136.617

    • NAID

      130005149216

    • ISSN
      0385-4221, 1348-8155
    • Related Report
      2016 Annual Research Report 2015 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Molecular Governor: DNA Feedback Regulator for Molecular Robotics2016

    • Author(s)
      T. Nakakuki, J. Imura
    • Journal Title

      SICE Journal of Control, Measurement, and System Integration (SICE JCMSI)

      Volume: 9 Issue: 2 Pages: 60-69

    • DOI

      10.9746/jcmsi.9.60

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    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Presentation] 分子ネットワークを創成する分子ロボティクスと解明するシステムバイオロジー2017

    • Author(s)
      中茎隆
    • Organizer
      第4回制御部門マルチシンポジウム
    • Place of Presentation
      岡山
    • Year and Date
      2017-03-06
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    • Invited
  • [Presentation] DNA鎖置換反応で創られるシステムの解析法2017

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      中茎隆,井村順一
    • Organizer
      第4回制御部門マルチシンポジウム
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      岡山
    • Year and Date
      2017-03-06
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      東京
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      計測自動制御学会 システム・情報部門 学術講演会 2016
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      滋賀
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      2016-12-06
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      計測自動制御学会 システム・情報部門 学術講演会 2016
    • Place of Presentation
      滋賀
    • Year and Date
      2016-12-06
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      福岡
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      緒方研仁,中茎隆
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      第59回自動制御連合講演会
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      福岡
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      2016-11-10
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    • Place of Presentation
      群馬
    • Year and Date
      2016-08-30
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  • [Presentation] DNA A/D Converter by Team Kyutech in BIOMOD20152016

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      Ryudai Segughi, Youhei Umeda, Kento Ogata, Tomotaka Omagari, Takashi Nakakuki, et al.
    • Organizer
      IEEE-NEMS2016
    • Place of Presentation
      宮城
    • Year and Date
      2016-04-17
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      2016 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] DNA計算による制御系設計法の構築と制御系設計支援ツールの開発2016

    • Author(s)
      中茎
    • Organizer
      第7回領域会議
    • Place of Presentation
      愛知
    • Year and Date
      2016-03-14
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      2015 Annual Research Report
  • [Presentation] 特異摂動理論によるDNAフィードバックレギュレータの制御性能解析2016

    • Author(s)
      藤本,中茎
    • Organizer
      第3回 制御部門 マルチシンポジウム
    • Place of Presentation
      愛知
    • Year and Date
      2016-03-07
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      2015 Annual Research Report
  • [Presentation] DNAアナログ回路のモジュール性に関する研究2015

    • Author(s)
      神門,中茎
    • Organizer
      第34回計測自動制御学会九州支部学術講演会
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      福岡
    • Year and Date
      2015-11-28
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      2015 Annual Research Report
  • [Presentation] DNA回路で作られた制御回路の性能評価に関する研究2015

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      佐藤,中茎
    • Organizer
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    • Place of Presentation
      函館
    • Year and Date
      2015-11-18
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      2015 Annual Research Report
  • [Presentation] DNAフィードバック制御系の安定性解析に関する研究2015

    • Author(s)
      藤本,中茎
    • Organizer
      計測自動制御学会 システム・情報部門 学術講演会 2015
    • Place of Presentation
      函館
    • Year and Date
      2015-11-18
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      2015 Annual Research Report
  • [Presentation] DNA演算回路の遡及性に関する一考察2015

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      瀬口,中茎
    • Organizer
      第58回自動制御連合講演会
    • Place of Presentation
      神戸
    • Year and Date
      2015-11-14
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      2015 Annual Research Report
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    • Author(s)
      T. Nakakuki
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      CBI学会2015年大会
    • Place of Presentation
      東京
    • Year and Date
      2015-10-27
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  • [Presentation] How to achieve a combination circuit in DNA computing; Toward a realization of feedback control operation in a molecular robot2015

    • Author(s)
      H. Kando, T. Nakakuki
    • Organizer
      SICE Annual Conference 2015
    • Place of Presentation
      Hangzhou, China
    • Year and Date
      2015-07-28
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    • Int'l Joint Research
  • [Book] DNA分子デザインのすべて~BIOMOD虎の巻~2016

    • Author(s)
      分子ロボティクス研究会編
    • Total Pages
      224
    • Publisher
      情報計算化学生物学会(CBI学会)出版
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  • [Book] 「DNA分子デザインのすべて~BIOMOD虎の巻~」2016

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      分子ロボティクス研究会編
    • Total Pages
      224
    • Publisher
      情報計算化学生物学会(CBI学会)出版
    • Related Report
      2015 Annual Research Report

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Published: 2015-04-16   Modified: 2018-03-28  

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