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RNA modification and autophagy

Publicly Offered Research

Project AreaMultimode autophagy: Diverse pathways and selectivity
Project/Area Number 20H05309
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Biological Sciences
Research InstitutionTohoku University

Principal Investigator

魏 范研  東北大学, 加齢医学研究所, 教授 (90555773)

Project Period (FY) 2020-04-01 – 2022-03-31
Project Status Discontinued (Fiscal Year 2021)
Budget Amount *help
¥4,940,000 (Direct Cost: ¥3,800,000、Indirect Cost: ¥1,140,000)
Fiscal Year 2021: ¥2,470,000 (Direct Cost: ¥1,900,000、Indirect Cost: ¥570,000)
Fiscal Year 2020: ¥2,470,000 (Direct Cost: ¥1,900,000、Indirect Cost: ¥570,000)
KeywordsRNA / RNA修飾 / 核酸代謝 / オートファジー / 化学修飾 / 分泌
Outline of Research at the Start

近年、細胞内小器官のみならず、リボソームRNA (rRNA)といった核酸も選択的オートファジーにより分解され、飢餓状態での細胞生存に寄与することが明らかになりつつある。本研究は、rRNAやtRNAの分解で生じる多様な修飾ヌクレオシドが細胞外に分泌されるという現象に着目し、オートファジーよる修飾ヌクレオシドの産生と分泌の分子機構、更には液性因子としての作用を解明することにより、「オートファジーにより細胞外へ分泌される修飾ヌクレオシドは他の細胞に情報を伝える新しい概念の液性因子である」という概念の確立を目指す。

Outline of Annual Research Achievements

RNAは多様な化学修飾を含んでおり、転写後の遺伝子発現に不可欠である。一方、ほとんどのRNA修飾は脱修飾をされないため、RNAが1塩基まで代謝された後でも存在する。しかし、修飾を含むRNA塩基、すなわち修飾ヌクレオシドがどのような経路で細胞外に放出され、細胞外においてどのような作用を有するかが不明である。そこで本研究ではRNA分解後に生じる修飾ヌクレオシドの分泌機構ならびに細胞外における修飾ヌクレオシドの作用の解明を目的とした。
修飾ヌクレオシドの分泌機構について古典的な未修飾ヌクレオシドのトランスポーターであるENTファミリーに着目し、ENT1/2のノックアウト細胞を作成し細胞内外における修飾ヌクレオシドの動態を検討した結果、ENT1/2のノックアウト細胞内において修飾ヌクレオシドの顕著な蓄積が認められた。また、修飾ヌクレオシドが過剰に蓄積しているENT1/2欠損細胞では栄養条件に関わらずオートファジー応答が顕著に上昇し、野生型細胞ににおいて修飾ヌクレオシドの投与がオートファジーの強い応答を見られた。以上のことから、ENT1/2が修飾ヌクレオシドのトランスポーターであること、そして修飾ヌクレオシドがオートファジーを誘導しうることが示された。
一方、細胞外における修飾ヌクレオシドの作用を明らかにするため、修飾ヌクレオシドによるGPCRの活性化を網羅的に検討した。その結果、修飾ヌクレオシドの一種であるm6Aがアデノシン受容体の一種であるA3受容体を強力に活性化できることを発見した。m6AによるA3受容体の活性化は肥満細胞の脱顆粒を促進し、生体においてアレルギー応答ならびにサイトカインの発現更新を誘導した。これらの結果から、細胞外に分泌された修飾ヌクレオシドの一部は、液性因子として細胞機能を制御しうることが示された。

Research Progress Status

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(1 results)
  • 2021 Annual Research Report
  • Research Products

    (8 results)

All 2021 Other

All Journal Article (5 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 5 results,  Open Access: 3 results) Presentation (2 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 2 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] N6-methyladenosine (m6A) is an endogenous A3 adenosine receptor ligand2021

    • Author(s)
      Ogawa Akiko、Nagiri Chisae、Shihoya Wataru、Inoue Asuka、Kawakami Kouki、Hiratsuka Suzune、Aoki Junken、Ito Yasuhiro、Suzuki Takeo、Suzuki Tsutomu、Inoue Toshihiro、Nureki Osamu、Tanihara Hidenobu、Tomizawa Kazuhito、Wei Fan-Yan
    • Journal Title

      Molecular Cell

      Volume: 81 Issue: 4 Pages: 674-674

    • DOI

      10.1016/j.molcel.2020.12.038

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Loss of Ftsj1 perturbs codon-specific translation efficiency in the brain and is associated with X-linked intellectual disability2021

    • Author(s)
      Nagayoshi Y.、Chujo T.、Hirata S.、Nakatsuka H.、Chen C.-W.、Takakura M.、Miyauchi K.、Ikeuchi Y.、Carlyle B. C.、Kitchen R. R.、Suzuki T.、Katsuoka F.、Yamamoto M.、Goto Y.、Tanaka M.、Natsume K.、Nairn A. C.、Suzuki T.、Tomizawa K.、Wei F.-Y.
    • Journal Title

      Science Advances

      Volume: 7 Issue: 13

    • DOI

      10.1126/sciadv.abf3072

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Export of RNA-derived modified nucleosides by equilibrative nucleoside transporters defines the magnitude of autophagy response and Zika virus replication2021

    • Author(s)
      Shi Sheng-Lan、Fukuda Hiroyuki、Chujo Takeshi、Kouwaki Takahisa、Oshiumi Hiroyuki、Tomizawa Kazuhito、Wei Fan-Yan
    • Journal Title

      RNA Biology

      Volume: 18 Issue: sup1 Pages: 478-495

    • DOI

      10.1080/15476286.2021.1960689

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Protocol for preparation and measurement of intracellular and extracellular modified RNA using liquid chromatography-mass spectrometry2021

    • Author(s)
      Ogawa Akiko、Wei Fan-Yan
    • Journal Title

      STAR Protocols

      Volume: 2 Issue: 4 Pages: 100848-100848

    • DOI

      10.1016/j.xpro.2021.100848

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Cooperative methylation of human tRNA3Lys at positions A58 and U54 drives the early and late steps of HIV-1 replication2021

    • Author(s)
      Fukuda Hiroyuki、Chujo Takeshi、Wei Fan-Yan、Shi Sheng-Lan、Hirayama Mayumi、Kaitsuka Taku、Yamamoto Takahiro、Oshiumi Hiroyuki、Tomizawa Kazuhito
    • Journal Title

      Nucleic Acids Research

      Volume: 49 Issue: 20 Pages: 11855-11867

    • DOI

      10.1093/nar/gkab879

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] Modified RNA signaling and its pathophysiological implications2021

    • Author(s)
      魏范研
    • Organizer
      RNA modification and beyond
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] N6-methyladenosine (m6A) is an endogenous A3 adenosine receptor ligand2021

    • Author(s)
      小川亜希子、魏范研
    • Organizer
      第22回日本RNA学会年会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Invited
  • [Remarks] 東北大学加齢医学研究所モドミクス医学分野

    • URL

      https://www.modomics-medicine.com/

    • Related Report
      2021 Annual Research Report

URL: 

Published: 2020-04-28   Modified: 2022-12-28  

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