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Unravelling the function of primitive life traced by molecular evolution of energy conservation system

Publicly Offered Research

Project AreaHadean Bioscience
Project/Area Number 17H05239
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Science and Engineering
Research InstitutionNational Institute of Advanced Industrial Science and Technology

Principal Investigator

成廣 隆  国立研究開発法人産業技術総合研究所, 生命工学領域, 主任研究員 (20421844)

Project Period (FY) 2017-04-01 – 2019-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2018)
Budget Amount *help
¥7,930,000 (Direct Cost: ¥6,100,000、Indirect Cost: ¥1,830,000)
Fiscal Year 2018: ¥4,030,000 (Direct Cost: ¥3,100,000、Indirect Cost: ¥930,000)
Fiscal Year 2017: ¥3,900,000 (Direct Cost: ¥3,000,000、Indirect Cost: ¥900,000)
Keywords微生物 / 分子進化 / ゲノム / メタン生成 / ヒドロゲナーゼ / 微生物ゲノム / 微生物代謝 / 進化 / メタゲノム
Outline of Annual Research Achievements

これまでに純粋分離されている約15,000種の原核生物(バクテリアおよびアーキア)は、地球上に存在する無機化合物、有機化合物、ガス状物質、光エネルギー等を原資として、棲息環境に適応した多様な代謝機能を運用することで生命活動を維持している。生命が有する代謝経路の実体は、脱水素酵素や酸化還元酵素などの様々な酵素が触媒する化学反応の連続であるが、その要所要所で熱力学的にエネルギーを必要とする反応の進行を支えているのが「エネルギー保存システム」である。本研究課題では、我々が培ってきたオミクス技術を駆使することで、現存するエネルギー保存システムがどのような進化を辿ってきたのか? 冥王代に誕生した原始生命が確立した最初のエネルギー保存システムはどのようなものだったのか? 始原的なエネルギー保存システムが関与する代謝機能とはいったい何だったのか? といった疑問を解明することを目的としている。昨年度は、エネルギー保存システムのうち、活性中心の金属分子にニッケルと鉄を有する[NiFe]ヒドロゲナーゼの一群の活性中心サブユニットやNADH結合サブユニット、それらに付随するプロトン輸送サブユニットを解析の対象とした。その結果、[NiFe]ヒドロゲナーゼの活性中心サブユニットの系統は、大きく分けて(1)プロトン還元-フェレドキシン依存型、(2) NADH/キノン依存型、(3)双方向/水素酸化型、(4)エネルギー保存型ヒドロゲナーゼ類縁複合体の4つのグループに別れることが示された。今年度は、ギ酸デヒドロゲナーゼ、硝酸レダクターゼ、ホルミルメタノフランデヒドロゲナーゼ等の酸化還元酵素の活性部位を標的とした系統解析を実施し、原始的代謝経路の一つであると考えられているメタン生成経路と、それらに必須のエネルギー保存システムの進化を考察した。

Research Progress Status

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(2 results)
  • 2018 Annual Research Report
  • 2017 Annual Research Report
  • Research Products

    (8 results)

All 2018 2017 Other

All Int'l Joint Research (2 results) Journal Article (2 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 2 results,  Open Access: 1 results) Presentation (4 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results)

  • [Int'l Joint Research] Wageningen University & Research(オランダ)

    • Related Report
      2018 Annual Research Report
  • [Int'l Joint Research] University of Illinois(米国)

    • Related Report
      2018 Annual Research Report
  • [Journal Article] Novel energy conservation strategies and behaviour of Pelotomaculum schinkii driving syntrophic propionate catabolism2018

    • Author(s)
      Hidalgo‐Ahumada Catalina A. P.、Nobu Masaru K.、Narihiro Takashi、Tamaki Hideyuki、Liu Wen‐Tso、Kamagata Yoichi、Stams Alfons J M、Imachi Hiroyuki、Sousa Diana Z
    • Journal Title

      Environmental Microbiology

      Volume: 20 Issue: 12 Pages: 4503-4511

    • DOI

      10.1111/1462-2920.14388

    • Related Report
      2018 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Draft Genome Sequence of Moorella sp. Strain Hama-1, a Novel Acetogenic Bacterium Isolated from a Thermophilic Digestion Reactor2018

    • Author(s)
      Harada Jun、Yamada Takeshi、Giri Surya、Hamada Masako、Nobu Masaru K.、Narihiro Takashi、Tsuji Hideto、Daimon Hiroyuki
    • Journal Title

      Genome Announcements

      Volume: 6 Issue: 24

    • DOI

      10.1128/genomea.00517-18

    • Related Report
      2018 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] Deciphering the function of primitive life traced by molecular evolution of energy conservation systems2018

    • Author(s)
      Narihiro T., Nobu M.K., Tamaki H.
    • Organizer
      Hadean Bioscience International Symposium 2018
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] エネルギー保存システムの分子進化で辿る原始生命の機能解明2017

    • Author(s)
      成廣 隆, NOBU MASARU KONISHI, 玉木 秀幸
    • Organizer
      冥王代生命学の創成・平成29年度キックオフワークショップ
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
  • [Presentation] エネルギー保存システムの分子進化で辿る原始生命の機能解明2017

    • Author(s)
      成廣 隆, NOBU MASARU KONISHI, 玉木 秀幸
    • Organizer
      冥王代生命学の創成・平成29年度 白馬ワークショップ
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
  • [Presentation] エネルギー保存システムの分子進化で辿る原始生命の機能解明2017

    • Author(s)
      成廣 隆, NOBU MASARU KONISHI, 玉木 秀幸
    • Organizer
      冥王代生命学の創成・平成29年度 遺伝研ワークショップ
    • Related Report
      2017 Annual Research Report

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Published: 2017-04-28   Modified: 2019-12-27  

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