Cクラス・Mクラスシグネチャーを統合したECM分類によるがん分子病態の解明
Publicly Offered Research
Project Area | Conquering cancer through neo-dimensional systems understanding |
Project/Area Number |
16H01574
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Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)
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Allocation Type | Single-year Grants |
Review Section |
Complex systems
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Research Institution | Okayama University |
Principal Investigator |
冨田 秀太 岡山大学, 医歯薬学総合研究科, 准教授 (10372111)
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Project Period (FY) |
2016-04-01 – 2018-03-31
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Project Status |
Completed (Fiscal Year 2017)
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Budget Amount *help |
¥6,370,000 (Direct Cost: ¥4,900,000、Indirect Cost: ¥1,470,000)
Fiscal Year 2017: ¥3,250,000 (Direct Cost: ¥2,500,000、Indirect Cost: ¥750,000)
Fiscal Year 2016: ¥3,120,000 (Direct Cost: ¥2,400,000、Indirect Cost: ¥720,000)
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Keywords | 次世代シークエンサー / 遺伝子変異プロファイル / 遺伝子発現プロファイル / 生体生命情報学 / ゲノム / 肺がん / 遺伝子変異 / コピー数変化 / 分類 / クラスタリング / 癌 / 機械学習 / 人工知能 |
Outline of Annual Research Achievements |
米国の癌ゲノムアトラス(TCGA)プロジェクトや国際癌ゲノムコンソーシアム(ICGC)の大規模ゲノム解析により、遺伝子変異の割合(M-class)とコピー数変異の割合(C-class)はがん種特異的であり、この情報を踏まえて効率的に情報を統合する事の重要性が明らかになってきた。本研究課題では、網羅的遺伝子発現プロファイル情報(E-class)、C-class(CNV:コピー数変異)とM-class(Mutation:遺伝子変異)の情報を統合したECM分類手法を開発し、新規サブクラスに基づくがん分子病態の解明と、ドラッグリポジショニングを含む治療薬最適化アルゴリズムを患者モデルで検証することを目的としている。研究期間中、がん死亡原因の1位である難治性固形腫瘍の肺がんを対象に、M-classとC-classの割合が50%ずつであり、分子標的薬の開発が先行している肺腺がん(LUAD)を用いて遺伝子変異情報を主体にしたMEC/MCEモデルの構築手法を検討した。 当該研究では、KRAS陽性LUADにおいては、MEK阻害剤に対する耐性獲得メカニズムが上皮間葉転換(Epithelial to mesenchymal transition; EMT)を指標にして異なること、また、非小細胞肺癌細胞株34株を用いた解析により、EMTとmiR-200cおよびLIN28Bの発現パターンが相関することを示しており、M-classとEMTに関連するE-classの関連性を明らかにしてきた。 当該年度の検討では、第3世代EGFR阻害剤に対する耐性獲得メカニズムの解明を目的に、RNA-Seqを用いたKinase関連遺伝子発現プロファイルの解析を実施するとともに、リン酸化アレイの解析からMETやNRAS遺伝子の増幅の増幅を見出し、MEK阻害剤と第3世代EGFR阻害剤との併用療法を検討した。
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Research Progress Status |
29年度が最終年度であるため、記入しない。
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Strategy for Future Research Activity |
29年度が最終年度であるため、記入しない。
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Report
(2 results)
Research Products
(16 results)
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[Journal Article] Tumor Immune Microenvironment and Nivolumab Efficacy in EGFR Mutation-Positive Non-Small Cell Lung Cancer Based on T790M Status After Disease Progression During EGFR-TKI Treatment2017
Author(s)
K. Haratani, H. Hayashi*, T. Tanaka, H. Kaneda, Y. Togashi, K. Sakai, K. Hayashi, S. Tomida, Y. Chiba, K. Yonesaka, Y. Nonagase, T. Takahama, J. Tanizaki, K. Tanaka, T. Yoshida, K. Tanimura, M. Takeda, H. Yoshioka, T. Ishida, T. Mitsudomi, K. Nishio and K. Nakagawa
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Journal Title
Annals of Oncology
Volume: in press
Issue: 7
Pages: 1532-1539
DOI
Related Report
Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
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[Journal Article] Optimal method for quantitative detection of plasma EGFR T790M mutation using droplet digital PCR system.2017
Author(s)
Suzawa K, Yamamoto H, Ohashi K, Hashida S, Tomida S, Kubo T, Maki Y, Soh J, Tsukuda K, Kiura K, Miyoshi S, Toyooka S.
