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small RNA-mediated regulation of chromatin potential and gene expression

Publicly Offered Research

Project AreaChromatin potential for gene regulation
Project/Area Number 19H05268
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Biological Sciences
Research InstitutionKeio University

Principal Investigator

岩崎 由香  慶應義塾大学, 医学部(信濃町), 准教授 (80612647)

Project Period (FY) 2019-04-01 – 2021-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2020)
Budget Amount *help
¥8,580,000 (Direct Cost: ¥6,600,000、Indirect Cost: ¥1,980,000)
Fiscal Year 2020: ¥4,290,000 (Direct Cost: ¥3,300,000、Indirect Cost: ¥990,000)
Fiscal Year 2019: ¥4,290,000 (Direct Cost: ¥3,300,000、Indirect Cost: ¥990,000)
Keywords非コードRNA / ゲノム高次構造 / 核局在 / 転写制御 / クロマチン制御 / ヘテロクロマチン形成 / エピゲノム制御 / 時系列変化 / ヘテロクロマチン
Outline of Research at the Start

正常な細胞活動や疾患の原因として、タンパク質に翻訳されない小さなRNA(小分子RNA)が大きな役割を果たす。そうした小さなRNAの1グループであるpiRNAは、個体発生や生命の次世代継承にとって重大な脅威となるトランスポゾンの転写抑制を行う。我々はこれまでの研究を通して、このpiRNAによるトランスポゾンの転写抑制が、クロマチン凝集を介するものであることを解明してきた。本研究では、piRNAが形成するクロマチン状態の包括的な解析と関連因子のスクリーニングをオミクス解析技術により行い、さらに、個々の因子の詳細な機能解析を生化学実験により行うことで、piRNAによるクロマチンポテンシャルと遺伝子発現の制御機構を明らかにする。

Outline of Annual Research Achievements

本研究では、小分子RNAが制御するクロマチンポテンシャルの全貌と分子機構の詳細を解明を目指している。前年度までの研究成果から、Piwi-piRNAは局所的な標的トランスポゾンの抑制に止まらず、標的トランスポゾン周辺ゲノム領域のヒストン修飾状態、さらにはゲノムの高次構造や核内局在の変化を誘導することで、ゲノムワイドなクロマチンポテンシャルと遺伝子発現を制御することを見出した。本年度は、Piwiタンパク質ノックダウン時に起こるヒストン修飾、核内局在、ゲノム三次元構造など様々な階層での制御が互いにどのような関係性にあるかを解析し、時系列でのヘテロクロマチン形成過程を明らかにした。先行研究にて構築した、Piwi-piRNAによるヘテロクロマチン形成を人工的に再現し、時系列で観察する実験系を用いて(Iwasaki and Murano et al., EMBOJ 2019)、Piwi-piRNAによるトランスポゾンの転写制御は、まずPolIIの制御と活性型ヒストン修飾の除去にはじまり、次にH3K9me3修飾やH1のクロマチン結合が起こるという複数のステップを観察することができた。これを発展させ、piRNA標的ゲノム領域の核内位置関係をOligo-FISH解析により時系列で同定した。加えて、Piwiノックダウン時に観察されるゲノム高次構造の変化は、抑制性ヒストン修飾の変化と相関することを明らかにした。これらの結果から、Piwi-piRNAによる制御は、まず核内配置の変化および活性型ヒストン修飾の除去からはじまり、それがH3K9me3修飾の付加やゲノム三次元構造の変化につながるという段階的なヘテロクロマチン形成を明らかにすることができた。

Research Progress Status

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(2 results)
  • 2020 Annual Research Report
  • 2019 Annual Research Report
  • Research Products

    (14 results)

All 2021 2020 2019 Other

All Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 2 results,  Open Access: 3 results) Presentation (10 results) (of which Int'l Joint Research: 6 results,  Invited: 4 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Hamster PIWI proteins bind to piRNAs with stage-specific size variations during oocyte maturation2021

