• Search Research Projects
  • Search Researchers
  • How to Use
  1. Back to previous page

ケージド中間体を用いた2種のヘム分解酵素の機構解明

Publicly Offered Research

Project AreaNon-equilibrium-state molecular movies and their applications
Project/Area Number 20H05435
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Complex systems
Research InstitutionTohoku University

Principal Investigator

松井 敏高  東北大学, 多元物質科学研究所, 准教授 (90323120)

Project Period (FY) 2020-04-01 – 2022-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2021)
Budget Amount *help
¥6,240,000 (Direct Cost: ¥4,800,000、Indirect Cost: ¥1,440,000)
Fiscal Year 2021: ¥3,120,000 (Direct Cost: ¥2,400,000、Indirect Cost: ¥720,000)
Fiscal Year 2020: ¥3,120,000 (Direct Cost: ¥2,400,000、Indirect Cost: ¥720,000)
Keywordsヘム代謝 / 酸素活性化 / 反応機構 / 水酸化ヘム / ケージド基質
Outline of Research at the Start

2種のヘム分解酵素(ほ乳類型HOおよび結核菌型MhuD)の鍵反応について、両者で劇的に異なる共通中間体の反応機構を解明し、酵素による反応制御の本質に迫る。これらの機構解明は従来法では困難なため、光解離性基で保護した共通中間体を用いた光駆動反応を解析する。溶液状態での光反応で中間体の検出・補足条件を最適化し、結晶状態の光反応によって酵素反応を分子動画として捉え、理解することを目指す。

Outline of Annual Research Achievements

本研究ではケージド反応中間体を用いた光駆動反応の解析により、2種のヘム分解酵素(HOとMhuD)の特異な反応機構を解明することを目的としている。前年度までにo-nitrobenzylで保護したケージド水酸化ヘムの合成に成功したが、光照射によるアンケージング反応が効率的には進行せず、期待した生成物は見られなかった。そこで今年度はphenacyl基や脱炭酸を伴う光解離性基などを含む水酸化ヘムの合成と光解離反応を検討した。モデル化合物での検討では、o-nitrobenzyl基を含むすべての場合で良好な解離反応が見られた。しかし、水酸化ヘムを用いた場合には、長時間の光照射によっても解離がほとんど進行しなかった。光励起状態が中心鉄によって緩和され、解離が起きにくいものと考えられる。
以上の結果を受け、高速分子動画撮影に必要な反応トリガーを光解離から溶液混合へと変更した。つまり、未保護の水酸化ヘム-酵素複合体を嫌気状態で調製し、酸素と迅速に反応させることで、構造変化の観察を試みることとした。まず、ベンゾイル保護した水酸化ヘムを合成し、異性体分離後に保護基を脱離させることで水酸化ヘムを合成した。得られた水酸化ヘムと酵素との複合体を嫌気グローブボックス中で調製し、簡易精製ののちに結晶化を試みたところ、単結晶らしきものが得られることを確認した。今後、水酸化ヘム複合体の構造解析を行うとともに、微結晶の大量調製法を確立し、酸素との反応による高速分子動画の撮影を予定している。

Research Progress Status

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(2 results)
  • 2021 Annual Research Report
  • 2020 Annual Research Report
  • Research Products

    (15 results)

All 2022 2021 2020

All Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 4 results) Presentation (10 results) Book (1 results)

  • [Journal Article] Organelle-Level Labile Zn<sup>2+</sup> Mapping Based on Targetable Fluorescent Sensors2022

    • Author(s)
      Liu Rong、Kowada Toshiyuki、Du Yuyin、Amagai Yuta、Matsui Toshitaka、Inaba Kenji、Mizukami Shin
    • Journal Title

      ACS Sensors

      Volume: 7 Issue: 3 Pages: 748-757

    • DOI

      10.1021/acssensors.1c02153

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Optical Manipulation of Subcellular Protein Translocation Using a Photoactivatable Covalent Labeling System2021

    • Author(s)
      Kowada Toshiyuki、Arai Keisuke、Yoshimura Akimasa、Matsui Toshitaka、Kikuchi Kazuya、Mizukami Shin
    • Journal Title

      Angewandte Chemie International Edition

      Volume: 60 Issue: 20 Pages: 11378-11383

    • DOI

      10.1002/anie.202016684

    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Unique Electronic Structures of the Highly Ruffled Hemes in Heme-Degrading Enzymes ofStaphylococcus aureus, IsdG and IsdI, by Resonance Raman and Electron Paramagnetic Resonance Spectroscopies2020

