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季節性のない熱帯雨林での時系列トランスクリプトームによる環境認識・記憶の解析

Publicly Offered Research

Project AreaIntegrative system of autonomous environmental signal recognition and memorization for plant plasticity
Project/Area Number 18H04785
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)

Allocation TypeSingle-year Grants
Research InstitutionYokohama City University

Principal Investigator

清水 健太郎  横浜市立大学, 木原生物学研究所, 客員教授 (10742629)

Project Period (FY) 2018-04-01 – 2020-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2019)
Budget Amount *help
¥10,140,000 (Direct Cost: ¥7,800,000、Indirect Cost: ¥2,340,000)
Fiscal Year 2019: ¥5,070,000 (Direct Cost: ¥3,900,000、Indirect Cost: ¥1,170,000)
Fiscal Year 2018: ¥5,070,000 (Direct Cost: ¥3,900,000、Indirect Cost: ¥1,170,000)
Keywordsトランスクリプトーム / 植物
Outline of Annual Research Achievements

複雑に変化する野外環境での植物の環境認識と記憶を解明するために、研究室での制御環境下に加えて、熱帯および温帯の野外環境下でモデル生物・非モデル生物の遺伝子発現と表現型の解析を行った。モデル植物シロイヌナズナの野生17系統と葉面上に毛(トリコーム)のない2つの変異体を日本とスイスの野外圃場環境で栽培した。すると、ノミハムシ、アブラムシ、コナガなど、15種もの昆虫からなる群集が植物上に観察され、系統によって種組成が異なることがわかった。ゲノム全体の遺伝子発現を解析したところ、昆虫に対する防御物質であるカラシ油配糖体合成系の遺伝子発現が、野生系統間で大きく異なっていることが分かった。中でもAOP3遺伝子の発現量は、植物体上のアブラムシの量と相関が見られ、実験的にもアブラムシによる誘導が確認できた。さらに、トリコームの欠損するglabra1突然変異体では昆虫群集が変化していた。つまり、GLABRA1遺伝子は、植物の毛だけでなく、昆虫数という延長された表現型にも影響することが分かった。熱帯樹木の遺伝子発現を解析したところ、降水量に年変動が存在しない熱帯でも、乾燥が遺伝子発現に大きな影響を与えていることを見いだした。乾燥下ではモデル植物と同様にアブシジン酸関連の遺伝子の発現量が大きく変化した他、表現型の変化(開花や展葉等)を誘導する遺伝子の発現量に変化が見られた。また、エピゲノムに関連するカテゴリーの遺伝子に発現変化が大きく見られたことから、エピゲノム制御が環境記憶に関連する可能性が示唆された。これらの結果は、熱帯樹木の生物学的な現象に対する乾燥の重要性を評価できたともに、将来的に変動する熱帯の環境下において乾燥の強度や頻度が熱帯樹木に強い影響をもたらすことを示唆するものである。

Research Progress Status

令和元年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和元年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(2 results)
  • 2019 Annual Research Report
  • 2018 Annual Research Report
  • Research Products

    (14 results)

All 2020 2019 2018 Other

All Int'l Joint Research (6 results) Journal Article (3 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Peer Reviewed: 3 results,  Open Access: 3 results) Presentation (4 results) (of which Int'l Joint Research: 4 results,  Invited: 1 results) Remarks (1 results)

  • [Int'l Joint Research] サラワク森林局/Forest Research Institute Malaysia(マレーシア)

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  • [Int'l Joint Research] チューリッヒ大学・グローバル変化と生物多様性プログラム/地理学研究所/進化生物学・環境学研究所(スイス)

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  • [Int'l Joint Research] University of Washington(米国)

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  • [Int'l Joint Research] University of Zurich(スイス)

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  • [Int'l Joint Research] University of Edinburgh(英国)

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  • [Int'l Joint Research] Ajou University(韓国)

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  • [Journal Article] Transcriptional Variation in Glucosinolate Biosynthetic Genes and Inducible Responses to Aphid Herbivory on Field-Grown Arabidopsis thaliana2019

    • Author(s)
      Sato Yasuhiro、Tezuka Ayumi、Kashima Makoto、Deguchi Ayumi、Shimizu-Inatsugi Rie、Yamazaki Misako、Shimizu Kentaro K.*、Nagano Atsushi J.* (co-corresponding)
    • Journal Title

      Frontiers in Genetics

      Volume: 10 Pages: 1-1

    • DOI

      10.3389/fgene.2019.00787

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    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Plant trichomes and a single gene GLABRA1 contribute to insect community composition on field-grown Arabidopsis thaliana2019

    • Author(s)
      Sato Yasuhiro、Shimizu-Inatsugi Rie、Yamazaki Misako、Shimizu Kentaro K.*、Nagano Atsushi J.* (co-corresponding)
    • Journal Title

      BMC Plant Biology

      Volume: 19 Issue: 1 Pages: 163-163

    • DOI

      10.1186/s12870-019-1705-2

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    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Molecular basis of flowering under natural long-day conditions in Arabidopsis2018

    • Author(s)
      Young Hun Song, Akane Kubota, Michael S. Kwon, Michael F. Covington, Nayoung Lee, Ella R. Taagen, Dianne Laboy Cintrテウn, Dae Yeon Hwang, Reiko Akiyama, Sarah K. Hodge, He Huang, Nhu H. Nguyen, Dmitri A. Nusinow, Andrew J. Millar, Kentaro K. Shimizu & Takato Imaizumi
    • Journal Title

      Nature Plants

      Volume: 4 Issue: 10 Pages: 824-835

    • DOI

      10.1038/s41477-018-0253-3

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    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Presentation] Effects of rainfall exclusion on tropical emergent tree in Southeast Asian tropics2020

    • Author(s)
      Yuji Tokumoto, Masaki J Kobayashi, Masaomi Hatakeyama, Yuta Inoue, Yayoi Takeuchi, Bibian Anak Michael Diway, Daisuke Todaka, Tomonori Kume, Tomo'omi Kumagai, Tomoaki Ichie, Tohru Nakashizuka, Michiko Nakagawa, Shoko Sakai, Kentaro K. Shimizu
    • Organizer
      World Biodiversity Forum 2020, Davos Congress Centre, Davos, Switzerland
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    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Comparative molecular phenology of tropical plants in South-easi Asia2020

    • Author(s)
      Chongmeng Xu, Yuji Tokumoto, Kentaro K. Shimizu
    • Organizer
      World Biodiversity Forum 2020, Davos Congress Centre, Davos, Switzerland
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      2019 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Genomics for global change studies2019

    • Author(s)
      Kentaro K. Shimizu
    • Organizer
      Global Change and Biodiversity: Integrating the impact of earth and world drivers across scales, Monte Verita, Switzerland
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      2019 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Gene functions in natura - approaches using machine learning and mutants to analyze phenome, transcriptome and ecological data in naturally fluctuating environments2018

    • Author(s)
      Kentaro K. Shimizu
    • Organizer
      The 41th Annual Meeting of the Molecular Biology Society of Japan, Yokoham
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      2018 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Remarks] 野外環境における植物の開花メカニズムを解明 ~『Nature Plants』に掲載~

    • URL

      https://www.yokohama-cu.ac.jp/news/2018/201809shimizu_np.html

    • Related Report
      2018 Annual Research Report

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Published: 2018-04-23   Modified: 2021-01-27  

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