lncRNA-mRNAの相互作用ネットワークに基づくlncRNAの機能推定

• Project Area: Neo-taxonomy of noncoding RNAs
• Project/Area Number: 17H05605
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)
• Allocation Type: Single-year Grants
• Review Section: Biological Sciences
• Research Institution: The University of Tokyo
• Principal Investigator: 福永 津嵩 東京大学, 大学院情報理工学系研究科, 助教 (80791433)
• Project Period (FY): 2017-04-01 – 2019-03-31
• Project Status: Completed (Fiscal Year 2018)
• Budget Amount: ¥7,800,000 (Direct Cost: ¥6,000,000、Indirect Cost: ¥1,800,000); Fiscal Year 2018: ¥3,900,000 (Direct Cost: ¥3,000,000、Indirect Cost: ¥900,000); Fiscal Year 2017: ¥3,900,000 (Direct Cost: ¥3,000,000、Indirect Cost: ¥900,000)
• Keywords: lncRNA / アルゴリズム / データベース

Outline of Annual Research Achievements

本研究の目的は、申請者が開発した超高速RNA-RNA相互作用予測ソフトウェアRIblastを用いて、機能未知の長鎖非翻訳RNA(lncRNA)の機能を情報科学的に推定することである。本年度の研究成果は次の通りである。(1) ヒト及びマウスのlncRNA-mRNA間の相互作用をRIblastを用いて網羅的に 予測した結果を組織特異的発現データ及び細胞内局在データと統合したデータベースであるLncRRISearchについて、論文発表を行った。(Fukunaga et al. Frontiers in Genetics, 10, 462, (2019))(2) RIblastは現在でも世界最高速度のソフトウェアであるがpre-mRNAの相互作用予測を行いたい場合などにはらなる高速化が必要である。そこで、logやexpの近似計算法の導入および相互作用伸長時における枝刈りヒューリスティクスの導入により、精度を保持した状態でRIblastを２倍高速化する事に成功した。(3)ロチェスター医科大学のChang研究室らとの共同研究により、RIblastによる相互作用解析と遺伝子共発現解析を組み合わせることで、腎細胞がんの進行に関与するlncRNAであるlncTASR/AXLを同定した。本研究はすでに論文発表済みである(Shi et al. Oncogene, 39, 530-545, (2020))。

Research Progress Status

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。

Research Products

• [Journal Article] Targeting the TR4 nuclear receptor-mediated lncTASR/AXL signaling with Tretinoin increases the Sunitnib sensitivity to better suppress the RCC progression (2020)
  • Author(s): Hangchuan Shi, Yin Sun, Miao He, Xiong Yang, Michiaki Hamada, Tsukasa Fukunaga, Xiaoping Zhang and Chawnshang Chang.
  • Journal Title: Oncogene Volume: 39 Issue: 3 Pages: 530-545
  • DOI: 10.1038/s41388-019-0962-8
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] LncRRIsearch: a web server for lncRNA-RNA interaction prediction integrated with tissue-specific expression and subcellular localization data (2019)
  • Author(s): Tsukasa Fukunaga, Junichi Iwakiri, Yukiteru Ono and Michiaki Hamada
  • Journal Title: Front. Genet. Volume: - Pages: 462-462
  • DOI: 10.3389/fgene.2019.00462
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] A Novel Method for Assessing the Statistical Significance of RNA-RNA Interactions Between Two Long RNAs (2018)
  • Author(s): Fukunaga Tsukasa、Hamada Michiaki
  • Journal Title: Journal of Computational Biology Volume: 25 Issue: 9 Pages: 976-986
  • DOI: 10.1089/cmb.2017.0260
  • Peer Reviewed
• [Presentation] RNA相互作用解析のためのバイオインフォマティクスソフトウェア開発 (2019)
  • Author(s): 福永 津嵩
  • Organizer: RNAフロンティアミーティング2019
• [Presentation] lncRNA-mRNAの網羅的相互作用予測へ向けた高速なRNA-RNA相互作用予測ソフトウェアRIblastの開発 (2017)
  • Author(s): 福永津嵩、浜田道昭
  • Organizer: 第19回日本RNA学会年会
• [Presentation] RIblast: An ultrafast RNA-RNA interaction prediction system based on a seed-and-extension approach. (2017)
  • Author(s): 福永津嵩、浜田道昭
  • Organizer: 第６回生命医薬情報学連合大会
• [Presentation] ヒトlncRNA-RNAの網羅的相互作用予測及びデータベースの構築 (2017)
  • Author(s): 福永 津嵩、岩切 淳一、小野 幸輝、浜田 道昭
  • Organizer: 第五回NGS現場の会
• [Remarks] LncRRIsearch
  • URL: http://rtools.cbrc.jp/LncRRIsearch/