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Mathematical analysis of the role of mRNA degradation in mammalian circadian clock

Publicly Offered Research

Project AreaIntegrative understanding of biological signaling networks based on mathematical science
Project/Area Number 17H06018
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Complex systems
Research InstitutionOkinawa Institute of Science and Technology Graduate University

Principal Investigator

高橋 明格  沖縄科学技術大学院大学, 細胞シグナルユニット, 研究員 (90637589)

Project Period (FY) 2017-04-01 – 2019-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2018)
Budget Amount *help
¥7,020,000 (Direct Cost: ¥5,400,000、Indirect Cost: ¥1,620,000)
Fiscal Year 2018: ¥3,510,000 (Direct Cost: ¥2,700,000、Indirect Cost: ¥810,000)
Fiscal Year 2017: ¥3,510,000 (Direct Cost: ¥2,700,000、Indirect Cost: ¥810,000)
Keywords概日リズム / mRNA分解 / CCR4-NOT複合体 / BRF1 / Per2 / リミットサイクル / 非線形システム / 転写
Outline of Annual Research Achievements

概日リズムは、生物に備わった約24時間周期のリズムであり、睡眠覚醒、体温、心拍、高次脳機能を制御する。この生理現象は、リミットサイクルと呼ばれる、摂動に対してロバストに周期活動を継続するダイナミクスにより形成され、mRNAや蛋白質の遺伝子発現自体も振動することから、数理的解析が多くなされてきた。mRNA量の発現振動機序は、時計遺伝子による転写制御を中心に解明が進んできたが、近年は、mRNA分解等の転写後調節の重要性が注目されている。そこで、本研究課題では、poly(A)鎖分解酵素CCR4-NOT複合体とRNA結合蛋白質BRF1に着目し、数理モデルを駆使することで、概日リズム制御におけるmRNA分解の重要性を明らかにすることを目的とした。我々はこれまでに、BRF1がCCR4-NOT複合体をリクルートすることにより誘導されるPer2 mRNAの分解が、Per2遺伝子の発現振動形成に重要であることを解明した。さらに、CCR4-NOT複合体サブユニットCnot1ヘテロ欠損マウスは概日リズム時間の延長を呈することから、mRNA分解が個体の概日リズム制御に関わることも示した。平成30年度は、BRF1を全身の概日リズムを制御する視交叉上核からノックアウトした結果、本マウスも概日リズム時間の延長を呈したことから、BRF1も個体における概日リズム制御に関わることを示した。また、RNA-seqとRIP-seqの結果、CCR4-NOT複合体とBRF1がPer2のみならず複数の時計遺伝子を標的として分解することを明らかにした。さらに、BRF1が自身のmRNAを標的として、自らの発現量を振動させるとともに、Per2等の標的mRNAの分解を制御するモデルを、時計遺伝子の転写による発現振動制御モデルと融合させ、転写とmRNA分解のクロストークによる精密な概日リズム制御の数理モデルを構築した。

Research Progress Status

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(2 results)
  • 2018 Annual Research Report
  • 2017 Annual Research Report
  • Research Products

    (21 results)

All 2019 2018 2017

All Journal Article (3 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Peer Reviewed: 3 results,  Open Access: 3 results) Presentation (18 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 1 results)

  • [Journal Article] Hepatic posttranscriptional network comprised of CCR4?NOT deadenylase and FGF21 maintains systemic metabolic homeostasis2019

    • Author(s)
      *M. Morita, N. Siddiqui, S. Katsumura, C. Rouya, O. Larsson, T. Nagashima, B. Hekmatnejad, A. Takahashi, H. Kiyonari, M. Zang, R. St-Arnaud, V. Giguere, I. Topisirovic, M. Okada-Hatakeyama, T. Yamamoto, N. Sonenberg
    • Journal Title

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      Volume: 116 Issue: 16 Pages: 7973-7981

    • DOI

      10.1073/pnas.1816023116

    • Related Report
      2018 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Postnatal liver functional maturation requires Cnot complex-mediated decay of mRNAs encoding cell cycle and immature liver genes2019

    • Author(s)
      Suzuki Toru、Kikuguchi Chisato、Nishijima Saori、Nagashima Takeshi、Takahashi Akinori、Okada Mariko、Yamamoto Tadashi
    • Journal Title

      Development

      Volume: 146 Issue: 4

    • DOI

      10.1242/dev.168146

    • Related Report
      2018 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] The CCR4-NOT deadenylase complex controls Atg7-dependent cell death and heart function2018

    • Author(s)
      Yamaguchi Tomokazu et al
    • Journal Title

      Science Signaling

      Volume: 11 Issue: 516 Pages: 3638-3638

    • DOI

      10.1126/scisignal.aan3638

    • Related Report
      2017 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Presentation] Deadenylation suppresses cell death and immune genes to maintain liver homeostasis2018

    • Author(s)
      Akinori Takahashi, Shohei Takaoka, Haytham M.A Mohamed, Tomokazu Yamaguchi, Keiji Kuba, Tadashi Yamamoto
    • Organizer
      RNA 2018, The 23rd Annual Meeting of the RNA Society
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Deadenylation-dependent mRNA decay is required for liver homeostasis thorough suppression of cell death and inflammatory genes2018

