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Construction of biosynthetic platform based on metabolism logic of actinomycete and elucidation of the function of unknown biosynthetic gene

Publicly Offered Research

Project AreaCreation of Complex Functional Molecules by Rational Redesign of Biosynthetic Machineries
Project/Area Number 19H04666
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Science and Engineering
Research InstitutionInstitute of Physical and Chemical Research

Principal Investigator

高橋 俊二  国立研究開発法人理化学研究所, 環境資源科学研究センター, ユニットリーダー (30311608)

Project Period (FY) 2019-04-01 – 2021-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2020)
Budget Amount *help
¥7,800,000 (Direct Cost: ¥6,000,000、Indirect Cost: ¥1,800,000)
Fiscal Year 2020: ¥3,900,000 (Direct Cost: ¥3,000,000、Indirect Cost: ¥900,000)
Fiscal Year 2019: ¥3,900,000 (Direct Cost: ¥3,000,000、Indirect Cost: ¥900,000)
Keywords放線菌 / 一次代謝 / 二次代謝 / 天然化合物 / 合成生物学 / 代謝エンジニアリング / ポリケチド / テルペノイド / 生合成プラットフォーム / 生合成プラットホーム / 合成生物 / プロモーター改変
Outline of Research at the Start

放線菌Streptomyces reveromyceticusの中心代謝経路の解析データを収集することによって、培養後期に駆動する一次代謝酵素遺伝子のプロモーターを見出し、テルペノイド生産システム構築に活用する。また、バイパス酵素を用いた生合成基質の再合成系構築、テルペノイド特異的トランスポーター開発によって生産性向上を図り、未知遺伝子の機能解明及び新規化合物生産に適応できる高度な生合成プラットフォームを構築する。

Outline of Annual Research Achievements

植物・微生物は様々な有用化合物の宝庫であり、これらは医薬品など多岐に亘る需要がある。立体特異的な構造を有するため、大量生産には生物生産系の活用が必須である。近年、多くの微生物由来の二次代謝生合成遺伝子群の存在が判明しており、遺伝子資源を化合物資源へ変換する基盤の構築が必要である。本研究では、放線菌二次代謝生合成に繋がる鍵反応を一次代謝系から見出し天然化合物を高生産することを目的とした。
放線菌の二次代謝物の生産能力は、一次代謝からの前駆体生産能力との関連が予想されるが、一次代謝機構を詳細に検討した研究は少ない。そこで、安定同位体標識されたグルコースを用いた解糖系とペントースリン酸経路の寄与率の解析、質量分析手法を用いた細胞内タンパク質の同定と経時的な変動、及び一次代謝経路のメタボローム解析情報を統合した結果、ペントースリン酸経路、TCA回路には代謝中間産物が培養後期にも蓄積していた。この結果を基盤として、一次代謝経路によって生成される還元力NADPHの二次代謝生合成経路への供給に着目した。また、一次代謝経路で代謝される炭素源の消失を抑え、二次代謝物の生産を増強するために、TCA回路から炭素源を回収し、二次代謝系に再活用する反応にも着目した。
放線菌を用いて、関連する一次代謝酵素遺伝子の導入を行い、得られた形質転換体を用いて二次代謝物の生産評価を行った。テルペノイド及びポリケチドの骨格に由来する一次代謝系の前駆体は、アセチルCoAであることから、ボツリオコッセン、リベロマイシンの生産量を測定することで二次代謝生合成の増強を検証した。その結果、特にポリケチド化合物の生産増強には還元力の増強が有効であることが判明した。本研究援助により、放線菌二次代謝に関与する重要な一次代謝系を解明することに成功した。また、有用プロモーター及び排出システム開発については、今後の研究基盤を構築できた。

Research Progress Status

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(2 results)
  • 2020 Annual Research Report
  • 2019 Annual Research Report
  • Research Products

    (16 results)

All 2021 2020 2019 Other

All Journal Article (7 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Peer Reviewed: 7 results,  Open Access: 3 results) Presentation (7 results) Remarks (2 results)

  • [Journal Article] Identification of the kinanthraquinone biosynthetic gene cluster by expression of an atypical response regulator.2021

    • Author(s)
      Takao R, Sakai K, Koshino H, Osada H, Takahashi S.
    • Journal Title

      Biosci Biotechnol Biochem

      Volume: 85 Issue: 3 Pages: 714-721

    • DOI

      10.1093/bbb/zbaa082

    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] β-carboline chemical signals induce reveromycin production through a LuxR family regulator in Streptomyces sp. SN-593.2020

    • Author(s)
      Panthee S, Kito N, Hayashi T, Shimizu T, Ishikawa J, Hamamoto H, Osada H, Takahashi S.
    • Journal Title

      Sci Rep

      Volume: 10 Issue: 1 Pages: 10230-10230

    • DOI

      10.1038/s41598-020-66974-y

    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Developing Aspergillus niger as a cell factory for food enzyme production2020

