転写産物の高精細プロファイリングによる転写と転写後プロセシングの共役機構の解明
Publicly Offered Research
| Project Area | Integral understanding of the mechanism of transcription cycle through quantitative, high-resolution approaches |
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| Project/Area Number |
15H01350
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Review Section |
Biological Sciences
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| Research Institution | Tokyo Medical and Dental University |
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Principal Investigator |
黒柳 秀人 東京医科歯科大学, 難治疾患研究所, 准教授 (30323702)
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| Project Period (FY) |
2015-04-01 – 2017-03-31
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2016)
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| Budget Amount *help |
¥11,700,000 (Direct Cost: ¥9,000,000、Indirect Cost: ¥2,700,000)
Fiscal Year 2016: ¥5,850,000 (Direct Cost: ¥4,500,000、Indirect Cost: ¥1,350,000)
Fiscal Year 2015: ¥5,850,000 (Direct Cost: ¥4,500,000、Indirect Cost: ¥1,350,000)
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| Keywords | 転写 / 新生RNA / 線虫 / 核質 / クロマチン / mRNAプロセシング / 遺伝子発現 / mRNA前駆体 / RNAプロセシング / 細胞分画 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
1．本研究課題では、多細胞モデル生物のmRNA前駆体が核内で転写され、転写後プロセシングを経て成熟mRNAとして細胞質へ到達する動的成熟過程を高精細にゲノムワイドで明らかにすること、および転写サイクルとプロセシングの共役における新奇の制御因子LST-3の機能ならびに転写速度の影響を個体レベルで解明することを目的としていた。前者については、線虫の新生を4-チオウリジンで代謝標識してクロマチン画分から経時的に抽出・精製し、新学術領域研究「先進ゲノム支援」の支援を受けてRNAseq解析を行い、さらにバイオインフォマティクス解析を行って、イントロンが除去される速度や順序についてゲノムワイドな情報を得た。後者については、lst-3変異体でのLST-3とRNAポリメラーゼIIのクロマチン免疫沈降―大規模シーケンス（ChIP-seq）解析を行い、発現遺伝子のプロモーター領域にLST-3が結合することが明らかとなった。さらに、lst-3変異体における修飾ヒストンに対する抗体を用いたChIP-seq解析も行い、現在詳細を解析、検証中である。これとは別に、lst-3変異体とは逆に相互排他的選択的エクソンが排除されやすくなる変異体について変異遺伝子の探索を行い、哺乳類で転写伸長の制御に関わると報告されている因子の相同遺伝子tcer-1を同定した。そしてTCER-1タンパク質に対する抗体を作製し、ChIP-seq解析を行い、解析を進めている。
２．線虫のトロポミオシンをコードするlev-11遺伝子のスプライスバリアントを詳細に解析し、エクソン7aを含む新たなアイソフォームとしてLEV-11Oを同定し、頭部体壁筋でのみ発現することを報告した。
３．線虫のmRNAプロセシング制御についての総説を発表した。
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| Research Progress Status |
28年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
28年度が最終年度であるため、記入しない。
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Report
(2 results)
Research Products
(19 results)
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[Journal Article] Phosphorylation of the RSRSP stretch is critical for splicing regulation by RNA-Binding Motif Protein 20 (RBM20) through nuclear localization2018
Author(s)
Rie Murayama, Mariko Kimura-Asami, Marina Togo-Ohno, Yumiko Yamasaki-Kato, Taeko K. Naruse, Takeshi Yamamoto, Takeharu Hayashi, Tomohiko Ai, Katherine G. Spoonamore, Richard J. Kovacs, Matteo Vatta, Mai Iizuka, Masumi Saito, Shotaro Wani, Yuichi Hiraoka, Akinori Kimura & Hidehito Kuroyanagi
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Journal Title
Scientific Reports
Volume: 印刷中
Issue: 1
Pages: 8970-8983
DOI
NAID
Related Report
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
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[Book] 遺伝子発現制御機構2017
Author(s)
田村隆明、浦聖惠（編）
Total Pages
264
Publisher
東京化学同人
ISBN
9784807909179
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