Publicly Offered Research
Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)
人類が生態系の頂点に立っている理由の一つとして、植物の栽培化が挙げられる。そのため、様々な国で構築され続けている栽培品種にどういう遺伝子が人為的に選択されたのかは、その国に住んでいる人々の分化を理解するための有効な手段となる。本研究で着目するダイコンは、日本において地域特有の100品種以上の栽培品種が登録されている。本研究では、日本のダイコンの栽培品種だけに絞って、いつ、どのように過程で栽培品種が生じたのか、を明らかにすること目指す。ダイコンの栽培化の歴史を理解することは、日本の様々な地域に住むヤポネシアの歴史・発展を理解することに貢献すると考えている。
国内のダイコンの栽培品種の栽培化過程を理解することは、ヤポネシアの移動・歴史・発展を理解することに繋がると考えた。そこで、本研究では、日本のダイコンの栽培品種が、どのような過程で生じたのかを明らかにすること目指す。先行研究で実施した計164個体の加えて、8個の公開済みのダイコンの次世代シークエンスデータを、野生ダイコンのゲノムにBWAでマッピングし、GATKを用い、5%以上の個体で変異が存在するSNPを決定した。その後、二種類以上のSNPがある領域を削除した、全個体で塩基が決定された高精度の353,407個のSNPデータの構築に成功した。全SNPを用いて、近隣結合法で分子系統樹を構築した結果、世界の栽培品種の中で、日本の栽培系統は、日本の野生系統と共に大きな系統グループを形成した。この結果は、小林らが2020年に報告した結果と矛盾しない（Kobayashi et al. 2020. DNA Research）。また、日本のグループの中でも、沖縄の野生系統と本州の野生系統が分かれ、日本の栽培品種は主に、本州の野生種系統から派生していることを明らかにした。さらに、日本の集団が多様化した年代は、Fastsimcoal2とTreeTimeで、1万年前と、おおよそ一致していた。この結果は、日本に存在する野生ダイコンは、野生種として日本に侵入した可能性が高いことが強く示唆される。そして、図４の系統解析の結果から、野生種の一部から、日本栽培ダイコンがヤポネシア人によって、栽培化されたと考えられた。しかし、現在でも頻繁に野生種と栽培種で遺伝子流動が頻繁に起きているため、日本の栽培品種の正確な分岐年代の推定は困難であった。
令和2年度が最終年度であるため、記入しない。
All 2021 2019
All Journal Article (2 results) (of which Peer Reviewed: 1 results, Open Access: 1 results) Presentation (2 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results, Invited: 2 results)
Genome Research
Volume: 31 Issue: 6 Pages: 1060-1068
10.1101/gr.271726.120
Frontiers in Plant Science
Volume: 10 Pages: 1567-1567
10.3389/fpls.2019.01567
