lncRNA-mRNAの相互作用ネットワークに基づくlncRNAの機能推定
Publicly Offered Research
| Project Area | Neo-taxonomy of noncoding RNAs |
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| Project/Area Number |
17H05605
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Review Section |
Biological Sciences
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
福永 津嵩 東京大学, 大学院情報理工学系研究科, 助教 (80791433)
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| Project Period (FY) |
2017-04-01 – 2019-03-31
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2018)
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| Budget Amount *help |
¥7,800,000 (Direct Cost: ¥6,000,000、Indirect Cost: ¥1,800,000)
Fiscal Year 2018: ¥3,900,000 (Direct Cost: ¥3,000,000、Indirect Cost: ¥900,000)
Fiscal Year 2017: ¥3,900,000 (Direct Cost: ¥3,000,000、Indirect Cost: ¥900,000)
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| Keywords | lncRNA / アルゴリズム / データベース |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究の目的は、申請者が開発した超高速RNA-RNA相互作用予測ソフトウェアRIblastを用いて、機能未知の長鎖非翻訳RNA(lncRNA)の機能を情報科学的に推定することである。本年度の研究成果は次の通りである。(1) ヒト及びマウスのlncRNA-mRNA間の相互作用をRIblastを用いて網羅的に 予測した結果を組織特異的発現データ及び細胞内局在データと統合したデータベースであるLncRRISearchについて、論文発表を行った。(Fukunaga et al. Frontiers in Genetics, 10, 462, (2019))(2) RIblastは現在でも世界最高速度のソフトウェアであるがpre-mRNAの相互作用予測を行いたい場合などにはらなる高速化が必要である。そこで、logやexpの近似計算法の導入および相互作用伸長時における枝刈りヒューリスティクスの導入により、精度を保持した状態でRIblastを２倍高速化する事に成功した。(3)ロチェスター医科大学のChang研究室らとの共同研究により、RIblastによる相互作用解析と遺伝子共発現解析を組み合わせることで、腎細胞がんの進行に関与するlncRNAであるlncTASR/AXLを同定した。本研究はすでに論文発表済みである(Shi et al. Oncogene, 39, 530-545, (2020))。
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| Research Progress Status |
平成30年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
平成30年度が最終年度であるため、記入しない。
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Report
(2 results)
Research Products
(8 results)
