Construction of a database of chromosome structural information for the interpretation of genome sequences

Publicly Offered Research

Project Area	Chromosome Orchestration System
Project/Area Number	16H01403
Research Category	Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)
Allocation Type	Single-year Grants
Review Section	Biological Sciences
Research Institution	The University of Tokyo
Principal Investigator	中井謙太東京大学, 医科学研究所, 教授 (60217643)
Project Period (FY)	2016-04-01 – 2018-03-31
Project Status	Completed (Fiscal Year 2017)
Budget Amount *help	¥7,800,000 (Direct Cost: ¥6,000,000、Indirect Cost: ¥1,800,000) Fiscal Year 2017: ¥3,900,000 (Direct Cost: ¥3,000,000、Indirect Cost: ¥900,000) Fiscal Year 2016: ¥3,900,000 (Direct Cost: ¥3,000,000、Indirect Cost: ¥900,000)
Keywords	データベース / ChIP-seqデータ / Hi-Cデータ / CpHメチル化 / 染色体構造 / ゲノム / 発現制御 / エピゲノム / ゲノムブラウザ / クロマチン構造 / 染色体ループ構造 / エンハンサー / DNAメチル化 / データ可視化 / ゲノム生物学
Outline of Annual Research Achievements	前年度に試験的に公開したゲノム配列情報解釈のための染色体構造情報データベースOpenLooperのユーザインタフェースなどを改良し、バグ取りも行って、全体の完成度を高めた。公共データを中心に、各種の生データの蓄積も行った。残念ながら、本新学術領域研究の班員の利用はまだはかばかしくないので、今後は宣伝活動などにも力を入れる必要がある。OpenLooperは、班員だけでなく、誰でも利用可能である（https://openlooper.hgc.jp/）。一方、前年度から並行して行っているDNAのCpHメチル化に関する公共データを用いたゲノム解析に関しては、前年度の実績を論文発表し（Lee et al., Sci. Rep. 2017）、さらにCpHメチル化とCpGメチル化領域のゲノムワイドな相互相関を調べることにより、幹細胞と神経細胞では、その相関に違いがあり、神経細胞においては、CpGメチル化を付近に伴わないCpH独自のメチル化領域が有意に存在し、エキソン領域に多く観察されることを発見した。このことは、神経細胞においては、CpHメチル化が（CpGメチル化の失敗などではなく）独自の機能を果たしていることを強く示唆している（Lee & Nakai, 投稿準備中）、これらの領域とクロマチン構造との関係も興味深く、本領域との関わりの深化が期待される。また、班員の山中総一郎氏（慶応大）の行っているマウスゴノサイトのATAC-seqデータ解析にも協力し、DADと名付けた領域の発見に貢献した（Yamanaka et al., in preparation）。
Research Progress Status	29年度が最終年度であるため、記入しない。
Strategy for Future Research Activity	29年度が最終年度であるため、記入しない。