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Spatiotemporal regulation of proteolysis based on photoreversible protein labeling technology

Publicly Offered Research

Project AreaNew frontier for ubiquitin biology driven by chemo-technologies
Project/Area Number 19H05284
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Complex systems
Research InstitutionTohoku University

Principal Investigator

水上 進  東北大学, 多元物質科学研究所, 教授 (30420433)

Project Period (FY) 2019-04-01 – 2021-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2020)
Budget Amount *help
¥8,060,000 (Direct Cost: ¥6,200,000、Indirect Cost: ¥1,860,000)
Fiscal Year 2020: ¥4,030,000 (Direct Cost: ¥3,100,000、Indirect Cost: ¥930,000)
Fiscal Year 2019: ¥4,030,000 (Direct Cost: ¥3,100,000、Indirect Cost: ¥930,000)
Keywords蛋白質分解 / PROTAC / フォトスイッチ化合物 / 蛋白質ラベル化技術 / フォトスイッチ / ユビキチン / 光制御 / ユビキチン化
Outline of Research at the Start

本研究では、研究代表者らが最近開発したリガンドの結合/ 解離を光制御が可能な蛋白質ラベル化技術をユビキチン研究に応用し、生細胞内に発現する標的蛋白質を高い時空間分解能で分解する技術の開発を行う。光を用いることで、細胞内の標的蛋白質を特定のタイミングで特定の細胞あるいは細胞内の特定のオルガネラや部位のみで分解することができる。この蛋白質ラベル化技術を、蛋白質分解制御技術( PROTACs およびSNIPERs)と融合させることで定量的かつ時空間的な機能解析が可能となり、ユビキチンシステムの理解を目指す多様な研究への展開が可能となる。

Outline of Annual Research Achievements

ユビキチン-プロテアソームシステム(UPS)を利用して細胞内蛋白質を選択的に分解するPROTACs やSNIPERs などのシステムは、標的タンパク質に結合するリガンドとE3リガーゼに結合するリガンドを連結した二官能性分解誘導剤を用いて、標的蛋白質のポリユビキチン化ならびに分解を誘導する。近年、これらのシステムの創薬応用も始まっているが、最適な分解誘導剤濃度は細胞種やトランスポーター発現量など様々な要因で変動する為、分解の精密制御は必ずしも容易ではなく、細胞内局所での標的蛋白質分解や、細胞ごとに異なるタイミングでの分解制御等の高次応用は達成されていない。そこで、本研究ではUPS を利用した蛋白質分解を可逆的に光制御する技術を開発することを目的に研究を行った。本年度は細胞内で標的とするeDHFRの分解を引き起こすPROTACの作製を行った。ユビキチンE3リガーゼの一つCRBNの基質であるレナリドミドとeDHFRの基質トリメトプリム(TMP)を適当な長さのリンカーでつないだ二官能性リガンド(PROTAC)を合成し、eDHFRの安定発現細胞株の培養液に添加し、ウェスタンブロットによりeDHFRの分解を調べた。その結果、リンカー長に依存して分解活性が変化するものの、十分な分解活性を示すPROTACが得られた。別途開発中のeDHFRのフォトスイッチリガンドとレナリドミドを連結した光応答性PROTACについては現在合成中である。その他、非可逆的に光で活性化する蛋白質ラベル化技術を開発し、細胞内で標的蛋白質を光連結する細胞内局所に局在化させる技術を開発し、論文発表並びにプレス発表を行った。

Research Progress Status

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(2 results)
  • 2020 Annual Research Report
  • 2019 Annual Research Report
  • Research Products

    (19 results)

All 2021 2020 2019 Other

All Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 3 results,  Open Access: 1 results) Presentation (14 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 3 results) Remarks (2 results)

  • [Journal Article] Protocol for synthesis and use of a turn-on fluorescent probe for quantifying labile Zn2+ in the Golgi apparatus in live cells2021

    • Author(s)
      Kowada Toshiyuki、Watanabe Tomomi、Liu Rong、Mizukami Shin
    • Journal Title

      STAR Protocols

      Volume: 2 Issue: 2 Pages: 100395-100395

    • DOI

      10.1016/j.xpro.2021.100395

    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Optical Manipulation of Subcellular Protein Translocation Using a Photoactivatable Covalent Labeling System2021

    • Author(s)
      Kowada Toshiyuki、Arai Keisuke、Yoshimura Akimasa、Matsui Toshitaka、Kikuchi Kazuya、Mizukami Shin
    • Journal Title

      Angewandte Chemie International Edition

      Volume: 60 Issue: 20 Pages: 11378-11383

    • DOI

      10.1002/anie.202016684

    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Quantitative Imaging of Labile Zn2+ in the Golgi Apparatus Using a Localizable Small-Molecule Fluorescent Probe2020

