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Developmental regulatory network atlas under the clock control

Publicly Offered Research

Project AreaIntrinsic periodicity of cellular systems and its modulation as the driving force behind plant development
Project/Area Number 20H05411
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Biological Sciences
Research InstitutionNagoya University

Principal Investigator

中道 範人  名古屋大学, 生命農学研究科, 教授 (90513440)

Project Period (FY) 2020-04-01 – 2022-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2021)
Budget Amount *help
¥8,450,000 (Direct Cost: ¥6,500,000、Indirect Cost: ¥1,950,000)
Fiscal Year 2021: ¥4,290,000 (Direct Cost: ¥3,300,000、Indirect Cost: ¥990,000)
Fiscal Year 2020: ¥4,160,000 (Direct Cost: ¥3,200,000、Indirect Cost: ¥960,000)
Keywords植物 / 概日時計 / 周期 / 変調 / 化合物 / 花成 / 発生 / シロイヌナズナ / トランスクリプトーム / 低分子化合物 / オミクス
Outline of Research at the Start

概日時計の働きによって, 植物は変化する昼夜や季節環境に適応している. また植物は環境への適応の一環として形態を制御することも知られている. つまり, 植物は概日時計を利用して変化する環境に対して柔軟に発生過程を調節しているであろう.
本研究は, 我々が開発した時計周期調節化合物をシロイヌナズナに処理し, その後の形態変化をAI支援型の動画解析で俯瞰することで, 概日時計に影響を受ける発生過程を見出す. また周期調節化合物を処理した植物のRNAseq, 時計転写因子のChIPseq解析などによって, 時計が制御する発生パターンの分子基盤(時計依存的形成制御ネットワークアトラス)を提示する.

Outline of Annual Research Achievements

2020年度の時計周期変調化合物を利用した研究で示唆された、花成ホルモンを介さない時計による花芽形成制御の可能性を別の研究手法によって検討した。花成ホルモン遺伝子の変異体であるft tsf二重変異体に、ある時計遺伝子を過剰発現させ、花芽形成への影響を解析することを目的とした。ft tsf二重変異体は、超遅咲きであり、この株に対して形質転換をすること、またその次世代を取ることだけで10ヶ月を要した。形質転換後の孫世代(T2世代)での予備的な結果ではあるが、この時計遺伝子の過剰発現は、ft tsf二重変異体においても、花芽形成遺伝子を部分的に誘導することができていた。このことから、花成ホルモンを介さない時計による花芽形成制御の存在がより確かなものとなった。一方で、この時計遺伝子の過剰発現はft tsf二重変異体の中では、花成時期の早期化を引き起こさないことも分かったため、時計・光周期による花成ホルモンの誘導が、花成時期決定に対して必要不可欠であることも判明した。
時計による花芽形成のメカニズムを探るため、時計転写因子による花芽形成遺伝子の直接的制御の可能性を検討した。そのため、機能的な時計転写因子を発現する株を作成し、その株を用いてクロマチン免疫沈降を実施した。これまでテストしたいずれの時計転写因子も、花芽形成遺伝子の想定プロモーター領域には結合していない。
主要穀物において、時計遺伝子の変異が花芽形成時期の調節を介して栽培地域の拡大に寄与してきたことが知られている。これに関する最新の知見をまとめるとともに、時計遺伝子の変異の様式をとりまとめ、将来的なゲノム編集への指針を提言した(Maeda and Nakamichi, Plant Physiology, 2022)。

Research Progress Status

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(2 results)
  • 2021 Annual Research Report
  • 2020 Annual Research Report
  • Research Products

    (12 results)

All 2022 2021 2020 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (5 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 5 results,  Open Access: 4 results) Presentation (6 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 1 results)

  • [Int'l Joint Research] University of Southern California(米国)

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Journal Article] Phosphorylation of RNA Polymerase II by CDKC;2 Maintains the Arabidopsis Circadian Clock Period2022

    • Author(s)
      Uehara Takahiro N、Nonoyama Takashi、Taki Kyomi、Kuwata Keiko、Sato Ayato、Fujimoto Kazuhiro J、Hirota Tsuyoshi、Matsuo Hiromi、Maeda Akari E、Ono Azusa、Takahara Tomoaki T、Tsutsui Hiroki、Suzuki Takamasa、Yanai Takeshi、Kay Steve A、Itami Kenichiro、Kinoshita Toshinori、Yamaguchi Junichiro、Nakamichi Norihito
    • Journal Title

      Plant and Cell Physiology

      Volume: 63 Issue: 4 Pages: 450-462

    • DOI

      10.1093/pcp/pcac011

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Plant clock modifications for adapting flowering time to local environments2022

    • Author(s)
      Maeda Akari E、Nakamichi Norihito
    • Journal Title

      Plant Physiology

      Volume: in press Issue: 2 Pages: 952-967

    • DOI

      10.1093/plphys/kiac107

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] The singularity response reveals entrainment properties of the plant circadian clock2021

    • Author(s)
      Masuda Kosaku、Tokuda Isao T.、Nakamichi Norihito、Fukuda Hirokazu
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 12 Issue: 1 Pages: 864-864

    • DOI

      10.1038/s41467-021-21167-7

    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] The Transcriptional Network in the Arabidopsis Circadian Clock System2020

    • Author(s)
      Nakamichi Norihito
    • Journal Title

      Genes

      Volume: 11 Issue: 11 Pages: 1284-1284

    • DOI

      10.3390/genes11111284

    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] 有用品種から紐解く植物の概日時計メカニズム2020

    • Author(s)
      中道範人
    • Journal Title

      化学と生物

      Volume: 58 Pages: 646-648

    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 時計長周期化化合物と標的タンパクの結合モデル2022

    • Author(s)
      前田明里、松尾宏美、藤本和宏、木下俊則、山口潤一郎、中道範人
    • Organizer
      第63回日本植物生理学会年会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] 植物概日時計の温度補償性に関わるタンパク質の量的制御メカニズムの解析2022

    • Author(s)
      前田明里、松尾宏美、木下俊則、中道範人
    • Organizer
      第63回日本植物生理学会年会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] Small-molecule modulators of the plant clock2021

    • Author(s)
      Norihito Nakamichi
    • Organizer
      5th Asia Forum on Chronobiology
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] シロイヌナズナの概日時計における周期の温度補償性に関わるタンパク質の量的制御2021

    • Author(s)
      前田明里、松尾宏美、木下俊則、中道範人
    • Organizer
      第28回日本時間生物学会学術大会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] 時計撹乱化合物の作用機序2021

    • Author(s)
      中道範人, 松尾宏美, 大野梓, 前田明里, 佐藤綾人, 伊丹健一郎, 木下俊則, 山口潤一郎
    • Organizer
      第62回日本植物生理学会年会
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] シロイヌナズナの概日時計の温度補償性が減衰した変異体について2021

    • Author(s)
      前田明里, 松尾宏美, 木下俊則, 中道範人
    • Organizer
      第62回日本植物生理学会年会
    • Related Report
      2020 Annual Research Report

URL: 

Published: 2020-04-28   Modified: 2022-12-28  

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