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歪みに感応するヘム分解機構とその精密制御

Publicly Offered Research

Project AreaStimuli-responsive Chemical Species for the Creation of Functional Molecules
Project/Area Number 15H00912
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Science and Engineering
Research InstitutionTohoku University

Principal Investigator

松井 敏高  東北大学, 多元物質科学研究所, 准教授 (90323120)

Project Period (FY) 2015-04-01 – 2017-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2016)
Budget Amount *help
¥4,940,000 (Direct Cost: ¥3,800,000、Indirect Cost: ¥1,140,000)
Fiscal Year 2016: ¥2,470,000 (Direct Cost: ¥1,900,000、Indirect Cost: ¥570,000)
Fiscal Year 2015: ¥2,470,000 (Direct Cost: ¥1,900,000、Indirect Cost: ¥570,000)
Keywords酵素反応 / 反応機構 / 病原性細菌 / ヘム代謝 / 酸素活性化 / 水酸化ヘム / 酸素添加
Outline of Annual Research Achievements

ヘム分解反応は生体内で重要な役割を果たしており、特に近年、病原性細菌による鉄イオン獲得機構の一つとしても注目されている。IsdG型ヘム分解酵素は基質であるヘムを異常に歪めて結合し、CO遊離を伴わない特殊な分解反応を触媒する。昨年までに結核菌のIsdG型酵素(MhuD)について、1原子および2原子酸素添加の融合による特殊な機構を解明した。本研究では、MhuDとも異なる生成物を与える黄色ブドウ球菌IsdGの反応研究を進め、歪んだヘムの反応を精密制御する機構の解明を試みた。
従来、IsdGによるヘム分解ではホルムアルデヒド(HCHO)が遊離して、スタフィロビリンを生成すると考えられていた。しかし、より生体内反応に近い触媒条件では新たな生成物が主に得られた。質量分析およびNMRによる構造解析により、新規生成物はホルミル基が結合したスタフィロビリン(SB-CHO)と同定された。SB-CHOはMhuD生成物の位置異性体であり、その生成はMhuD型の反応機構で説明できる。実際、MhuD反応の鍵中間体である水酸化ヘムを化学合成し、IsdGとの複合体を調製したところ、O2添加のみで開環が確認され、2原子酸素添加機構が強く支持された。また、触媒条件でのHCHO遊離量は還元速度に依存することを見いだし、水酸化ヘム複合体からの反応でも同様の結果が得られた。IsdG中の水酸化ヘムはアッセイ条件では還元を受けないため、O2と反応した後に生成する開環中間体の還元の有無が、生成物を左右する要因と考えられる。この様な生成物の変化機構は、細菌におけるHCHO合成量の調節機構としても注目される。

Research Progress Status

28年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

28年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(2 results)
  • 2016 Annual Research Report
  • 2015 Annual Research Report
  • Research Products

    (17 results)

All 2017 2016 2015 Other

All Int'l Joint Research (2 results) Journal Article (3 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Peer Reviewed: 3 results,  Acknowledgement Compliant: 3 results,  Open Access: 1 results) Presentation (11 results) (of which Int'l Joint Research: 6 results,  Invited: 4 results) Remarks (1 results)

  • [Int'l Joint Research] Universite Grenoble/Universite Pierre et Marie Curie(France)

    • Related Report
      2016 Annual Research Report
  • [Int'l Joint Research] UC Irvine(米国)

    • Related Report
      2015 Annual Research Report
  • [Journal Article] Artificial Hydrogenases based on Cobaloximes and Heme Oxygenase2016

    • Author(s)
      M. Bacchi, E. Veinberg, M. J. Field, J. Niklas, T. Matsui, D. M Tiede, O. G. Poluektov, M. Ikeda-Saito, M. Fontecave V. Artero
    • Journal Title

      ChemPlusChem

      Volume: 81 Issue: 10 Pages: 1083-1089

    • DOI

      10.1002/cplu.201600218

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      2016 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Charge-state-distribution analysis of Bach2 intrinsically disordered heme binding2016

    • Author(s)
      T. Suenaga, M. Watanabe-Matsui, H. Shima, T. Matsui, M. Ikeda-Saito, K. Igarashi, K. Murayama
    • Journal Title

      J. Biochem.

      Volume: 160 Issue: 5 Pages: 291-298

    • DOI

      10.1093/jb/mvw035

    • Related Report
      2016 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Unique coupling of mono- and dioxygenase chemistries in a single active site promotes heme degradation2016

    • Author(s)
      Toshitaka Matsui, Shusuke Nambu, Celia W. Goulding, Satoshi Takahashi, Hiroshi Fujii, Masao Ikeda-Saito
    • Journal Title

      Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.

