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柔らかな細孔表面をもつタンパク質結晶設計

Publicly Offered Research

Project AreaScience on Function of Soft Molecular Systems by Cooperation of Theory and Experiment
Project/Area Number 16H00827
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Science and Engineering
Research InstitutionTokyo Institute of Technology

Principal Investigator

安部 聡  東京工業大学, 生命理工学院, 助教 (40508595)

Project Period (FY) 2016-04-01 – 2018-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2017)
Budget Amount *help
¥6,760,000 (Direct Cost: ¥5,200,000、Indirect Cost: ¥1,560,000)
Fiscal Year 2017: ¥3,380,000 (Direct Cost: ¥2,600,000、Indirect Cost: ¥780,000)
Fiscal Year 2016: ¥3,380,000 (Direct Cost: ¥2,600,000、Indirect Cost: ¥780,000)
Keywords多角体 / タンパク質結晶 / 金属錯体 / 固体触媒 / タンパク質結晶工学 / 触媒反応 / 細胞内結晶
Outline of Annual Research Achievements

本研究では、タンパク質結晶の固い骨格構造の中にアミノ酸欠損により柔らかな表面構造をもつ細孔空間を構築し、金属錯体複合化による固体触媒の創製を目指した。平成29年度は、細胞内で結晶化する多角体を用い、アミノ酸を3残基欠損した変異体結晶にPd(allyl)錯体を固定化した複合体の構築と結晶構造解析、触媒反応への応用を試みた。
多角体単量体の分子界面に位置するアミノ酸3残基を欠損した変異体結晶と野生型の多角体結晶に50mM Pd(allyl)錯体をアセトニトリル溶液で24時間37度で反応させ、固定化した。ICP-MSと結晶サイズを測定することにより、多角体タンパク質あたりPd錯体の結合数を検討したところ、野生型では6.9個、変異体では5.1個のPd錯体が固定化されていた。複合体結晶のSEM-EDX測定では、Pd錯体は結晶全体に分布していることが示された。次に合成した複合体の結晶構造解析をSPring-8 BL32XUでマイクロビームの照射により行った結果、Pd錯体の固定化前後で全体構造は変化しないことがわかった。また、野生型、変異体ともPd錯体に対応する電子密度が観測され、多角体結晶のヒスチジンやシステインにPd錯体は結合することがわかった。また、変異体結晶では、分子間に位置するアミノ酸の電子密度がディスオーダーして構造が決定できない箇所が多くありPd錯体の固定化により分子間の構造が高く、柔軟性を有していることがわかった。アリルカルバイトの脱保護反応では、変異体が野生型より反応を進行させ、生成物を結晶内に固定化ができることがわかった。変異体の柔軟構造が基質分子の拡散や反応を促進させていると考えられる。

Research Progress Status

29年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

29年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(2 results)
  • 2017 Annual Research Report
  • 2016 Annual Research Report
  • Research Products

    (11 results)

All 2018 2017 2016 Other

All Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 3 results,  Acknowledgement Compliant: 2 results,  Open Access: 1 results) Presentation (7 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 3 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Structure of in cell protein crystals containing organometallic complexes2018

    • Author(s)
      Abe Satoshi、Atsumi Kohei、Yamashita Keitaro、Hirata Kunio、Mori Hajime、Ueno Takafumi
    • Journal Title

      Physical Chemistry Chemical Physics

      Volume: 20 Issue: 5 Pages: 2986-2989

    • DOI

      10.1039/c7cp06651a

    • Related Report
      2017 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Crystal Engineering of Self-Assembled Porous Protein Materials in Living Cells2017

    • Author(s)
      S. Abe, H. Tabe, H. Ijiri, K. Yamashita, K. Hirata, K. Atsumi, T. Shimoi, M. Akai, H. Mori, S. Kitagawa and T. Ueno
    • Journal Title

      ACS Nano

      Volume: 11 Issue: 3 Pages: 2410-2419

    • DOI

      10.1021/acsnano.6b06099

    • Related Report
      2016 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Observation of gold sub-nanocluster nucleation within a crystalline protein cage2017

    • Author(s)
      B. Maity, S. Abe, and T. Ueno
    • Journal Title

      Nat. Commun.

      Volume: 8 Issue: 1 Pages: 14820-14825

    • DOI

      10.1038/ncomms14820

    • Related Report
      2016 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Presentation] Creation of Functional Protein Crystals by in vivo Crystal Engineering2017

    • Author(s)
      安部 聡
    • Organizer
      日本化学会 第97春季年会(2017)若い世代の特別講演会
    • Place of Presentation
      横浜
    • Year and Date
      2017-03-16
    • Related Report
      2016 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 柔らかな細孔空間をもつタンパク質結晶設計2017

    • Author(s)
      安部 聡、厚見晃平、上野隆史
    • Organizer
      第66回高分子討論会
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
  • [Presentation] 細胞内タンパク質結晶の機能創出2017

    • Author(s)
      安部 聡、厚見晃平、笠松誠、三浦晃太郎、上野隆史
    • Organizer
      第11回バイオ関連化学シンポジウム
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
  • [Presentation] 細胞内結晶化反応を利用したタンパク質結晶の機能創成2017

    • Author(s)
      安部 聡
    • Organizer
      新学術領域「柔らかな分子系」第20回ワークショップ
    • Place of Presentation
      東京
    • Related Report
      2016 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] In vivo Crystal Engineering for Catalytic Reactions by Metal Complexes2016

    • Author(s)
      安部 聡、厚見晃平、上野隆史
    • Organizer
      第66回錯体化学討論会
    • Place of Presentation
      福岡
    • Year and Date
      2016-09-10
    • Related Report
      2016 Annual Research Report
  • [Presentation] In vivo Crystal Engineering for Design of Protein Crystals in the Development of Solid Biomaterials2016

    • Author(s)
      Satoshi Abe
    • Organizer
      International Symposium on Pure and Applied Chemistry (ISPAC) 2016
    • Place of Presentation
      Kuching, Malyasia
    • Year and Date
      2016-08-15
    • Related Report
      2016 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 多角体タンパク質の細胞内結晶化と金属集積による触媒構築2016

    • Author(s)
      安部 聡、厚見晃平、森肇、上野隆史
    • Organizer
      第65回高分子年次大会
    • Place of Presentation
      神戸
    • Year and Date
      2016-05-25
    • Related Report
      2016 Annual Research Report
  • [Remarks] 東京工業大学 上野研究室

    • URL

      http://www.ueno.bio.titech.ac.jp/index.html

    • Related Report
      2016 Annual Research Report

URL: 

Published: 2016-04-26   Modified: 2018-12-17  

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