    • Author(s)
      Akinori Takahashi, Shohei Takaoka, Tomokazu Yamaguchi, Haytham Mohamed Aly Mohamed, Keiji Kuba, and Tadashi Yamamoto
    • Organizer
      Joint Annual Meeting of 51st JSDB and 70th JSCB
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      2018 Annual Research Report
  • [Presentation] 肝臓内における脱アデニル化依存的なmRNA分解を介した遺伝子発現制御機構2018

    • Author(s)
      高橋明格、高岡翔平、Hytham Mohamad、山口智和、久場敬司、山本雅
    • Organizer
      第20回 日本RNA学会年会
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
  • [Presentation] Deadenylation represses mRNA stability and transcription of cell death and inflammatory genes to suppress lethal hepatitis2018

    • Author(s)
      Akinori Takahashi, Shohei Takaoka, Tomokazu Yamaguchi, Haytham Mohamed Aly Mohamed, Keiji Kuba, and Tadashi Yamamoto
    • Organizer
      第41回 日本分子生物学会年会
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
  • [Presentation] ストレス応答におけるCnot 複合体によるmRNA 分解の役割2018

    • Author(s)
      鈴木 亨、星名実幸、西島さおり、星名直祐、高橋明格、山本 雅
    • Organizer
      第20回 日本RNA学会年会
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      2018 Annual Research Report
  • [Presentation] Atg7 依存性細胞死を阻害するCCR4-NOT 脱アデニル化酵素複合体の 心機能制御機構の解明2018

    • Author(s)
      山口智和、鈴木 享、佐藤輝紀、高橋明格、山本 雅、 今井 由美子、久場敬司
    • Organizer
      第20回 日本RNA学会年会
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
  • [Presentation] ストレス応答におけるCnot複合体によるmRNA分解の役割2018

    • Author(s)
      西島 さおり、鈴木 亨、星名 実幸、星名 直祐 、高橋 明格、山本 雅
    • Organizer
      第41回 日本分子生物学会年会
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      2018 Annual Research Report
  • [Presentation] microRNAによる遺伝発現抑制過程における CCR-NOT脱アデニル化複合体の機能解析2018

    • Author(s)
      坂村 由梨佳、友廣 拓生、大塚 衆志、船上 仁範 、深尾 亜喜良、高橋 明格、鈴木 亨、山本 雅、藤原 俊伸
    • Organizer
      第41回 日本分子生物学会年会
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      2018 Annual Research Report
  • [Presentation] 脱アデニル化によるmRNA分解速度と合成活性の調節機構2017

    • Author(s)
      高橋明格、高岡翔平、山口智和、久場敬司、山本雅
    • Organizer
      第19回 日本RNA学会年会
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
  • [Presentation] 肝臓発生時の周産期から成熟期における遺伝子発現に果たすmRNA分解の役割2017

    • Author(s)
      鈴木亨、菊口千智、西島さおり、高橋明格、山本雅
    • Organizer
      第19回 日本RNA学会年会
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
  • [Presentation] CNOT1 regulation of eukaryotic circadian clock through post-transcriptional mechanisms2017

    • Author(s)
      Haytham M.A Mohamed, Akinori Takahashi, Tadashi Yamamoto
    • Organizer
      第19回 日本RNA学会年会
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      2017 Annual Research Report
  • [Presentation] mRNA分解を介した肥満症制御機構の解明2017

    • Author(s)
      高橋明格、山本雅
    • Organizer
      第10回 Symphony
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      2017 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 肥満症制御におけるmRNA分解の意義2017

    • Author(s)
      高橋明格、山本雅
    • Organizer
      第38回 肥満学会年会
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
  • [Presentation] mRNA分解を介した肥満遺伝子の発現誘導メカニズム2017

    • Author(s)
      高橋明格、松木泰子、Haytham Mohamed M.A.、稲田利文、山本雅
    • Organizer
      第40回 日本分子生物学会年会
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
  • [Presentation] CNOT1 elongates circadian period through post-transcriptional regulation of Per2 and BMAL12017

    • Author(s)
      Haytham Mohamed M.A., Akinori Takahashi, Hitoshi Okamura, Tadashi Yamamoto
    • Organizer
      第40回 日本分子生物学会年会
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      2017 Annual Research Report
  • [Presentation] 5'-3'エキソリボヌクレアーゼXRN1 はDYRK1Aと結合し、リン酸化状態に応じて核局在を調節する2017

    • Author(s)
      高岡 翔平、高橋 明格、山本 雅
    • Organizer
      第40回 日本分子生物学会年会
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
  • [Presentation] The role of the catalytic subunits of CCR4-NOT complex in mRNA deadenylation and cell viability2017

    • Author(s)
      Dina Mostafa, Akinori Takahashi, Taku Kureha,Toru Suzuki,Tadashi Yamamoto
    • Organizer
      第40回 日本分子生物学会年会
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      2017 Annual Research Report
  • [Presentation] Investigating physiological and stress-related Tob protein functions in the brain2017

    • Author(s)
      Mohieldin Youssef, Hiroki Hamada, Akinori Takahashi, Tadashi Yamamoto
    • Organizer
      第40回 日本分子生物学会年会
    • Related Report
      2017 Annual Research Report

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Published: 2017-04-28   Modified: 2019-12-27  

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