    • Author(s)
      Li Cen、Zhou Jingwen、Du Guocheng、Chen Jian、Takahashi Shunji、Liu Song
    • Journal Title

      Biotechnology Advances

      Volume: 44 Pages: 107630-107630

    • DOI

      10.1016/j.biotechadv.2020.107630

    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Heterologous Expression of the Biosynthetic Gene Cluster for Verticilactam and Identification of Analogues2020

    • Author(s)
      Nogawa Toshihiko、Terai Atsutaka、Amagai Keita、Hashimoto Junko、Futamura Yushi、Okano Akiko、Fujie Manabu、Satoh Noriyuki、Ikeda Haruo、Shin-ya Kazuo、Osada Hiroyuki、Takahashi Shunji
    • Journal Title

      Journal of Natural Products

      Volume: 83 Issue: 12 Pages: 3598-3605

    • DOI

      10.1021/acs.jnatprod.0c00755

    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] β-carboline biomediators induce reveromycin production in Streptomyces sp. SN-593.2019

    • Author(s)
      Panthee S., Takahashi S.*, Hayashi T., Shimizu T, and Osada H.
    • Journal Title

      Sci. Rep.

      Volume: 9 Issue: 1 Pages: 5802-5802

    • DOI

      10.1038/s41598-019-42268-w

    • Related Report
      2019 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] An integrated screening system for the selection of exemplary substrates for natural and engineered cytochrome P450s2019

    • Author(s)
      Kanoh Naoki, Kawamata-Asano Ayano, Suzuki Kana, Takahashi Yusuke, Miyazawa Takeshi, Nakamura Takemichi, Moriya Takashi, Hirano Hiroyuki, Osada Hiroyuki, Iwabuchi Yoshiharu, Takahashi Shunji
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 9 Issue: 1 Pages: 18023-18023

    • DOI

      10.1038/s41598-019-54473-8

    • Related Report
      2019 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Aromatic butenolides produced by a soil ascomycete Auxarthron sp. KCB15F070 derived from a volcanic island2019

    • Author(s)
      Kim Jong Won、Son Sangkeun、Kim Gil Soo、Otaka Junnosuke、Miura Yuzuki、Muranaka Atsuya、Uchiyama Masanobu、Lee Jung-Sook、Jang Mina、Ko Sung-Kyun、Takahashi Shunji、Osada Hiroyuki、Jang Jae-Hyuk、Ahn Jong Seog
    • Journal Title

      Tetrahedron Letters

      Volume: 60 Issue: 45 Pages: 151227-151227

    • DOI

      10.1016/j.tetlet.2019.151227

    • Related Report
      2019 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Presentation] デカリン合成酵素Phm7およびFsa2のin vitroアッセイ系の構築2021

    • Author(s)
      加藤直樹、藤山敬介、野川俊彦、長田裕之、永野真吾、高橋俊二
    • Organizer
      日本農芸化学会
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] 一次代謝関連遺伝子の導入によるリベロマイシン生産改善2020

    • Author(s)
      高木海、白井智量、岡村英治、近藤昭彦、長田裕之、高橋俊二
    • Organizer
      日本農芸化学会
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] BACを利用した200 kb を超えるquinoliidomicin生合成遺伝子クラスターの異種発現2020

    • Author(s)
      橋本拓哉、橋本絢子、小曽根郁子、酒井紀子、高橋俊二、池田治生、新家一男
    • Organizer
      日本農芸化学会
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] 放線菌異種発現によるverticilactam新規類縁体の生産と単離・構造決定2020

    • Author(s)
      野川俊彦、寺井淳高、新家一男、池田治生、高橋俊二、長田裕之
    • Organizer
      日本農芸化学会
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] Identification of the pyrrolizilactone biosynthetic gene cluster in Pleosporales sp. RKB35642019

    • Author(s)
      Naoki Kato, Sayaka Hirosawa, Toshihiko Nogawa, Kiyomi Kinugasa, Hiroyuki Osada, Shunji Takahashi
    • Organizer
      第10回 日韓ケミカルバイオロジーシンポジウム
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] リベロマイシン生合成に関わるサクシニル転移酵素の機能解析2019

    • Author(s)
      鬼頭奈央子、佐藤裕美、奥村英夫、熊坂崇、長田裕之、高橋俊二
    • Organizer
      日本放線菌学会
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] 新規複合糖質研究ツール2: 代謝耐性型糖鎖アナログの簡便合成とその機能2019

    • Author(s)
      平井剛、木谷憲昭、加藤直樹、日高悠、森山貴博、臼井一晃、寄立麻琴、高橋俊二
    • Organizer
      糖質学会
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Remarks] 環境資源科学研究センター 天然物生合成研究ユニット

    • URL

      http://www.csrs.riken.jp/jp/labs/npbu/index.html

    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Remarks] 天然物生合成研究ユニット

    • URL

      http://www.npbrt.riken.jp/

    • Related Report
      2019 Annual Research Report

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Published: 2019-04-18   Modified: 2021-12-27  

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