• Search Research Projects
  • Search Researchers
  • How to Use
  1. Back to previous page

Unraveling the catalytic mechanisms of Ni-prosthetic-group F430 biosynthetic enzymes

Publicly Offered Research

Project AreaCreation of Complex Functional Molecules by Rational Redesign of Biosynthetic Machineries
Project/Area Number 19H04639
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Science and Engineering
Research InstitutionSaitama University

Principal Investigator

藤城 貴史  埼玉大学, 理工学研究科, 准教授 (20740450)

Project Period (FY) 2019-04-01 – 2021-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2020)
Budget Amount *help
¥7,540,000 (Direct Cost: ¥5,800,000、Indirect Cost: ¥1,740,000)
Fiscal Year 2020: ¥3,770,000 (Direct Cost: ¥2,900,000、Indirect Cost: ¥870,000)
Fiscal Year 2019: ¥3,770,000 (Direct Cost: ¥2,900,000、Indirect Cost: ¥870,000)
Keywords生合成 / ニッケル / 補酵素 / X線結晶構造解析 / 反応中間体 / 補因子 / coenzyme F430 / 反応機構 / 補欠分子族
Outline of Research at the Start

ニッケルは、通常生物にとっては毒ですが、一部の生物は「F430」と呼ばれる補因子の形で、細胞内でのエネルギー獲得に積極的に利用しています。そこで、F430の生合成酵素に注目し、その酵素が細胞内にごく微量しか存在しないニッケルを巧みに利用する仕組みを解明するともに、細胞内でその酵素を遺伝子工学的に作り変えることで、F430をベースとした新たなニッケル化合物を産生し、その酵素触媒としての利用可能性を示します。

Outline of Annual Research Achievements

環状テトラピロール型金属補因子は、ヘムやビタミンB12に代表される化合物群であり、酵素の活性中心などで広く利用されている。環状テトラピロール型金属補因子の基本構造は、環状テトラピロールの中央の穴に金属イオンが結合した、金属錯体型構造を取っており、環状テトラピロールと金属イオンの組み合わせにより、多様な機能が発現することから、魅力的な化合物群である。ごく最近、希少金属であるニッケルイオンを利用した珍しい環状テトラピロール型金属補因子「補酵素F430」の生合成cfbABCDE遺伝子群が同定され、それらがコードする生合成酵素の仕組みが注目されている。
本研究では、古細菌特有のニッケル含有環状テトラピロール型金属補因子である「補酵素F430」の生合成酵素のうち、最も重要なニッケルを基質とするCfbA酵素の分子機構解明を目指した。CfbAは、ニッケルイオンを、基質である環状テトラピロール「シロヒドロクロリン」に結合させ、生合成中間体「ニッケル-シロヒドロクロリン」を合成する。CfbAの基質、生成物結合型、および、反応中間体型のX線結晶構造解析を行い、活性部位に基質が結合したのち、酵素-基質-ニッケルの3者複合体型Ni錯体が形成することで、生成物を生み出すユニークな触媒機構が明らかとなった。さらに、様々な古細菌のCfbAのアミノ酸配列を用いた分子系統解析から、CfbAがII型キラターゼの祖先型であること、また、CfbAのHis-rich領域の有無により、さらにType I とType II のCfbAに細かく分類可能であることが明らかとなった。興味深いことに、Type I とType IIのCfbA 分類は、古細菌であるメタン菌の16S rRNA分子系統解析におけるclass I、class IIの分かれ方と一致しており、メタン菌の進化とCfbAの関連が示された。

Research Progress Status

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(2 results)
  • 2020 Annual Research Report
  • 2019 Annual Research Report
  • Research Products

    (5 results)

All 2021 2020 2019

All Journal Article (2 results) (of which Peer Reviewed: 2 results,  Open Access: 1 results) Presentation (1 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results) Book (2 results)

  • [Journal Article] The nickel-sirohydrochlorin formation mechanism of the ancestral class II chelatase CfbA in coenzyme F430 biosynthesis2021

    • Author(s)
      Fujishiro Takashi、Ogawa Shoko
    • Journal Title

      Chemical Science

      Volume: 12 Issue: 6 Pages: 2172-2180

    • DOI

      10.1039/d0sc05439a

    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Structure of sirohydrochlorin ferrochelatase SirB: the last of the structures of the class II chelatase family2019

    • Author(s)
      Fujishiro Takashi、Shimada Yukino、Nakamura Ryosuke、Ooi Miho
    • Journal Title

      Dalton Transactions

      Volume: 48 Issue: 18 Pages: 6083-6090

    • DOI

      10.1039/c8dt04727h

    • Related Report
      2019 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Structure-function relationship of sirohydrochlorin ferrochelatase SirB2019

    • Author(s)
      T. Fujishiro, Y. Shimada, R. Nakamura, M. Ooi
    • Organizer
      19th International Conference on Biological Inorganic Chemistry (ICBIC19)
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Book] Bioorganometallic Chemistry, Part I: chapter 2 Hydrogen development2020

    • Author(s)
      Wolfgang Weigand, Ulf-Peter Apfel, Marius Horch, Lenz Zebger and Takashi Fujishiro
    • Total Pages
      30
    • Publisher
      De Gruyter
    • ISBN
      9783110496505
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
  • [Book] Bioorganometallic Chemistry2020

    • Author(s)
      Prof. Dr. Wolfgang Weigand and Dr. Ulf-Peter Apfel, Ed.
    • Total Pages
      370
    • Publisher
      De Gruyter
    • ISBN
      9783110496505
    • Related Report
      2019 Annual Research Report

URL: 

Published: 2019-04-18   Modified: 2021-12-27  

Information User Guide FAQ News Terms of Use Attribution of KAKENHI

Powered by NII kakenhi