非コードRNAとの結合を介したMediator複合体による転写制御機構の解明
Publicly Offered Research
| Project Area | Neo-taxonomy of noncoding RNAs |
|---|
| Project/Area Number |
15H01471
|
|---|
| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)
|
| Allocation Type | Single-year Grants |
|---|
| Review Section |
Biological Sciences
|
|---|
| Research Institution | Osaka University |
|---|
Principal Investigator |
河原 行郎 大阪大学, 医学系研究科, 教授 (80542563)
|
|---|
| Project Period (FY) |
2015-04-01 – 2017-03-31
|
| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2016)
|
| Budget Amount *help |
¥9,360,000 (Direct Cost: ¥7,200,000、Indirect Cost: ¥2,160,000)
Fiscal Year 2016: ¥4,680,000 (Direct Cost: ¥3,600,000、Indirect Cost: ¥1,080,000)
Fiscal Year 2015: ¥4,680,000 (Direct Cost: ¥3,600,000、Indirect Cost: ¥1,080,000)
|
|---|
| Keywords | 転写 / 非コードRNA / 精神遅滞 / 子宮筋腫 / RNA代謝 |
|---|
| Outline of Annual Research Achievements |
Mediatorの転写時における役割を明らかにするため、昨年度に引き続き、サブユニットに結合するRNAの同定を試みた。MED13およびMED13LにPIWIモジュールがあることから、これら二つを標的タンパク質としてPAR-CLIP法を実施した。その結果、内在タンパク質を標的とした手法は、よい市販の抗体が得られず断念したが、Haloタグを付加したものではライブラリーの作成に成功した。特にMED13Lに結合するRNAが強く検出された。これをNGSによるシーケンス解析した結果、結合RNAの主要なものはtRNAであり、他にも細胞質中にあるRNAが大多数を占めていた。MED13を含めたMediator複合体は通常は核に局在していることから、細胞質中でtRNAと結合している意義については現在解析中である。一方、通常のPAR-CLIP法のプロトコールでは、核内でクロマチンと結合したRNAおよびMediator複合体を回収できていない可能性が考えられた。このため、核膜を完全に溶解する改変法を確立すべく条件検討を重ねた。その結果、細胞溶解液の塩濃度を高くすると、PAR-CLIP法で回収できるRNA量が格段に増えることを見出した。このため、この改変プロトコールでMED13Lに対してPAR-CLIPを行い、NGSでシーケンス解析を行った。現在、その性状について解析中であるが、主要なものはncRNAおよびlong ncRNAとなったことから、核内の結合RNAを回収できたものと考えている。今後その内容から生理的意義について予測をたて、実際に検証する実験を行う予定である。
|
| Research Progress Status |
28年度が最終年度であるため、記入しない。
|
| Strategy for Future Research Activity |
28年度が最終年度であるため、記入しない。
|
Report
(2 results)
Research Products
(10 results)
-
[Journal Article] CAPS1 RNA Editing Promotes Dense Core Vesicle Exocytosis.2016
Author(s)
Miyake K, Ohta T, Nakayama H, Doe N, Terao Y, Oiki E, Nagatomo I, Yamashita Y, Abe T, Nishikura K, Kumanogoh A, Hashimoto K, Kawahara Y.
-
Journal Title
Cell Reports
Volume: 17
Issue: 8
Pages: 2004-2014
DOI
Related Report
Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
-
-
-
-
-
[Presentation] CAPS1 RNA Editing Promotes Dense Core Vesicle Exocytosis.2017
Author(s)
Miyake K, Ohta T, Nakayama H, Doe N, Terao Y, Oiki E, Nagatomo I, Yamashita Y, Abe T, Nishikura K, Kumanogoh A, Hashimoto K, Kawahara Y.
Organizer
Gordon Research Conference on RNA editing
Place of Presentation
Ventura, CA, USA
Year and Date
2017-03-11
Related Report
Int'l Joint Research
-
-
-
-