    • Author(s)
      Takahashi Satoshi、Nambu Shusuke、Matsui Toshitaka、Fujii Hiroshi、Ishikawa Haruto、Mizutani Yasuhisa、Tsumoto Kouhei、Ikeda-Saito Masao
    • Journal Title

      Biochemistry

      Volume: 59 Issue: 40 Pages: 3918-3928

    • DOI

      10.1021/acs.biochem.0c00731

    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Quantitative Imaging of Labile Zn2+ in the Golgi Apparatus Using a Localizable Small-Molecule Fluorescent Probe2020

    • Author(s)
      Kowada Toshiyuki、Watanabe Tomomi、Amagai Yuta、Liu Rong、Yamada Momo、Takahashi Hiroto、Matsui Toshitaka、Inaba Kenji、Mizukami Shin
    • Journal Title

      Cell Chemical Biology

      Volume: 27 Issue: 12 Pages: 1521-1531

    • DOI

      10.1016/j.chembiol.2020.09.003

    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 合成中間体を用いたヘム分解酵素の機能解明2021

    • Author(s)
      松井 敏高
    • Organizer
      令和三年度 新学術領域研究「高速分子動画」シンポジウム 2021年11月1日
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] 細胞小器官内遊離Zn2+の濃度定量と動態観察を可能とする小分子蛍光プローブの開発2021

    • Author(s)
      小和田俊行, 劉 熔, 杜 雨音, 松井敏高, 水上 進
    • Organizer
      第15回バイオ関連化学シンポジウム
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] 共有結合型蛋白質ラベル化技術を利用した細胞内蛋白質二量化の光制御2021

    • Author(s)
      小和田俊行, 荒井啓介, 吉村彰真, 松井敏高, 菊地和也, 水上進
    • Organizer
      第15回日本分子イメージング学会学術集会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] Quantitative imaging of labile Zn2+ using organelle-localizable fluorescent probes2021

    • Author(s)
      Rong Liu, Toshiyuki Kowada, Toshitaka Matsui, Shin Mizukami
    • Organizer
      第15回日本分子イメージング学会学術集会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] Visualization and quantification of labile Zn2+ in the acidic subcellular compartments using a small-molecule fluorescent probe2021

    • Author(s)
      Yuyin Du, Rong Liu, 小和田 俊行, 松井 敏高, 門倉 広, 稲葉 謙次, 水上 進
    • Organizer
      第32回万有仙台シンポジウム
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] 細胞小器官局在化蛍光プローブの開発と細胞内遊離亜鉛の定量イメージング2020

    • Author(s)
      小和田俊行, 渡邊朝美, 天貝佑太, 劉 熔, 山田 桃, 高橋泰人, 松井敏高, 稲葉謙次, 水上 進
    • Organizer
      第29回日本バイオイメージング学会学術集会
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] ケージド中間体を利用した2種のヘム分解酵素の機構解明2020

    • Author(s)
      松井敏高
    • Organizer
      令和二年度 新学術領域研究「高速分子動画」シンポジウム
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] 光可逆的な蛋白質ラベル化を可能とするリガンドの開発2020

    • Author(s)
      間下 貴斗, 小和田 俊行, SARKAR S. Himadri, 高橋 泰人, 松井 敏高, 水上 進
    • Organizer
      第31回万有仙台シンポジウム
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] 標的タンパク質への親和性を光制御可能なフォトクロミックリガンドの開発2020

    • Author(s)
      間下 貴斗, 小和田 俊行, Himadri S. SARKAR, 高橋 泰人, 松井 敏高, 水上 進
    • Organizer
      第14回バイオ関連化学シンポジウム
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] Quantitative Mapping of Organellar Labile Zn2+ via the Development of Hybrid Fluorescent Probes2020

    • Author(s)
      劉 熔, 小和田 俊行, 松井 敏高, 水上 進
    • Organizer
      第14回バイオ関連化学シンポジウム
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
  • [Book] ヘムタンパク質の科学2022

    • Author(s)
      松井敏高、齋藤正男
    • Total Pages
      9
    • Publisher
      ㈱エヌ・ティー・エス
    • Related Report
      2021 Annual Research Report

URL: 

Published: 2020-04-28   Modified: 2022-12-28  

Information User Guide FAQ News Terms of Use Attribution of KAKENHI

Powered by NII kakenhi