Multi-omics analysis of endogenous non-retroviral viral elements in eukaryotic genomes
Publicly Offered Research
| Project Area | Neo-virology: the raison d'etre of viruses |
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| Project/Area Number |
17H05823
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Review Section |
Biological Sciences
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| Research Institution | Tokai University |
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Principal Investigator |
中川 草 東海大学, 医学部, 講師 (70510014)
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| Project Period (FY) |
2017-04-01 – 2019-03-31
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2018)
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| Budget Amount *help |
¥5,200,000 (Direct Cost: ¥4,000,000、Indirect Cost: ¥1,200,000)
Fiscal Year 2018: ¥2,600,000 (Direct Cost: ¥2,000,000、Indirect Cost: ¥600,000)
Fiscal Year 2017: ¥2,600,000 (Direct Cost: ¥2,000,000、Indirect Cost: ¥600,000)
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| Keywords | 内在性ウイルス様配列 / データベース / バイオインフォマティクス / 比較ゲノム / 水平伝播 / コンタミネーション / 比較ゲノム解析 / トランスポゾン / 共進化 / ゲノム / ウイルス / レトロトランスポゾン / 進化 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
ウイルスが生物の機能・進化に関わる重要な事例として、宿主ゲノムにウイルスが内在化することにより生じた塩基配列（内在性ウイルス配列、Endogenous Viral Element, EVE）が宿主で生存に必須な機能を獲得することがある。本研究ではそのような配列をゲノムワイドに網羅的に同定するシステムを構築し、EVEを真核生物で網羅的に同定し、系統ごとにまとめたデータベースを構築した（http://peve.med.u-tokai.ac.jp）。本データベースを活用して調べたところ、フィロウイルスの糖タンパク質様の配列がいくつかの脊椎動物にあることがわかった。そこで、エボラウイルスなどのフィロウイルスのゲノム配列をクエリーとして全ての真核生物ゲノム配列に対して探索を行った。その結果、ゾウギンザメ、アフリカツメガル、ニジマスのゲノム配列にフィロウイルスの糖タンパク質（GP）に極めて類似の配列が存在することを発見した。更にそれらの配列が実際に遺伝子として発現しているのかどうかを調べるために、ゾウキンザメ 13サンプル、アフリカツメガエル 11サンプル、ニジマス 7サンプルのRNA-seqデータをアセンブリし、類似配列を探索した。その結果、ゾウキンザメにおいてはその配列がRNA-seqデータからも確認された。また、その配列は胎盤形成に関与することが知られている内在性レトロウイルスの膜タンパク質（Env）に由来するsyncytin-Rum1にも類似することがわかり、レトロウイルスのEnvとフィロウイルスのGPに強い関連があることが推察された。
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| Research Progress Status |
平成30年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
平成30年度が最終年度であるため、記入しない。
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Report
(2 results)
Research Products
(25 results)
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[Journal Article] Different effects of two mutations on the infectivity of Ebola virus glycoprotein in nine mammalian species2018
Author(s)
Kurosaki, Y., Ueda, M.T., Nakano, Y., Yasuda, J., Koyanagi, Y., Sato, K. and Nakagawa, S.
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Journal Title
Journal of General Virology
Volume: 99(2)
Issue: 2
Pages: 181-186
DOI
Related Report
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] New World feline APOBEC3 potently controls inter-genus lentiviral transmission2018
Author(s)
Yoriyuki Konno, Shumpei Nagaoka, Izumi Kimura, Keisuke Yamamoto, Yumiko Kagawa, Ryuichi Kumata, Hirofumi Aso, Mahoko Takahashi Ueda, So Nakagawa, Tomoko Kobayashi, Yoshio Koyanagi, Kei Sato
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Journal Title
Retrovirology
Volume: 15
Issue: 1
Pages: 31-31
DOI
Related Report
Peer Reviewed / Open Access
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[Presentation] New World feline APOBEC3 potently controls inter-genus lentiviral transmission2018
Author(s)
Yoriyuki Konno, Shumpei Nagaoka, Izumi Kimura, Keisuke Yamamoto, Yumiko Kagawa, Ryuichi Kumata, Hirofumi Aso, Mahoko Takahashi Ueda, So Nakagawa , Tomoko Kobayashi, Yoshio Koyanagi and Kei Sato
Organizer
第66回日本ウイルス学会学術集会
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