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Journal Title
Oncol Rep.
Volume: 37
Issue: 5
Pages: 3100-3106
DOI
Related Report
Peer Reviewed
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[Journal Article] Yes1 signaling mediates the resistance to Trastuzumab/Lap atinib in breast cancer.2017
Author(s)
Takeda T, Yamamoto H, Kanzaki H, Suzawa K, Yoshioka T, Tomida S, Cui X, Murali R, Namba K, Sato H, Torigoe H, Watanabe M, Shien K, Soh J, Asano H, Tsukuda K, Kitamura Y, Miyoshi S, Sendo T, Toyooka S.
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Journal Title
PLoS One.
Volume: 12
Issue: 2
Pages: e0171356-e0171356
DOI
Related Report
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Targeting the miR-200c/LIN28B axis in acquired EGFR-TKI resistance non-small cell lung cancer cells harboring EMT features.2017
Author(s)
Sato H, Shien K, Tomida S, Okayasu K, Suzawa K, Hashida S, Torigoe H, Watanabe M, Yamamoto H, Soh J, Asano H, Tsukuda K, Miyoshi S, Toyooka S.
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Journal Title
Sci Rep.
Volume: 7
Issue: 1
Pages: 40847-40847
DOI
Related Report
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Distant Bystander Effect of REIC/DKK3 Gene Therapy Through Immune System Stimulation in Thoracic Malignancies.2017
Author(s)
Suzawa K, Shien K, Peng H, Sakaguchi M, Watanabe M, Hashida S, Maki Y, Yamamoto H, Tomida S, Soh J, Asano H, Tsukuda K, Nasu Y, Kumon H, Miyoshi S, Toyooka S.
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Journal Title
Anticancer Res.
Volume: 37
Pages: 301-307
Related Report
Peer Reviewed
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[Journal Article] Interaction of cytokeratin 19 head domain and HER2 in the cytoplasm leads to activation of HER2-Erk pathway.2016
Author(s)
Ohtsuka T, Sakaguchi M, Yamamoto H, Tomida S, Takata K, Shien K, Hashida S, Miyata-Takata T, Watanabe M, Suzawa K, Soh J, Youyi C, Sato H, Namba K, Torigoe H, Tsukuda K, Yoshino T, Miyoshi S, Toyooka S.
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Journal Title
Sci Rep.
Volume: 6
Issue: 1
Pages: 39557-39557
DOI
Related Report
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Active Secretion of Dimerized S100A11 Induced by the Peroxisome in Mesothelioma Cells.2016
Author(s)
Saho S, Satoh H, Kondo E, Inoue Y, Yamauchi A, Murata H, Kinoshita R, Yamamoto KI, Futami J, Putranto EW, Ruma IM, Sumardika IW, Youyi C, Suzawa K, Yamamoto H, Soh J, Tomida S, Sakaguchi Y, Saito K, Iioka H, Huh NH, Toyooka S, Sakaguchi M.
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Journal Title
Cancer Microenviron.
Volume: 9
Issue: 2-3
Pages: 93-105
DOI
Related Report
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
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[Journal Article] MEK inhibitors against MET-amplified non-small cell lung cancer.2016
Author(s)
Chiba M, Togashi Y, Tomida S, Mizuuchi H, Nakamura Y, Banno E, Hayashi H, Terashima M, De Velasco MA, Sakai K, Fujita Y, Mitsudomi T, Nishio K.
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Journal Title
Int J Oncol.
Volume: 49
Issue: 6
Pages: 2236-2244
DOI
Related Report
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
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[Journal Article] Afatinib against Esophageal or Head-and-Neck Squamous Cell Carcinoma: Significance of Activating Oncogenic HER4 Mutations in HNSCC.2016
Author(s)
Nakamura Y, Togashi Y, Nakahara H, Tomida S, Banno E, Terashima M, Hayashi H, de Velasco MA, Sakai K, Fujita Y, Okegawa T, Nutahara K, Hamada S, Nishio K.
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Journal Title
Mol Cancer Ther.
Volume: 15
Issue: 8
Pages: 1988-1997
DOI
Related Report
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
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