祖先的シロイヌナズナ系統から探る自殖と新種誕生の原理
Publicly Offered Research
| Project Area | Determining the principles of the birth of new plant species: molecular elucidation of the lock-and-key systems in sexual reproduction |
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| Project/Area Number |
17H05833
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Review Section |
Biological Sciences
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| Research Institution | Chiba University |
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Principal Investigator |
土松 隆志 千葉大学, 大学院理学研究院, 准教授 (60740107)
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| Project Period (FY) |
2017-04-01 – 2019-03-31
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2018)
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| Budget Amount *help |
¥9,360,000 (Direct Cost: ¥7,200,000、Indirect Cost: ¥2,160,000)
Fiscal Year 2018: ¥4,680,000 (Direct Cost: ¥3,600,000、Indirect Cost: ¥1,080,000)
Fiscal Year 2017: ¥4,680,000 (Direct Cost: ¥3,600,000、Indirect Cost: ¥1,080,000)
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| Keywords | 自家不和合性 / 自殖 / 集団ゲノミクス / ゲノムワイド関連解析 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本年度は主に以下の３つの課題について研究を行った：
(1) ゲノムワイド関連解析による自殖に関わる花形質の遺伝変異の解析：清水グループ（瀬々班）と共同で，主にユーラシアの系統を用いて，ゲノムワイド関連解析（GWAS）から花粉数に関わる遺伝変異の解析を行っている．その結果，花粉数に関わる複数の遺伝子座に自然選択の痕跡が見られることが明らかになっている（論文改訂中）．また，アフリカ・地中海の105系統についても表現型計測を行いGWASを実施した結果，ユーラシア系統でのGWASとは異なるピークが見られた．この結果は，地域集団により異なるアリルが表現型に関わることを示唆している．現在さらに系統数を増やし，200以上のアフリカ・地中海系統で解析を進めている．
(2) アフリカ系統を用いた，種間不和合性に関わる遺伝変異の解析：高山班が進めている，GWASにより同定された種間不和合性に関わる遺伝子について，アフリカ系統を用いて多型解析を行った．その結果，「種間和合型」のアリルがシロイヌナズナのユーラシア進出（約８万年前）に伴って最近急激に頻度を増したことが示唆された．この結果は，自殖の進化の後に種間不和合性は失われやすいという予測を支持している（論文改訂中）．
(3) ナス科自家不和合性システムにおける鍵・鍵穴の進化過程：高山班と共同で，ナス科自家不和合性システムにおける鍵と鍵穴（S-RNase遺伝子およびSLF遺伝子）の分子集団遺伝学的解析を進めている．
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| Research Progress Status |
平成30年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
平成30年度が最終年度であるため、記入しない。
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Report
(2 results)
Research Products
(38 results)
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[Journal Article] Exploring genetic diversity and signatures of horizontal gene transfer in nodule bacteria associated with Lotus japonicus in natural environments2019
Author(s)
Bamba, M., Aoki, S., Kajita, T., Setoguchi H., Watano, Y., Sato, S., and Tsuchimatsu, T.
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Journal Title
Molecular Plant-Microbe Interactions
Volume: 印刷中
Issue: 9
Pages: 1110-1120
DOI
Related Report
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Patterns of polymorphism at the self-incompatibility locus in 1,083 Arabidopsis thaliana genomes.2017
Author(s)
Tsuchimatsu, T., Goubet, P.M., Gallina, S., Holl, A.C., Fobis-Loisy, I., Berges, H., Marande, W., Prat, E., Meng, D., Long, Q., Platzer, A., Nordborg, M., Vekemans, X., Castric, V.
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Journal Title
Molecular Biology and Evolution
Volume: 印刷中
Issue: 8
Pages: 1878-1889
DOI
Related Report
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research / Acknowledgement Compliant
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[Journal Article] Genome sequencing reveals the origin of the allotetraploid Arabidopsis suecica.2017
Author(s)
Novikova, P.Y., Tsuchimatsu, T., Simon, S., Nizhynska, V., Voronin, V., Burns, R., Fedorenko, O.M., Holm, S., Sall, T., Prat, E., Marande, W., Castric, V. and Nordborg, M.
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Journal Title
Molecular Biology and Evolution
Volume: 34
Pages: 957-968
DOI
Related Report
Peer Reviewed / Int'l Joint Research
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[Presentation] Diversity and horizontal gene transfer of nodule bacteria associated with Lotus japonicus in natural environments2018
Author(s)
Bamba, M., Aoki, S., Kajita, T., Watano, Y., Setoguchi, H., Sato, S., Tsuchimatsu, T.
Organizer
Annual Meeting of the Society for Molecular Biology and Evolution
Related Report
Int'l Joint Research
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