    • Author(s)
      Kowada Toshiyuki、Watanabe Tomomi、Amagai Yuta、Liu Rong、Yamada Momo、Takahashi Hiroto、Matsui Toshitaka、Inaba Kenji、Mizukami Shin
    • Journal Title

      Cell Chemical Biology

      Volume: 27 Issue: 12 Pages: 1521-1531

    • DOI

      10.1016/j.chembiol.2020.09.003

    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 細胞機能を探索するための 光応答性プローブの開発2021

    • Author(s)
      水上進
    • Organizer
      日本薬学会第141年会一般シンポジウム「タンパク質高速分子動画に向けた光薬理学の新展開」
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 蛋白質ラベル化に基づく 細胞内分子の計測と制御2021

    • Author(s)
      水上進
    • Organizer
      新学術領域「生命金属科学」領域会議第1回地方巡業(仙台)
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] Subcellular Labeling Performances of Tetrazine-trans-Cyclooctene Cycloadditions and Their Products2020

    • Author(s)
      Ira Novianti, Toshiyuki Kowada, Shin Mizukami
    • Organizer
      第20回東北大学多元物質科学研究所研究発表会
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] Escherichia coli dihydrofolate reductase-selective photoswitchable inhibitors enabling reversible optical control of protein labeling2020

    • Author(s)
      Himadri Sekhar Sarkar, Takato Mashita, Toshiyuki Kowada, Ming Ming Yem, Satoshi Watanabe, Kenji Inaba, Toshitaka Matsui, Shin Mizukami
    • Organizer
      第20回東北大学多元物質科学研究所研究発表会
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] 光可逆的な蛋白質ラベル化を可能とするリガンドの開発2020

    • Author(s)
      間下 貴斗, 小和田 俊行, SARKAR S. Himadri, 高橋 泰人, 松井 敏高, 水上 進
    • Organizer
      第31回万有仙台シンポジウム
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] 標的タンパク質への親和性を光制御可能なフォトクロミックリガンドの開発2020

    • Author(s)
      間下 貴斗, 小和田 俊行, Himadri S. SARKAR, 高橋 泰人, 松井 敏高, 水上 進
    • Organizer
      第14回バイオ関連化学シンポジウム
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] 光応答性タンパク質ラベル化リガンドの開発2020

    • Author(s)
      間下 貴斗, 小和田 俊行, SARKAR Himadri S., 高橋 泰人, 松井 敏高, 水上 進
    • Organizer
      日本化学会 第100春季年会
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] 蛋白質ラベル化技術を用いた生体分子の可視化と機能制御2019

    • Author(s)
      水上 進
    • Organizer
      32回XFEL構造生物学ミーティング
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 光可逆的な蛋白質ラベル化技術を指向した機能性小分子の開発2019

    • Author(s)
      間下 貴斗, 小和田 俊行, 高橋 泰人, 松井 敏高, 水上 進
    • Organizer
      生体機能関連化学部会若手の会 第31回サマースクール
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] Development of photoswitchable compounds that selectively bind to Escherichia coli dihydrofolate reductase2019

    • Author(s)
      Takato Mashita, Toshiyuki Kowada, Hiroto Takahashi, Toshitaka Matsui, Shin Mizukami
    • Organizer
      Tohoku University's Chemistry Summer School 2019
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 光可逆的蛋白質ラベル化を可能とする生体直交性リガンドの開発2019

    • Author(s)
      間下 貴斗, 小和田 俊行, 高橋 泰人, 松井 敏高, 水上 進
    • Organizer
      第13回バイオ関連化学シンポジウム
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] 光活性化型タンパク質ラベル化技術を用いた生体分子の局在制御2019

    • Author(s)
      鈴木 理志, 小和田 俊行, 荒井 啓介, 吉村 彰真, 松井 敏高, 菊地 和也, 水上 進
    • Organizer
      第13回バイオ関連化学シンポジウム
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] 機能性分子ラベル化に基づく細胞機能解析2019

    • Author(s)
      水上 進
    • Organizer
      ダイナミック・アライアンス 生命機能 物質・デバイスシステム G3分科会
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] Development of photochromic ligands that enable photoreversible protein labeling2019

    • Author(s)
      Takato Mashita, Toshiyuki Kowada, Hiroto Takahashi, Toshitaka Matsui, Shin Mizukami
    • Organizer
      Chemical Biology and Physiology Conference 2019
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Remarks] 東北大学多元物質科学研究所細胞機能分子化学研究分野

    • URL

      http://www2.tagen.tohoku.ac.jp/lab/mizukami/

    • Related Report
      2020 Annual Research Report 2019 Annual Research Report
  • [Remarks] プレスリリース:光と分子を使って生きた細胞内の蛋白質を自在に連結

    • URL

      http://www2.tagen.tohoku.ac.jp/lab/news_press/20210408/

    • Related Report
      2020 Annual Research Report

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Published: 2019-04-18   Modified: 2021-12-27  

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