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lncRNA-mRNAの相互作用ネットワークに基づくlncRNAの機能推定

Publicly Offered Research

Project AreaNeo-taxonomy of noncoding RNAs
Project/Area Number 17H05605
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Biological Sciences
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

福永 津嵩  東京大学, 大学院情報理工学系研究科, 助教 (80791433)

Project Period (FY) 2017-04-01 – 2019-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2018)
Budget Amount *help
¥7,800,000 (Direct Cost: ¥6,000,000、Indirect Cost: ¥1,800,000)
Fiscal Year 2018: ¥3,900,000 (Direct Cost: ¥3,000,000、Indirect Cost: ¥900,000)
Fiscal Year 2017: ¥3,900,000 (Direct Cost: ¥3,000,000、Indirect Cost: ¥900,000)
KeywordslncRNA / アルゴリズム / データベース
Outline of Annual Research Achievements

本研究の目的は、申請者が開発した超高速RNA-RNA相互作用予測ソフトウェアRIblastを用いて、機能未知の長鎖非翻訳RNA(lncRNA)の機能を情報科学的に推定することである。本年度の研究成果は次の通りである。(1) ヒト及びマウスのlncRNA-mRNA間の相互作用をRIblastを用いて網羅的に 予測した結果を組織特異的発現データ及び細胞内局在データと統合したデータベースであるLncRRISearchについて、論文発表を行った。(Fukunaga et al. Frontiers in Genetics, 10, 462, (2019))(2) RIblastは現在でも世界最高速度のソフトウェアであるがpre-mRNAの相互作用予測を行いたい場合などにはらなる高速化が必要である。そこで、logやexpの近似計算法の導入および相互作用伸長時における枝刈りヒューリスティクスの導入により、精度を保持した状態でRIblastを2倍高速化する事に成功した。(3)ロチェスター医科大学のChang研究室らとの共同研究により、RIblastによる相互作用解析と遺伝子共発現解析を組み合わせることで、腎細胞がんの進行に関与するlncRNAであるlncTASR/AXLを同定した。本研究はすでに論文発表済みである(Shi et al. Oncogene, 39, 530-545, (2020))。

Research Progress Status

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(2 results)
  • 2018 Annual Research Report
  • 2017 Annual Research Report
  • Research Products

    (8 results)

All 2020 2019 2018 2017 Other

All Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 3 results,  Open Access: 2 results) Presentation (4 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Targeting the TR4 nuclear receptor-mediated lncTASR/AXL signaling with Tretinoin increases the Sunitnib sensitivity to better suppress the RCC progression2020

    • Author(s)
      Hangchuan Shi, Yin Sun, Miao He, Xiong Yang, Michiaki Hamada, Tsukasa Fukunaga, Xiaoping Zhang and Chawnshang Chang.
    • Journal Title

      Oncogene

      Volume: 39 Issue: 3 Pages: 530-545

    • DOI

      10.1038/s41388-019-0962-8

    • Related Report
      2018 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] LncRRIsearch: a web server for lncRNA-RNA interaction prediction integrated with tissue-specific expression and subcellular localization data2019

    • Author(s)
      Tsukasa Fukunaga, Junichi Iwakiri, Yukiteru Ono and Michiaki Hamada
    • Journal Title

      Front. Genet.

      Volume: - Pages: 462-462

    • DOI

      10.3389/fgene.2019.00462

    • Related Report
      2018 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] A Novel Method for Assessing the Statistical Significance of RNA-RNA Interactions Between Two Long RNAs2018

    • Author(s)
      Fukunaga Tsukasa、Hamada Michiaki
    • Journal Title

      Journal of Computational Biology

      Volume: 25 Issue: 9 Pages: 976-986

    • DOI

      10.1089/cmb.2017.0260

    • Related Report
      2017 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] RNA相互作用解析のためのバイオインフォマティクスソフトウェア開発2019

    • Author(s)
      福永 津嵩
    • Organizer
      RNAフロンティアミーティング2019
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
  • [Presentation] lncRNA-mRNAの網羅的相互作用予測へ向けた高速なRNA-RNA相互作用予測ソフトウェアRIblastの開発2017

    • Author(s)
      福永津嵩、浜田道昭
    • Organizer
      第19回日本RNA学会年会
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
  • [Presentation] RIblast: An ultrafast RNA-RNA interaction prediction system based on a seed-and-extension approach.2017

    • Author(s)
      福永津嵩、浜田道昭
    • Organizer
      第6回生命医薬情報学連合大会
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
  • [Presentation] ヒトlncRNA-RNAの網羅的相互作用予測及びデータベースの構築2017

    • Author(s)
      福永 津嵩、岩切 淳一、小野 幸輝、浜田 道昭
    • Organizer
      第五回NGS現場の会
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
  • [Remarks] LncRRIsearch

    • URL

      http://rtools.cbrc.jp/LncRRIsearch/

    • Related Report
      2018 Annual Research Report 2017 Annual Research Report

URL: 

Published: 2017-04-28   Modified: 2021-01-27  

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