Publicly Offered Research
Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)
ATPの加水分解/合成と，分子内部の γ サブユニットの回転を共役させる分子モーターであるF1-ATPaseの化学反応と力学反応の共役について，29年度は，28年度に引き続きEMアルゴリズム（expectation and maximization algorithm）を用いるポテンシャル推定のプログラムの改良を行った．前年度までに計算シミュレーションで作ったデータに関しては良好な結果が得られていたがノイズを含んだ実測データについては収束性が悪かった.これに対して，ノイズの少ないきれいな実験データを使うことと，計算を終了するタイミングの選び方でおおむね満足のゆく結果が得られるようになった．また，回転のトラジェクトリから一回転あたりに散逸するエネルギーの推定を行った．以前はHarada-Sasa等式を行い，これがATPの加水分解自由エネルギーからの計算と一致する結果が得られていたが，詳細釣り合いを用いる方法と，力の積分を用いる方法を用いたところ，両者ともATPの加水分解自由エネルギー差からの計算値より低めの値が出るという結果になった．これは形式的には拡散係数を求める計算に入る温度に温度計が示す温度ではなく，有効温度を用いるべきことを示唆している．この有効温度が必要になる理由の一つとして，拡散係数を測定する実験の時間分解能が十分でないことが考えられたため，実際に時間分解能を上げたデータと温度計が示す温度から拡散係数を計算したところATPの加水分解自由エネルギー差からの計算結果との一致性が向上した．現在，他の要因も含めて検討中である．その他に，理化学研究所の杉田博士の研究室との共同研究で，糖鎖の構造に関する分子動力学研究についての論文を出すことができ，中央大学の芳賀博士との共同研究研究で赤外レーザー光を用いて基盤表面にパターンを描く方法とその機構についての論文を出すことができた．
29年度が最終年度であるため、記入しない。
All 2018 2017 2016
All Journal Article (3 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results, Peer Reviewed: 2 results, Open Access: 2 results, Acknowledgement Compliant: 1 results) Presentation (7 results)
Scientific Reports
Volume: 8 Issue: 1 Pages: 1644-1644
10.1038/s41598-018-20012-0
ACS Applied Materials & Interfaces
Volume: 9 Issue: 9 Pages: 8413-8419
10.1021/acsami.6b16719
Nature Communications
Volume: 7 Issue: 1 Pages: 13235-13235
10.1038/ncomms13235