      Volume: 113 Issue: 14 Pages: 3779-3784

    • DOI

      10.1073/pnas.1523333113

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    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research / Acknowledgement Compliant
  • [Presentation] Unusual Degradation of Highly Distorted Heme: Its Mechanism and Precise Control2017

    • Author(s)
      Toshitaka Matsui
    • Organizer
      The 2nd International Symposium on Stimuli-responsive Chemical Species for the Creation of Functional Molecules
    • Place of Presentation
      Hiroshima Univ. Faculty Club (Hiroshima, Japan)
    • Year and Date
      2017-03-06
    • Related Report
      2016 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Functional coupling of mono- and dioxygenase chemistries in a single active site promotes unique heme degradation2016

    • Author(s)
      Toshitaka Matsui
    • Organizer
      Japan-Korea-Taiwan Bioinorganic Chemistry Symposium
    • Place of Presentation
      Okazaki Conference Center (Okazaki, Japan)
    • Year and Date
      2016-09-30
    • Related Report
      2016 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 2種の酸素添加反応の融合による特異なヘム分解2016

    • Author(s)
      松井 敏高, 齋藤正男
    • Organizer
      第89回 日本生化学大会
    • Place of Presentation
      仙台国際センター(宮城県・仙台市)
    • Year and Date
      2016-09-27
    • Related Report
      2016 Annual Research Report
  • [Presentation] Unusual heme degradation achieved by unprecedented coupling of two distinct oxygenation modes2016

    • Author(s)
      Toshitaka Matsui, Shusuke Nambu, Masao Ikeda-Saito
    • Organizer
      ICPP-9 (Ninth International Conference on Porphyrins and Phthalocyanines)
    • Place of Presentation
      Nanjing, China
    • Year and Date
      2016-07-08
    • Related Report
      2016 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 2種の酸素添加反応の融合による特殊なヘム分解2016

    • Author(s)
      松井敏高, 高橋聡, 齋藤正男, 藤井浩
    • Organizer
      第26回 金属の関与する生体関連反応シンポジウム
    • Place of Presentation
      北大学術交流会館(北海道・札幌市)
    • Year and Date
      2016-06-18
    • Related Report
      2016 Annual Research Report
  • [Presentation] Unusual oxygenation mechanism of MhuD, a heme degrading enzyme from Mycobacterium tuberculosis2015

    • Author(s)
      Toshitaka Matsui, Shusuke Nambu, Masao Ikeda-Saito
    • Organizer
      Pacifichem 2015
    • Place of Presentation
      Sheraton Waikiki (Honolulu, USA)
    • Year and Date
      2015-12-19
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Unique reaction products of IsdG-type heme-degrading enzymes2015

    • Author(s)
      Toshitaka Matsui, Shusuke Nambu, Yukari Ono, Kohei Tsumoto, Masao Ikeda-Saito
    • Organizer
      Pacifichem 2015
    • Place of Presentation
      Hawaii convention center (Honolulu, USA)
    • Year and Date
      2015-12-16
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 異種機能の融合による特殊なヘム分解機構2015

    • Author(s)
      松井敏高, 齋藤正男
    • Organizer
      第9回バイオ関連化学シンポジウム
    • Place of Presentation
      熊本大学工学部(熊本市)
    • Year and Date
      2015-09-10
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
  • [Presentation] ヘムの色んな壊し方2015

    • Author(s)
      松井敏高
    • Organizer
      北大・構造化学セミナー “New Frontier of Biostructural Chemistry in Hokkaido University”
    • Place of Presentation
      北海道大学理学部(札幌市)
    • Year and Date
      2015-08-22
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] Unusual oxygenation mechanism of MhuD, a heme degrading enzyme from Mycobacterium tuberculosis2015

    • Author(s)
      Toshitaka Matsui, Shusuke Nambu, Masao Ikeda-Saito
    • Organizer
      "Metals in Biology" in Wako
    • Place of Presentation
      理研・鈴木梅太郎記念ホール(埼玉県・和光市)
    • Year and Date
      2015-06-16
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 結核菌MhuDによる特殊な酸素添加反応2015

    • Author(s)
      松井 敏高, 南部 周介, 齋藤 正男
    • Organizer
      第42回生体分子科学討論会
    • Place of Presentation
      高崎シティーギャラリー(群馬県・高崎市)
    • Year and Date
      2015-06-12
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
  • [Remarks] 東北大学プレスリリース

    • URL

      http://www.tohoku.ac.jp/japanese/2016/03/press20160330-01.html

    • Related Report
      2015 Annual Research Report

URL: 

Published: 2015-04-16   Modified: 2022-01-27  

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