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植物発生・パターン形成に関する数理的研究

Publicly Offered Research

Project AreaMultidimensional Exploration of Logics of Plant Development
Project/Area Number 16H01248
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Biological Sciences
Research InstitutionNational Institute for Basic Biology

Principal Investigator

藤田 浩徳  基礎生物学研究所, 共生システム研究部門, 助教 (10552979)

Project Period (FY) 2016-04-01 – 2018-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2017)
Budget Amount *help
¥9,360,000 (Direct Cost: ¥7,200,000、Indirect Cost: ¥2,160,000)
Fiscal Year 2017: ¥4,680,000 (Direct Cost: ¥3,600,000、Indirect Cost: ¥1,080,000)
Fiscal Year 2016: ¥4,680,000 (Direct Cost: ¥3,600,000、Indirect Cost: ¥1,080,000)
Keywords自己組織的パターン形成 / 数理モデル解析 / 植物発生 / 根系構造制御 / パターン形成 / オーキシン / 花芽原基whorlパターン / オーキシン極性輸送 / 葉序パターン / 花原基whorlパターン形成 / ABCモデル / 数理生物 / 数理モデル
Outline of Annual Research Achievements

植物は土壌中に分布する栄養分を効率良く吸収するために、栄養環境に応答してその根系の構造および形態を大きく変化させる。窒素栄養は、植物にとって必須の栄養素の一つであり、根の成長に大きな影響を与える。例えば、側根の成長は低濃度の硝酸で促進されるのに対し、高濃度では抑制される。しかしながら、このような制御機構がどのようにして適応的に形成・進化してきたのかに関しては、現在ほとんど理解が進んでいない。そこで根の形成・維持にかかるcostと窒素栄養の吸収によるbenefitに基づいた適応度に関する数理モデルの構築および解析を行なった。
最初に、吸収された窒素栄養が全てbenefitに反映される場合、窒素栄養は常に根の成長に対して促進的であることが示唆された。この結果は、低濃度の促進効果をうまく説明できるのに対し、高濃度での抑制効果は説明できない。一方で、benefitに上限を導入することによりその両方の効果をうまく説明できる。このことは、高濃度の過剰な窒素栄養は必ずしも植物にとって有用ではないことが、植物の応答において重要であることを示唆している。
次に、モデルを空間的にheterogeneousな条件に対して拡張を行なうことにより、不均一な窒素栄養に対する植物の応答機構の理解を試みた。モデル解析により、高濃度窒素条件において、systemic(全身的)制御が必要となり、これは根の成長に対し常に抑制的に働くことが示唆された。このモデル予測は、シロイヌナズナ用いたsplit-root実験により支持された。またモデルにより、窒素栄養が空間的に局在するほど、根の成長は促進されることが予測され、この予測も実験的検証により支持された。これらの数理モデル解析の結果は、高濃度窒素によって誘導されるsystemicな制御機構は、過剰な窒素栄養に対する適応として進化してきたことを示唆している。

Research Progress Status

平成29年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

平成29年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(2 results)
  • 2017 Annual Research Report
  • 2016 Annual Research Report
  • Research Products

    (9 results)

All 2019 2018 2017 Other

All Journal Article (1 results) (of which Peer Reviewed: 1 results,  Open Access: 1 results) Presentation (6 results) (of which Invited: 1 results) Remarks (2 results)

  • [Journal Article] Spatial regularity control of phyllotaxis pattern generated by the mutual interaction between auxin and PIN12018

    • Author(s)
      Hironori Fujita, Masayoshi Kawaguchi
    • Journal Title

      PLoS Computational Biology

      Volume: 14(4) Issue: 4 Pages: e1006065-e1006065

    • DOI

      10.1371/journal.pcbi.1006065

    • Related Report
      2017 Annual Research Report 2016 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] 窒素栄養による根系制御の数理モデル解析とその実験的検証2019

    • Author(s)
      藤田浩徳,栂根美佳,川口正代司
    • Organizer
      第60回日本植物生理学会
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
  • [Presentation] 窒素栄養による根の成長制御の数理モデル解析と実験的検証2018

    • Author(s)
      栂根美佳,川口正代司,藤田浩徳
    • Organizer
      日本植物学会第82回大会
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
  • [Presentation] 植物パターン形成の数理モデル解析:実験と数理の共同研究とその周辺2018

    • Author(s)
      藤田浩徳
    • Organizer
      日本植物学会第82回大会
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] Auxin-PIN1相互制御による葉序パターンの空間的規則性の制御2018

    • Author(s)
      藤田浩徳,川口正代司
    • Organizer
      第59回日本植物生理学会
    • Related Report
      2016 Annual Research Report
  • [Presentation] オーキシンパターン形成の数理的解析2017

    • Author(s)
      藤田浩徳,川口正代司
    • Organizer
      日本植物学会第81回大会
    • Related Report
      2016 Annual Research Report
  • [Presentation] Auxin-PIN1相互制御による葉序パターンの空間的規則性の制御2017

    • Author(s)
      藤田浩徳,川口正代司
    • Organizer
      第27回日本数理生物学会
    • Related Report
      2016 Annual Research Report
  • [Remarks] 葉序の規則的パターン形成において新規拡散性因子の存在を予測

    • URL

      http://www.nibb.ac.jp/press/2018/04/04.html

    • Related Report
      2017 Annual Research Report 2016 Annual Research Report
  • [Remarks] 植物数理モデリング

    • URL

      http://www.nibb.ac.jp/miyakohp/asari/htdocs/

    • Related Report
      2017 Annual Research Report 2016 Annual Research Report

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Published: 2016-04-26   Modified: 2019-12-27  

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