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Understanding cell-sized space effects of multi-molecular crowding on biomolecular systems

Publicly Offered Research

Project AreaChemical Approaches for Miscellaneous / Crowding Live Systems
Project/Area Number 20H04717
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Science and Engineering
Research InstitutionKeio University

Principal Investigator

藤原 慶  慶應義塾大学, 理工学部(矢上), 講師 (20580989)

Project Period (FY) 2020-04-01 – 2022-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2021)
Budget Amount *help
¥4,940,000 (Direct Cost: ¥3,800,000、Indirect Cost: ¥1,140,000)
Fiscal Year 2021: ¥2,470,000 (Direct Cost: ¥1,900,000、Indirect Cost: ¥570,000)
Fiscal Year 2020: ¥2,470,000 (Direct Cost: ¥1,900,000、Indirect Cost: ¥570,000)
Keywords合成生物学 / 高分子混雑 / 細胞サイズ空間 / 細胞再構成 / 無細胞転写翻訳系 / 人工細胞 / 生命システム / 相転移
Outline of Research at the Start

「細胞サイズの空間でのみ顕在化する分子夾雑による生命システム動態変化」の一般性とより詳細なメカニズムについて、人工細胞と生命システム再構成系を活用することで迫る。本研究は、構成論的な立場から細胞サイズ空間において分子夾雑が生命システムの維持や機能に必要な側面を描き出すものであり、生命の設計図の解明や、従来の細胞解析では困難であった『分子夾雑が細胞内の生命化学を制御するメカニズムの解明』につながることが期待される。

Outline of Annual Research Achievements

細胞サイズの空間でのみ顕在化する分子夾雑による生命システム動態変化の一般性とより詳細なメカニズムについて、人工細胞と生命システム再構成系を活用することで迫ることを目的としている。

昨年度までに、細胞サイズ空間効果によって生じる膜局在の顕在化や生化学システムの動態転移が生じる理由は、要素依存ではなく、多くのタンパク質が有する普遍的な機能であることが示された。本年度GFP融合タンパク質や人工タンパク質を用いて詳細に解析したところ、この効果の強さは脂質膜への非特異的な吸着の強さに関係していた。これらの結果は、PUREシステムを用いた系でも同様だった。特にPUREシステムではGFP合成量と細胞サイズの比較から、細胞サイズ空間効果をクリアに示すことができた。数種のタンパク質を用いた競合実験の結果から、細胞サイズ空間効果により膜局在が促進されること、膜が共通要素となることで枯渇資源となり、膜結合分子間で競合することが分子夾雑効果の本質であることが明らかになった。常微分方程式を用いた理論解析からこの結論が裏付けられると同時に、細胞サイズ空間におけるタンパク質の局在と機能は、細胞内の様々な膜結合力を持つタンパク質間の膜結合の競合の経過として、すなわち分子夾雑の種類によって、相対的に決定されることが示唆された。これらの結果は細胞において、分子夾雑の度合いが分子配置や生化学システムの振る舞いを制御し、正常な機能を担保していることを示した。

Research Progress Status

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(2 results)
  • 2021 Annual Research Report
  • 2020 Annual Research Report
  • Research Products

    (26 results)

All 2022 2021 2020

All Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 3 results,  Open Access: 1 results) Presentation (23 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 2 results)

  • [Journal Article] Transcription-translation of the Escherichia coli genome within artificial cells2021

    • Author(s)
      Deyama Tatsuki、Matsui Yukino、Chadani Yuhei、Sekine Yasuhiko、Doi Nobuhide、Fujiwara Kei
    • Journal Title

      Chemical Communications

      Volume: 57 Issue: 80 Pages: 10367-10370

    • DOI

      10.1039/d1cc04401j

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A relationship between NTP and cell extract concentration for cell-free protein expression2021

    • Author(s)
      K Takahashi, G Sato, N Doi, K Fujiwara
    • Journal Title

      Life

      Volume: 11 Issue: 3 Pages: 237-237

    • DOI

      10.3390/life11030237

    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Conformational equilibrium of MinE regulates the allowable concentration ranges of a protein wave for cell division2020

    • Author(s)
      Shunshi Kohyama, Kei Fujiwara, Natsuhiko Yoshinaga, Nobuhide Doi
    • Journal Title

      Nanoscale

      Volume: 12 Issue: 22 Pages: 11960-11970

    • DOI

      10.1039/d0nr00242a

    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 精製因子によるゲノム転写翻訳産物の網羅的解析2022

    • Author(s)
      松井ゆきの、丹羽達也、田口英樹、土居信英、藤原慶
    • Organizer
      第16回無細胞生命科学研究会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] Common Elements Effects Revealed by a Reconstitution of Glycolysis-Protein Synthesis Coupling by Defined Factors2021

    • Author(s)
      Gaku Sato, Saki Kinoshita, Takahiro G. Yamada, Akira Funahashi, Nobuhide Doi, Kei Fujiwara
    • Organizer
      Pacifichem2021
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      2021 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 細胞を創る研究から考える微生物の生2021

