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Elucidation of the influence of lipoquality on lipid-protein interaction by molecular dynamics simulations

Publicly Offered Research

Project AreaQuality of lipids in biological systems
Project/Area Number 18H04678
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)

Allocation TypeSingle-year Grants
Research InstitutionKeio University

Principal Investigator

山本 詠士  慶應義塾大学, 理工学部(矢上), 助教 (00779340)

Project Period (FY) 2018-04-01 – 2020-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2019)
Budget Amount *help
¥9,880,000 (Direct Cost: ¥7,600,000、Indirect Cost: ¥2,280,000)
Fiscal Year 2019: ¥4,940,000 (Direct Cost: ¥3,800,000、Indirect Cost: ¥1,140,000)
Fiscal Year 2018: ¥4,940,000 (Direct Cost: ¥3,800,000、Indirect Cost: ¥1,140,000)
Keywords分子動力学シミュレーション / プレクストリン相同ドメイン / ホスホイノシタイド / イノシトールリン脂質 / リポクオリティ / 脂質ータンパク質相互作用 / 脂質ータンパク相互作用 / 分子シミュレーション / 脂質-タンパク相互作用
Outline of Annual Research Achievements

細胞内シグナル伝達機構や細胞骨格構築機構において、細胞質タンパク質と生体膜に局在するホスホイノシタイド/イノシトールリン脂質(PIPs)との相互作用は重要である。近年の遺伝子改変マウスやヒトの疾患遺伝子解析によって、PIPs代謝酵素の活性異常や変異、またPIPsの脂肪酸組成の違いが、炎症性疾患やがんなどの病理に関与していることが明らかになっている。本研究課題では、脂質―タンパク質相互作用においてリポクオリティが果たす生物学的意義を原子・分子レベルで明らかにするために、細胞質タンパク質に含まれる膜結合部位であるプレクストリン相同(PH)ドメインとホスホイノシタイド(PIP)含有脂質膜のマルチスケール分子動力学シミュレーションを行った。膜内に含まれるPIP濃度に依存してPHドメインと生体膜の結合様式が変化することを明らかにした。特に、GRP1-PHドメインには複数のPIP結合サイト(親和性が強いサイトから弱いサイトまで)が存在しており、PHドメイン周りのPIP濃度に応じて膜表面でのPHドメインの結合状態や膜との結合親和性が変化することがわかった。また、BTK-PHドメインと生体膜との相互作用において、PIPのアシル基の違いが結合親和性に影響を与えることを見出した。特に、アラキドン酸アシル基との相互作用において重要なアミノ酸を同定した。このアミノ酸残基に変異をもつBTK-PHドメインは、人口脂質膜を用いた試験管内での実験においてもリン脂質二重膜への結合活性が減少することが確認された。

Research Progress Status

令和元年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和元年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(2 results)
  • 2019 Annual Research Report
  • 2018 Annual Research Report
  • Research Products

    (8 results)

All 2020 2019 2018 Other

All Int'l Joint Research (3 results) Journal Article (2 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 1 results,  Open Access: 1 results) Presentation (3 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 1 results)

  • [Int'l Joint Research] オックスフォード大学/リーズ大学(英国)

    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Int'l Joint Research] アメリカ国立衛生研究所/アリゾナ州立大学(米国)

    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Int'l Joint Research] オックスフォード大学(英国)

    • Related Report
      2018 Annual Research Report
  • [Journal Article] Multiple lipid binding sites determine the affinity of PH domains for phosphoinositide-containing membranes2020

    • Author(s)
      Yamamoto Eiji、Domanski Jan、Naughton Fiona B.、Best Robert B.、Kalli Antreas C.、Stansfeld Phillip J.、Sansom Mark S. P.
    • Journal Title

      Science Advances

      Volume: 6 Issue: 8

    • DOI

      10.1126/sciadv.aay5736

    • Related Report
      2019 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] 細胞膜での蛋白質―イノシトールリン脂質相互作用へのアシル基の関与2019

    • Author(s)
      佐々木雄彦, 山本詠士, 佐々木純子
    • Journal Title

      医学のあゆみ

      Volume: 269 Pages: 1068-1072

    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] Molecular Dynamics of Pleckstrin Homology Domains on a Biological Membrane2019

    • Author(s)
      Eiji Yamamoto
    • Organizer
      The 5th International Conference on Molecular Simulation
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] リポクオリティがプレクストリン相同ドメインと生体膜の相互作用に与える影響2018

    • Author(s)
      山本詠士,佐々木純子,Mark S.P. Sansom,佐々木雄彦
    • Organizer
      第60回日本脂質生化学会
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 脂質アシル基の違いがPHドメインの生体膜への結合性に与える影響2018

    • Author(s)
      山本詠士,佐々木純子,佐々木雄彦
    • Organizer
      第32回分子シミュレーション討論会
    • Related Report
      2018 Annual Research Report

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Published: 2018-04-23   Modified: 2021-01-27  

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