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Tracking of protein conformational changes in crowded environments by using single-molecule fluorescence spectroscopy

Publicly Offered Research

Project AreaChemical Approaches for Miscellaneous / Crowding Live Systems
Project/Area Number 18H04533
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)

Allocation TypeSingle-year Grants
Research InstitutionTohoku University

Principal Investigator

小井川 浩之  東北大学, 多元物質科学研究所, 助教 (40536778)

Project Period (FY) 2018-04-01 – 2020-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2019)
Budget Amount *help
¥5,720,000 (Direct Cost: ¥4,400,000、Indirect Cost: ¥1,320,000)
Fiscal Year 2019: ¥2,860,000 (Direct Cost: ¥2,200,000、Indirect Cost: ¥660,000)
Fiscal Year 2018: ¥2,860,000 (Direct Cost: ¥2,200,000、Indirect Cost: ¥660,000)
Keywords蛍光一分子分光 / タンパク質 / 混雑環境 / FRET / 夾雑環境
Outline of Annual Research Achievements

我々はライン共焦点光学系とマイクロ流路セルを組み合わせることで、一分子蛍光共鳴エネルギー移動(FRET)測定により100マイクロ秒程度の時間分解能で一分子のFRET効率の時系列を取得できる装置を開発してきた。しかし、分子夾雑環境中では蛍光を発する夾雑分子が多く存在するため、希薄な目的分子の検出は難しかった。本研究では一分子FRET測定装置を再設計し、分子夾雑環境下で、タンパク質一分子の構造変化を高時間分解能で追跡することを目指した。
2019年度は改良した装置を用いて、細胞抽出液中での一分子FRET測定を試みた。細胞抽出液中では、非常に強い背景光が観察されたが、FRETした成分だけを抽出するデータ解析により、高背景光下でも目的のタンパク質一分子からの信号を取り出すことに成功した。細胞抽出液中のタンパク質一分子のデータは、通常の希薄溶液のデータに比べて、顕著に一分子のFRET効率の揺らぎが大きかった。これは、細胞抽出液中では構造の揺らぎが大きいこと示唆している。
さらに、分子夾雑の影響として溶液の粘性に注目した。αヘリックスを形成するペプチドであるポリアラニンの構造変化が、粘性の違いによってどのような影響を受けるかを、高濃度のグリセロールやショ糖溶液中のナノ秒領域の蛍光相関分光によって調べた、その結果、αヘリックスが伸長する速度は、粘性にほとんど依存しなかった。このことは、αヘリックスが伸長する際には、溶媒分子との摩擦がほとんど無視できることを示唆し、分子夾雑環境中のタンパク質の構造揺らぎに対しての重要な知見が得られた。

Research Progress Status

令和元年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和元年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(2 results)
  • 2019 Annual Research Report
  • 2018 Annual Research Report
  • Research Products

    (11 results)

All 2019 2018

All Presentation (11 results) (of which Int'l Joint Research: 7 results,  Invited: 1 results)

  • [Presentation] Microsecond-resolved observation of F1-ATPase conformational changes by single molecular fluorescence spectroscopy2019

    • Author(s)
      Hiroki Senmaru, Hiroyuki Oikawa, Mitsuhiro Sugawa, Satoshi Takahashi
    • Organizer
      第57回日本生物物理学会年会
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Dynamics of the helix-coil transition of alanine-based polypeptides detected by nanosecond region fluorescence correlation spectroscopy2019

    • Author(s)
      Supawich Kamonprasertsuk, Hiroyuki Oikawa, Satoshi Takahashi
    • Organizer
      第57回日本生物物理学会年会
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Dynamics of the helix-coil transition of alanine-based polypeptides detected by nanosecond region fluorescence correlation spectroscopy2019

    • Author(s)
      Supawich Kamonprasertsuk, Hiroyuki Oikawa, Satoshi Takahashi
    • Organizer
      第13回分子科学討論会
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] 一分子測定によって明らかにする液液相分離のメカニズム2019

    • Author(s)
      木村美智子,小井川浩之, 高橋聡
    • Organizer
      日本生物物理学会 東北支部会2019
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] Dynamics of the Helix-Coil Transition of Alanine-based Polypeptides Detected by Nanosecond Region Fluorescence Correlation Spectroscopy2019

    • Author(s)
      Supawich Kamonprasertsuk, Hiroyuki Oikawa, Satoshi Takahashiy Nanosecond Region Fluorescence Correlation Spectroscopy
    • Organizer
      Indo-Japan mini-workshop, Frontiers in Molecular Spectroscopy: From Fundamentals to Applications in Chemistry and Biology
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] マイクロ秒分解一分子蛍光測定によるF1-ATPaseの構造変化追跡2018

    • Author(s)
      高橋巧、小井川浩之、須河光弘、高橋聡
    • Organizer
      第18回日本蛋白質科学会年会
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
  • [Presentation] 単一分子蛍光分光法のための新しいタンパク質二重蛍光色素標識方法2018

    • Author(s)
      吉田文、金沢省、高橋泰人、 松井敏高、小井川浩之、浜田大三、高橋聡
    • Organizer
      第18回日本蛋白質科学会年会
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
  • [Presentation] Single molecule fluorescence tracking at 10-μs resolution: Application to protein folding and functional dynamics2018

    • Author(s)
      Satoshi Takahashi、Hiroyuki Oikawa
    • Organizer
      第56回日本生物物理学会年会
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Ultra-fast dynamics of simple polyalanine peptides by using nanosecond region fluorescence correlation spectroscopy2018

    • Author(s)
      Supawich Kamonprasertsuk、Hiroyuki Oikawa、Satoshi Takahashi
    • Organizer
      第56回日本生物物理学会年会
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Investigation on the structural properties of proteins included in non-membraneous granule droplets2018

    • Author(s)
      Saya Nakano、Hiroyuki Oikawa、Satoshi Takahashi
    • Organizer
      第56回日本生物物理学会年会
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Improvement of the fluorescent detected phage sorter for the application to phage display2018

    • Author(s)
      Hitomi Urabe、Saya Nakano、Yuki Shimizu、Naoki Mikosiba、Hiroyuki Oikawa、Satoshi Takahashi
    • Organizer
      第56回日本生物物理学会年会
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research

URL: 

Published: 2018-04-23   Modified: 2021-01-27  

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