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Elucidation of degradation signals presented on aberrant nascent polypeptides

Publicly Offered Research

Project AreaNascent-chain Biology
Project/Area Number 17H05681
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Biological Sciences
Research InstitutionTokyo Metropolitan Institute of Medical Science

Principal Investigator

佐伯 泰  公益財団法人東京都医学総合研究所, 生体分子先端研究分野, 副参事研究員 (80462779)

Project Period (FY) 2017-04-01 – 2019-03-31
Project Status Discontinued (Fiscal Year 2018)
Budget Amount *help
¥7,540,000 (Direct Cost: ¥5,800,000、Indirect Cost: ¥1,740,000)
Fiscal Year 2018: ¥3,770,000 (Direct Cost: ¥2,900,000、Indirect Cost: ¥870,000)
Fiscal Year 2017: ¥3,770,000 (Direct Cost: ¥2,900,000、Indirect Cost: ¥870,000)
Keywordsユビキチン / プロテアソーム / タンパク質分解 / 不良新生鎖 / 蛋白質 / プロテオーム
Outline of Annual Research Achievements

これまで、リボソーム品質管理(RQC)においてユビキチン化された不良新生鎖の引き抜きを実行するCdc48-Ufd1-Npl4複合体のユビキチン結合コファクターNpl4がLys48結合型ユビキチン鎖に選択性をもつこと、Cdc48-Ufd1-Npl4複合体によるユビキチン化基質の引き抜き活性がユビキチン化反応を終結させるというモデルを示してきた。本年度は東京大学定量生物学研究所の深井博士と共同でNpl4とLys48結合型ユビキチン鎖との結晶構造解析に成功したため、Cdc48-Ufd1-Npl4複合体の生化学解析を精力的に実施した。まず、Cdc48-Ufd1-Npl4複合体の試験管内再構築系により、Npl4のZFドメインがCdc48 との相互作用に重要であること、Ufd1はNpl4を介してCdc48と複合体を形成すること、Npl4はUfd1存在下でCdc48との相互作用が増強することを見出した。また、同複合体のユビキチン鎖認識機構を解析したところ、Npl4のみがユビキチン鎖結合能をもつこと、構造解析より見出された新規のユビキチン結合ドメインの変異によりユビキチン鎖結合能が喪失することを明らかにした。次いで、ユビキチン化基質としてGFPに様々な長さのLys48結合型ユビキチン鎖を付加したものを調製し、同複合体の機能解析に供した。その結果、6-mer以上の鎖長をもつユビキチン化GFPを基質としたときに、Cdc48のATPase活性が検出され、複合体形成やユビキチン結合能を喪失させたNpl4変異体ではATPase活性が減弱した。さらに、酵母を用いた解析より、NPL4の各変異体中でユビキチン化基質の蓄積が観察された。これらの結果より、RQC機構の中核となるCdc48-Ufd1-Npl4複合体のユビキチン鎖認識機構の解明に成功した。

Research Progress Status

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(2 results)
  • 2018 Annual Research Report
  • 2017 Annual Research Report
  • Research Products

    (7 results)

All 2018 Other

All Journal Article (1 results) (of which Peer Reviewed: 1 results,  Open Access: 1 results) Presentation (4 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Invited: 2 results) Remarks (2 results)

  • [Journal Article] Ub-ProT reveals global length and composition of protein ubiquitylation in cells2018

    • Author(s)
      Tsuchiya, H., Burana, D., Ohtake, F., Arai, N., Kaiho, A., Komada, M., Tanaka,K., and Saeki, Y.
    • Journal Title

      Nature Commun

      Volume: 9 Issue: 1 Pages: 524-524

    • DOI

      10.1038/s41467-018-02869-x

    • Related Report
      2017 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] The Cdc48-Rad23/Dsk2 Axis Contributes to K48 Ubiquitin Chain Specificity of the Proteasome.2018

    • Author(s)
      Yasushi Saeki
    • Organizer
      FASEB SRC “Ubiquitin and Cellular Regulation”
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Ubiquitin-dependent phase separation for proteasomal degradation.2018

    • Author(s)
      Yasushi Saeki
    • Organizer
      International Symposium on “Proteins; from the Cradle to the Grave”
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] p97およびRAD23によるプロテアソーム分解制御2018

    • Author(s)
      佐伯 泰
    • Organizer
      ConBio2017
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] Ub-ProT reveals global length and composition of protein ubiquitylation in cells2018

    • Author(s)
      Yasushi Saeki
    • Organizer
      The 8th Proteasome and Autophagy Congress
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Remarks] 公益財団法人東京都医学総合研究所蛋白質代謝研究室ホームページ

    • URL

      http://www.igakuken.or.jp/pro-meta/

    • Related Report
      2018 Annual Research Report 2017 Annual Research Report
  • [Remarks] ユビキチン鎖の長さを決定する方法を世界で初めて開発

    • URL

      http://www.igakuken.or.jp/topics/2018/0206.html

    • Related Report
      2017 Annual Research Report

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Published: 2017-04-28   Modified: 2019-12-27  

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