Publicly Offered Research
Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)
次の４つの研究課題に取り組んだ。１．ヘテロクロマチン蛋白質HP1によるメチル化ヒストン認識の動構造解析：HP1はヒストンH3K9me3を認識しヘテロクロマチン化に寄与する。本研究では、オープンな高次構造をとるジ・ヌクレオソーム環境下の2量体HP1α及びγの結合モードを解析し、HP1α二量体が、二つのヌクレオソームのH3テールとそれぞれ結合するモードが支配的であることを見出した。このモードを好む理由は、HP1αが有するリンカー領域の３つの塩基モチーフがリンカーDNAと親和性が高い点にあることが分かった。(Watanabeら, Biophys. J. 印刷中)。２．熱揺らぎによるヌクレオソームスライディングの動的分子機構解析：単純塩基配列DNAについては、DNA長軸周りの回転と共役したスライディングが起こった。ヒストン8量体と親和性の高い塩基配列の場合は、回転共役型のスライディングとともに、回転を伴わない10塩基遷移も見られた（Niinaら PLoS Comp. Biol. 2017）。スクリュー型スライディングは、ヒストン周りのDNA1巻き（約10塩基対分）の過渡的な伸長あるいは圧縮を間欠的に形成し、それを伝搬させて進むことが分かった(Brandaniら NAR 2018)。３．ATP依存リモデラーによるヌクレオソームスライディングの動的分子機構解析：多くのリモデラーは、ヌクレオソームのSHL2領域に結合し、ATP依存的にヌクレオソームをスライドさせている。この過程の分子シミュレーションに成功した。４．パイオニア転写因子のヌクレオソームへの結合の動態解析：パイオニア転写因子Oct4は、ヌクレオソーム上の認識配列に結合する。シミュレーションで得られた結合様式は非常に多様であり、主にはOct4の2つのPOUドメインの一方でヌクレオソーム外側に向いたDNA配列を認識した。
29年度が最終年度であるため、記入しない。
All 2018 2017 2016
All Journal Article (9 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results, Peer Reviewed: 9 results, Open Access: 6 results, Acknowledgement Compliant: 3 results) Presentation (16 results) (of which Int'l Joint Research: 7 results, Invited: 11 results)
Nucleic Acids Research
Volume: 46 Issue: 6 Pages: 2788-2801
10.1093/nar/gky158
Journal of Chemical Theory and Computation
Volume: 14 Issue: 3 Pages: 1682-1694
10.1021/acs.jctc.7b00954
Biophysical Journal
Volume: 印刷中
PLOS Computational Biology
Volume: 13 Issue: 9 Pages: e1005748-e1005748
10.1371/journal.pcbi.1005748
Volume: 13 Issue: 12 Pages: e1005880-e1005880
10.1371/journal.pcbi.1005880
Proceedings of the National Academy of Sciences USA
Volume: 113 Issue: 50
10.1073/pnas.1609649113
Scientific Reports
Volume: 6 Issue: 1
10.1038/srep34441
120005850270
J. Am. Chem. Soc.
Volume: 138 Issue: 27 Pages: 8512-8522
10.1021/jacs.6b03729
Biochimica et Biophysica Acta - Bioenergetics
Volume: 1857 Issue: 4 Pages: 332-340
10.1016/j.bbabio.2016.01.007
