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3D deep learning networks for automatic detection of mitotic cells in dynamic microscopic images

Publicly Offered Research

Project AreaIntrinsic periodicity of cellular systems and its modulation as the driving force behind plant development
Project/Area Number 20H05428
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Biological Sciences
Research InstitutionRitsumeikan University

Principal Investigator

陳 延偉  立命館大学, 情報理工学部, 教授 (60236841)

Project Period (FY) 2020-04-01 – 2022-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2021)
Budget Amount *help
¥7,800,000 (Direct Cost: ¥6,000,000、Indirect Cost: ¥1,800,000)
Fiscal Year 2021: ¥3,900,000 (Direct Cost: ¥3,000,000、Indirect Cost: ¥900,000)
Fiscal Year 2020: ¥3,900,000 (Direct Cost: ¥3,000,000、Indirect Cost: ¥900,000)
Keywords分裂細胞検出 / 非分裂細胞セグメンテーション / 深層学習 / 時間変化 / サイズ変化に頑健 / 4次元顕微鏡画像 / 細胞分裂 / 三次元ネットワーク / 時間ボリュームの対応付け / 自動検出 / 動態顕微鏡画像 / 時空間特徴
Outline of Research at the Start

本研究では、畳み込みニューラルネットワークとリカレントニューラルネットワークを組み合わせた人工知能手法を用いた三次元バイオ動態顕微鏡画像における細胞分裂の自動検出法を開発することを目的とする。具体的に以下の研究開発を行う。(1) Scale-insensitive detection:全スケール連結ネットワークを開発し、様々なサイズの細胞分裂を検出する。(2)Orientation-robust detection:三次元ネットワークを開発し、様々な方向に分裂する細胞を検出する。(3)Fast detection: ネットワークの軽量化モデルを開発し、高速に検出する。

Outline of Annual Research Achievements

バイオイメージング技術の飛躍的な進展により,大量なバイオイメージが得られるようになってきた. バイオイメージは3次元空間情報に加え, 動的時間情報ももつ. このような多次元画像から有効な特徴を自動的に抽出し,解析を行うことは,バイオイメージの表現型解析において重要な課題である. 本研究では,深層学習を用いた4次元動態顕微鏡画像における分裂細胞の自動検出法の開発を目的とし,以下の研究成果が得られた.
(1)時間変化を考慮に入れた細胞サイズ変化に頑健な深層学習手法を開発した. Recurrent Full-Scale Deep Layer Aggregation (RDLA++)というネットワークを提案し,近年注目されているCenterNetの検出部と融合することにより,高精度な動態顕微鏡画像における分裂細胞検出法を提案した. 既存法に比べ,高い検出精度を実現した. その成果はBMC Bioinformatics誌(IF 3.242)に掲載された.
(2)非分裂細胞のマスクラベルと分裂細胞の領域を塗りつぶしたラベルをラベル画像とし,深層学習セマンティックセグメンテーションネットワーク(U-Net)を用いて、画素ごとに3クラス分類することによって、非分裂細胞のセグメンテーションと分裂細胞の検出を同時に実現した. その成果は令和3年電気関係学会関西連合大会で発表した.
(3) 深層学習を用いて,成長する植物組織内部を撮影した顕微鏡動画における細胞のセグメンテーションと分裂細胞の検出を同時に実現する手法を開発した. 2021年度電気関係学会関西支部大会で発表し,奨励賞を受賞した.
(4) 植物顕微鏡画像における細胞の検出と追跡を行うシステムを開発した. その成果を2022年度電気学会知覚情報/次世代産業システム合同研究会で発表した.

Research Progress Status

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(2 results)
  • 2021 Annual Research Report
  • 2020 Annual Research Report
  • Research Products

    (11 results)

All 2023 2022 2021 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (2 results) (of which Peer Reviewed: 2 results,  Open Access: 1 results) Presentation (7 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Invited: 1 results) Book (1 results)

  • [Int'l Joint Research] 之江実験室(中国)

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  • [Journal Article] GND-PCA Method for Identification of Gene Functions Involved in Asymmetric Division of C. elegans2023

    • Author(s)
      Yang Sihai、Han Xian-Hua、Chen Yen-Wei
    • Journal Title

      Mathematics

      Volume: 11 Issue: 9 Pages: 2039-2039

    • DOI

      10.3390/math11092039

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Accurate and fast mitotic detection using an anchor-free method based on full-scale connection with recurrent deep layer aggregation in 4D microscopy images2021

    • Author(s)
      Titinunt Kitrungrotsakul, Yutaro Iwamoto, Satoko Takemoto, Hideo Yokota, Sari Ipponjima, Tomomi Nemoto, Lanfen Lin, Ruofeng Tong, Jingsong Li, and Yen-Wei Chen
    • Journal Title

      BMC Bioinformatics

      Volume: Vol.22, No.91 Issue: 1 Pages: 1-17

    • DOI

      10.1186/s12859-021-04014-w

    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 植物顕微鏡画像における細胞の検出と追跡システム2023

    • Author(s)
      宋裕, 郷達明, 岩本祐太郎, 近藤洋平, 中島敬ニ, 陳延偉
    • Organizer
      電気学会知覚情報/次世代産業システム合同研究会
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  • [Presentation] AIと医用画像解析2022

    • Author(s)
      陳延偉
    • Organizer
      第22回日本術中画像情報学会(特別講演)
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    • Invited
  • [Presentation] Three Dimensional Microscope Image Super-resolution Using Deep Learning and Self-similarity2022

    • Author(s)
      Tomoya Komiyama, Yutaro Iwamoto, Yinhao Li, Yu Song, Yen-Wei Chen
    • Organizer
      IEEE Global Conference on Consumer Electronics (GCCE2022)
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    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Improved Mask R-CNN with Deformable Convolutions for Accurate Liver Lesion Detection in Multiphase CT Images2022

    • Author(s)
      Chanyu LEE, Yutaro IWAMOTO, Lanfen LIN, Hongjie HU, Yen-Wei CHEN
    • Organizer
      International Conference on Innovation in Medicine and Healthcare (InMed-2022)
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      2021 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Automatic Cell Tracking in 4D Arabidopsis Root Microscopic Images Using Genetic Algorithm2022

    • Author(s)
      Yu Song, Yutaro Iwamoto, Tatsuaki Goh, Yohei Kondo, Keiji Nakajima, Yen-Wei Chen
    • Organizer
      電子情報通信学会医用画像研究会
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  • [Presentation] U-NETを用いた植物顕微鏡画像における細胞セグメンテーションと分裂細胞の検出2021

    • Author(s)
      DENG ZEPING,SONG YU,岩本祐太郎,郷達明,近藤洋平,中島敬二,陳延偉
    • Organizer
      令和3年電気関係学会関西連合大会
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  • [Presentation] 3D Graph-S2Net: Shape-Aware Self-Ensembling Network for Semi-Supervised Segmentation with Bilateral Graph Convolution2021

    • Author(s)
      Huimin Huang, Nan Zhou, *Lanfen Lin, *Hongjie Hu, Yutaro Iwamoto, Han, *Yen-Wei Chen, Ruofeng Tong
    • Organizer
      International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention
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  • [Book] Advances in Machine Learning for Big Data Analysus2022

    • Author(s)
      Satchidananda Dehuri, Yen-Wei Chen
    • Total Pages
      239
    • Publisher
      Springer
    • ISBN
      9789811689307
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      2021 Annual Research Report

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Published: 2020-04-28   Modified: 2023-12-25  

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