    • Author(s)
      藤原慶
    • Organizer
      第44回日本分子生物学会
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      2021 Annual Research Report
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  • [Presentation] 人工細胞創成から見えたきた新しい生化学とその将来像2021

    • Author(s)
      藤原慶
    • Organizer
      大隅基礎科学創成財団 微生物CS グループ1 第5回定例会
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  • [Presentation] 精製因子によるゲノム転写翻訳系の再構成とその網羅的解析2021

    • Author(s)
      松井ゆきの、丹羽達也、田口英樹、土居信英、藤原慶
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      第17回大腸菌研究会
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  • [Presentation] 精製因子によるゲノム転写翻訳系の再構成とその網羅的解析2021

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      松井ゆきの、丹羽達也、田口英樹、土居信英、藤原慶
    • Organizer
      第59回生物物理学会
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  • [Presentation] 精製因子のもつゲノム転写翻訳能力の検証2021

    • Author(s)
      松井ゆきの、丹羽達也、田口英樹、土居信英、藤原慶
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      第44回日本分子生物学会
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  • [Presentation] Effect of multimolecular crowding on biochemical systems in cell size confinement2021

    • Author(s)
      西川早紀、光山隼史、土居信英、藤原慶
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      第44回日本分子生物学会
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  • [Presentation] 共通要素は解糖系とタンパク質合成系の共役再構成系の動態を制御する2021

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      佐藤岳、木下紗希、山田貴大、舟橋啓、土居信英、藤原慶
    • Organizer
      第59回生物物理学会
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  • [Presentation] 解糖系と転写翻訳系の共役再構成系で明かす生化学システムの共役動態2021

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      佐藤岳、木下紗希、山田貴大、舟橋啓、土居信英、藤原慶
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      第17回大腸菌研究会
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      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] 分子夾雑が制御する細胞サイズ空間内における生化学反応と分子局在2021

    • Author(s)
      西川早紀、光山隼史、土居信英、藤原慶
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      第17回大腸菌研究会
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      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] 解糖系を駆使して細胞の材料を創る2021

    • Author(s)
      佐藤岳、木下紗希、山田貴大、舟橋啓、土居信英、藤原慶
    • Organizer
      「細胞を創る」研究会14.0
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      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] 精製因子によるゲノム転写翻訳とその産物の解析2021

    • Author(s)
      松井ゆきの、丹羽達也、田口英樹、土居信英、藤原慶
    • Organizer
      「細胞を創る」研究会14.0
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      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] 生と死の境界:多段階表現型致死株と細胞再構成研究を例に2021

    • Author(s)
      藤原慶
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      「細胞を創る」研究会14.0
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      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] 精製因子によるゲノム転写翻訳系の再構成2021

    • Author(s)
      松井ゆきの、土居信英、藤原慶
    • Organizer
      第15回無細胞生命科学研究会
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      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] 解糖系とPURE systemの共役動態の解明2021

    • Author(s)
      佐藤岳、木下紗希、山田貴大、舟橋啓、土居信英、藤原慶
    • Organizer
      第15回無細胞生命科学研究会
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      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] 細胞分裂のためのMin波発生のモジュレーターとしての高分子混雑2020

    • Author(s)
      西川早紀、光山隼史、土居信英、藤原慶
    • Organizer
      第58回生物物理学会年会
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      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] 中程度の分子混雑による人工細胞に内包した生化学システムの制御2020

    • Author(s)
      西川早紀、光山隼史、土居信英、藤原慶
    • Organizer
      第43回日本分子生物学会年会
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      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] 転写翻訳系とゲノムが同種の無細胞ゲノム転写翻訳系の確立2020

    • Author(s)
      松井ゆきの、出山達貴、土居信英、藤原慶
    • Organizer
      第58回生物物理学会年会
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      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] ゲノム規模でのタンパク質発現原理の解明に向けた無細胞ゲノム転写翻訳系の構築2020

    • Author(s)
      松井ゆきの、出山達貴、土居信英、藤原慶
    • Organizer
      第43回日本分子生物学会年会
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      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] 解糖系と転写翻訳系の共役再構成系の構築および共通要素効果の解明2020

    • Author(s)
      佐藤岳、木下紗希、山田貴大、舟橋啓、土居信英、藤原慶
    • Organizer
      第43回日本分子生物学会年会
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      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] 解糖系と転写翻訳系の共役動態の解明2020

    • Author(s)
      佐藤岳、木下紗希、山田貴大、舟橋啓、土居信英、藤原慶
    • Organizer
      「細胞を創る」研究会13.0
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      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] 解糖系と転写翻訳系の共役動態の解明2020

    • Author(s)
      佐藤岳、木下紗希、山田貴大、舟橋啓、土居信英、藤原慶
    • Organizer
      第4回分子ロボティクス年次大会
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      2020 Annual Research Report

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Published: 2020-04-28   Modified: 2022-12-28  

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