Roles of orphan CLIPed-ncRNA operating elements in the nervous system
Publicly Offered Research
| Project Area | Neo-taxonomy of noncoding RNAs |
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| Project/Area Number |
17H05598
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Review Section |
Biological Sciences
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| Research Institution | Niigata University |
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Principal Investigator |
矢野 真人 新潟大学, 医歯学系, 准教授 (20445414)
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| Project Period (FY) |
2017-04-01 – 2019-03-31
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2018)
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| Budget Amount *help |
¥8,060,000 (Direct Cost: ¥6,200,000、Indirect Cost: ¥1,860,000)
Fiscal Year 2018: ¥4,030,000 (Direct Cost: ¥3,100,000、Indirect Cost: ¥930,000)
Fiscal Year 2017: ¥4,030,000 (Direct Cost: ¥3,100,000、Indirect Cost: ¥930,000)
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| Keywords | RNA結合蛋白質 / HITS-CLIP / 神経幹細胞 / 選択的スプライシング / 非コードRNA |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究課題にて、マウス胎生期脳内において神経幹細胞に限局した発現パターンを有するRNA結合蛋白質Qki5に着目した解析を行った。神経幹細胞におけるHITS-CLIP解析により、Qki5の結合するRNA部位をトランスクリプトームワイドに同定することで、Qki5のRNA作動部位は、遺伝子中のイントロン配列と遺伝子間に存在する非コードRNA領域に二分されていることが分かった。Qk遺伝子をノックダウンした神経幹細胞におけるRNAシークエンス解析との統合解析させた結果、Qki5が結合するイントロン領域では、選択的スプライシングエクソンに対し、3モードのRNAプロセシングの機能ルールを示すことを見出した。さらに神経幹細胞におけるQki5の生理機能に関しては、HITS-CLIP解析により同定したQki5の標的892遺伝子に対し、KEGG解析を実施することで、細胞間接着や細胞極性に関わるベータカテニン分子経路の異常を見出した。Qk遺伝子の神経幹細胞におけるコンディショナル欠損マウスを用いた生化学的解析により、このベータカンテンシグナルに関わる３つの重要なスプライシング異常を見出すとともに、組織学的解析により、神経幹細胞の極性や細胞間接着異常の予測の実証に成功することができた。一方で、Qki5のRNA結合部位には、選択的スプライシング機能ルールで説明不能な機能未知のオーファンHITS-CLIPクラスターが、イントロン領域、インタージェニック領域にも存在する。これらを追跡することで、3つの非コードRNAクラスである、イントロン性miRNA、環状RNA、長鎖型非コードRNAであるDOGの生合成と制御機構とその作動エレメントの同定を目指した解析を実施している。今後は、このQki5結合部位を指標としたアンチセンス核酸を用いた非コードRNAの制御についても追求していく予定である。
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| Research Progress Status |
平成30年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
平成30年度が最終年度であるため、記入しない。
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Report
(2 results)
Research Products
(16 results)
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[Presentation] An RNA-binding protein, Qki5, regulates embryonic neural stem cells through pre-mRNA processing in cell adhesion signaling2018
Author(s)
Yoshika Yano, Satoshi Suyama, Masahiro Nogami, Masato Yugami, Ikuko Koya, Takako Furukawa, Li Zhou, Manabu Abe, Kenji Sakimura, Hirohide Takebayashi, Atsushi Nakanishi, Hideyuki Okano, Masato Yano
Organizer
第８回新潟大学脳研究所共同研究拠点国際シンポジウム ポスター発表
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Organizer
第41回日本神経科学大会 ポスター
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