    • Author(s)
      Ishino Kyoko、Hasuwa Hidetoshi、Yoshimura Jun、Iwasaki Yuka W、Nishihara Hidenori、Seki Naomi M、Hirano Takamasa、Tsuchiya Marie、Ishizaki Hinako、Masuda Harumi、Kuramoto Tae、Saito Kuniaki、Sakakibara Yasubumi、Toyoda Atsushi、Itoh Takehiko、Siomi Mikiko C、Morishita Shinichi、Siomi Haruhiko
    • Journal Title

      Nucleic Acids Research

      Volume: 49 Issue: 5 Pages: 2700-2720

    • DOI

      10.1093/nar/gkab059

    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Production of functional oocytes requires maternally expressed PIWI genes and piRNAs in golden hamsters2021

    • Author(s)
      Hasuwa Hidetoshi、Iwasaki Yuka W.、Wan Kin Au Yeung、Ishino Kyoko、Masuda Harumi、Sasaki Hiroyuki、Siomi Haruhiko
    • Journal Title

      bioRxiv

      Volume: -

    • DOI

      10.1101/2021.01.27.428354

    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Open Access
  • [Journal Article] Nuclear RNA export factor variant initiates piRNA-guided co-transcriptional silencing2019

    • Author(s)
      Murano, K., Iwasaki Y.W., Ishizu H., Mashiko, A., Shibuya, A., Kondo, S., Adachi, S., Suzuki, S., Saito, K., Natsume, T., Siomi, M.C., Siomi, H.
    • Journal Title

      The EMBO Journal

      Volume: 印刷中 Issue: 17 Pages: 1-20

    • DOI

      10.15252/embj.2019102870

    • Related Report
      2019 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] Piwi-piRNA mediated silencing induces step-wise nuclear architectural changes2021

    • Author(s)
      Yuka W. Iwasaki
    • Organizer
      JSDB/APDBN Symposium, Virtual conference
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Nuclear architectural changes during the establishment of Piwi-piRNA mediated silencing2020

    • Author(s)
      Yuka W. Iwasaki
    • Organizer
      第43回日本分子生物学会年会
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] Regulation of non-coding genome: Transposable element silencing by PIWI-piRNAs2020

    • Author(s)
      Yuka W. Iwasaki
    • Organizer
      ASMI BioInfo Summer 2020
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Piwi-piRNA silencing-coupled changes of nuclear architecture in Drosophila2019

    • Author(s)
      Yuka W. Iwasaki
    • Organizer
      Chromosome Dynamics Meeting 2019
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Impact of Piwi-piRNA mediated transcriptional silencing on nuclear architecture in Drosophila2019

    • Author(s)
      Yuka W. Iwasaki
    • Organizer
      第42回日本分子生物学会年会
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] Piwi-piRNA silencing-coupled changes of nuclear architecture in Drosophila2019

    • Author(s)
      Yuka W. Iwasaki
    • Organizer
      第21回日本RNA学会年会
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] ショウジョウバエPiwi-piRNAが制御する核内高次構造」第11回日本RNAi研究会年会2019

    • Author(s)
      岩崎由香
    • Organizer
      RNAi研究会年会
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] Piwi-piRNA silencing-coupled changes of nuclear architecture in Drosophila2019

    • Author(s)
      Yuka W. Iwasaki
    • Organizer
      International Symposium for Female Researchers in Chromatin Biology
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Piwi-piRNA silencing-coupled changes of nuclear architecture in Drosophila2019

    • Author(s)
      Yuka W. Iwasaki, Haruhiko Siomi
    • Organizer
      14th Asia Epigenome Meeting (AEM) / 3rd Taipei Epigenetics and Chromatin Meeting
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Piwi-piRNA silencing-coupled changes of nuclear architecture in Drosophila2019

    • Author(s)
      Yuka W. Iwasaki, Haruhiko Siomi
    • Organizer
      Keystone Symposia: Small Regulatory RNAs
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Remarks] 今月のサイエンス

    • URL

      http://www.med.keio.ac.jp/spotlight/2019/11/58-66506/

    • Related Report
      2019 Annual Research Report

URL: 

Published: 2019-04-18   Modified: 2021-12-27  

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